方從哲，字中涵，他的先祖是山東德清人。戶籍隸屬錦衣衛(wèi)，家住京城。方從哲考取萬歷十一年(1583)的進(jìn)士，授任庶吉士，多次遷官后升任國子監(jiān)祭酒。請(qǐng)假在家休養(yǎng)，長期不出任官職，當(dāng)時(shí)人們頗為稱道他恬靜雅正。大學(xué)士葉向高奏請(qǐng)任用他為禮部右侍郎，沒有答復(fù)。御旨起用他任吏部左侍郎。被給事中李成名彈劾，請(qǐng)求罷職，皇帝不同意。
萬歷四十一年(1613)，任命為禮部尚書兼東閣大學(xué)士，與吳道南一起受命。當(dāng)時(shí)吳道南尚在官籍，葉向高任首輔，政事大多由葉向高裁決。葉向高離開京都，方從哲便獨(dú)自為相。奏請(qǐng)召回舊輔臣沈鯉，皇帝不同意。御史錢春彈劾他逢迎取悅皇上，方從哲請(qǐng)求罷職?；实巯略t好言撫慰，挽留。不久，吳道南到來。遇上張差遭梃擊的事件發(fā)生，刑部以瘋癲為名將他藏匿在監(jiān)獄中。王之肕搜取了情況，龐保、劉成等人的馬腳開始顯露。方從哲與吳道南斥責(zé)王之肕言語荒謬，皇帝采納了他們的意見。吳道南遭輿論的詆毀，多次請(qǐng)求辭職，后來因母親的喪事而回鄉(xiāng)。方從哲又單獨(dú)任宰相，馬上上奏請(qǐng)求推舉、補(bǔ)充內(nèi)閣大臣。從此之后每月必定奏請(qǐng)?；实壅J(rèn)為一個(gè)人足以勝任，終究沒有增添內(nèi)閣大臣。
方從哲的性格柔弱、懦腐，不能勝任大事。當(dāng)時(shí)東宮長期停止講授，瑞王的婚禮過期，惠王、桂王沒有選擇配偶，福府的莊田派宦官督促賦稅，又提議下令賣鹽，御旨指令呂貴監(jiān)督織造，駙馬王籨因?yàn)榫戎鷦⒐鈴?fù)被剝奪冠帶，山東興起盜賊，多次出現(xiàn)災(zāi)變，言官翟鳳罛、郭尚賓因?yàn)橹毖詣裰G貶職，皇帝派宦官傳令工部侍郎林如楚修繕咸安宮，宣府?dāng)?shù)月缺糧餉，方從哲都上奏極力勸諫，皇帝大都不聽。而方從哲有內(nèi)援，為名譽(yù)而爭(zhēng)辯罷了，實(shí)際準(zhǔn)備順從皇帝的意志，沒有匡正什么。
葉向高執(zhí)政時(shí)，黨論鼎沸。言官與吏部相交結(jié)，指責(zé)清流派為東林黨，于是將他們?nèi)框?qū)逐。等到方從哲執(zhí)政，言官中已經(jīng)沒有正直之人，黨論漸漸平息。丁巳年(1616)的京察，將東林黨人全部貶斥，并波及隱居之人。齊楚浙三黨鼎立，著力搏擊清流派。齊人亓詩教，是方從哲的門生，勢(shì)力尤為囂張。
方從哲親昵群小，而皇帝懈怠，荒疏也更加厲害。京郊、山東、山西、河南、江西以及大江南北相繼報(bào)告災(zāi)變，奏疏都沒下發(fā)。舊制，給事中五十多人，御史一百多人。此時(shí)，六科只有四個(gè)人，而五科的官印沒有歸屬；十三道只有五個(gè)人，一人負(fù)責(zé)幾職。在京城之外，巡撫一律不能代理。六部堂的上級(jí)高員僅四、五人，都御史數(shù)年空缺，督撫監(jiān)司也多次空缺，沒有補(bǔ)充。文武大選、急選官以及四方的教職，累計(jì)數(shù)千人，因?yàn)槔簟⒈鴥煽迫闭朴∪硕缓瀾{證，長期滯留京都，時(shí)常攀附內(nèi)閣的公車哀怨、訴說。詔獄的囚犯，因?yàn)闆]有人負(fù)責(zé)刑部，不做判決遣送，家屬聚集在長安門號(hào)哭。職司各業(yè)全部廢弛，上下級(jí)分離，脫節(jié)。
