402年司馬元顯為了避免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之為先鋒，司馬尚之為后部。桓玄也率軍東下，最后大破司馬尚之。劉牢之認為司馬元顯無用，倒戈引桓軍入建康?；感刂瞥ⅲD殺異己，先后殺司馬元顯與道子，并奪取劉牢之兵權(quán)，誅戮部分北府將領(lǐng)，提拔北府將領(lǐng)劉裕。他最初有意革新朝廷，但最后豪奢縱欲，政令無常，漸失人心。 403年桓玄篡位稱帝，建國 桓楚。隔年 劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收復(fù)建康，桓玄挾晉安帝西撤 江陵。不久桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗，在逃往蜀地途中被 馮遷所殺。而后 桓振、 桓謙又挾晉安帝反抗，劉裕直到 405年肅清桓氏勢力，得以迎晉安帝復(fù)位，掌控了朝廷 。
劉裕掌控朝廷后，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵。412年劉裕搶先討伐劉毅，劉毅兵敗自殺。 405年，益州刺史 毛璩率軍討伐江陵 桓振，蜀軍不愿遠征，推 譙縱為首叛晉，譙蜀建立。蜀軍隨后攻陷成都，殺死毛璩，譙縱自號成都王。 408年晉廷派劉敬宣率軍討伐但失敗。413年劉裕派 西陵太守 朱齡石率軍西伐，攻占成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。
盧循為 孫恩繼承人，桓玄為安撫他任為 永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。 404年盧循由海路攻占 廣州，隔年晉廷又任命他為廣州刺史。 410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫 徐道覆分二路北伐，于桑洛州合力擊潰劉毅（今 江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧循之亂。此時劉?；爻?，盧循和徐道覆發(fā)生內(nèi)訌，盧循久攻京師不破，撤守 尋陽。10月徐道覆進攻 江陵，為守將 劉道規(guī)所敗。12月盧循被晉軍打敗，退守 廣州。 411年劉裕派兵擊殺 徐道覆。盧循最后于 交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定 。
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