萬歷四十六年(1618)四月，大清的軍隊(duì)攻克撫順，朝野震驚?；实燮鸪鹾軕n慮、懼怕，時(shí)時(shí)下達(dá)文書，不出幾個(gè)月就像原來一樣遲緩。方從哲的兒子方世鴻殺了人，巡城御史彈劾他。方從哲請(qǐng)求罷職，皇帝不同意。長星出現(xiàn)在東南方，長二丈，寬一尺多，過了十九天才消失。當(dāng)天，京城發(fā)生地震。方從哲上奏稱“：妖象與怪征兆，層出迭見，除了我盡職，痛心修身、反省之外，希望陛下大振天綱，使天下更新。”朝廷人紛紛地譏笑他。皇帝也不做反省。御史熊化因?yàn)闀r(shí)事多艱、輔佐無效而彈劾方從哲，請(qǐng)求依災(zāi)變的方策罷免他。方從哲懇求罷免自己的官職，堅(jiān)持在家躺臥四十多天，內(nèi)閣空虛無人?；实墼偃龘嵛俊⑼炝?，他才起身處置事務(wù)。
第二年二月，楊鎬分四路出兵，兵科給事中趙興邦用紅旗督戰(zhàn)，官軍大敗。禮部主事夏嘉遇稱遼地事情的嚴(yán)重，由趙興邦與方從哲庇護(hù)李維翰所造成的，兩次上奏彈劾他們。方從哲請(qǐng)求罷職，不敢進(jìn)入內(nèi)閣，在朝房處理政務(wù)?；实巯聝?yōu)詔懇留，才如常上班，而且反而提升趙興邦為太常少卿。不久，大清的軍隊(duì)接連攻克開原、鐵嶺。朝廷大臣在文華門跪拜上奏，請(qǐng)求立即批示、發(fā)放奏章，又在思善門等候圣旨，都沒有答復(fù)。于是，方從哲在仁德門叩首，跪著等候皇帝的答復(fù)，皇帝始終沒有答復(fù)。不久，奏請(qǐng)皇帝出宮，駕臨文華殿，召見群臣，當(dāng)面商議戰(zhàn)守的策略，也沒有答復(fù)。他十次上奏請(qǐng)求補(bǔ)充內(nèi)閣大臣，心情極度悲哀，皇帝才命令朝廷大臣推舉。等到推舉給皇上，又不任用。方從哲又接連奏請(qǐng)，才選用史繼偕、沈..，奏疏仍然留在宮中，終萬歷皇帝之世沒有下達(dá)。御史張新詔彈劾方從哲的諸封奏疏，歸罪于君王，誑言騙人，祖宗二百多年的基業(yè)毀壞在方從哲的手中。御史蕭毅中、列蔚、周方鑒、楊春茂、王尊德、左光斗，山西的參政徐如翰也相繼上奏攻擊他。方從哲接連上奏表白自己，并請(qǐng)求罷免官職?；实鄱紱]有理會(huì)。自從劉光復(fù)被投入監(jiān)獄，方從哲數(shù)十次上奏相救?；实厶乩尫潘麨槠矫?，而用人與行政的諸件奏章始終沒有下發(fā)?；实刍疾讉€(gè)月。遇上皇后逝世，方從哲剛剛哭完，就奏請(qǐng)到皇帝龍床前侍候?；实墼诤氲碌钫僖娝?，他跪著訴說了很久，于是奏請(qǐng)補(bǔ)充內(nèi)閣大臣，任用大臣，下發(fā)諫書、命令?；实弁饬耍胚殿^出門?；实垡幌騾拹貉怨?。在此之前的考選后任職、授命的人，都要候職二、三年。等到這時(shí)候，等待再次任職的人則要四年。方從哲幾十次上奏想請(qǐng)求任命這些人最終沒有下發(fā)?；实圩哉J(rèn)為天下平安，官吏不必完備，有意減少他們。等到遼左的兵事興起，又不想矯正以前的過失，照舊施行。方從哲單獨(dú)執(zhí)政，最終沒有什么匡扶、救助。又任用姚宗文到了遼東察看，將經(jīng)略熊廷弼傾軋離去，于是丟失了遼陽。論事者稱明朝的滅亡，實(shí)際上由神宗釀成，而方從哲是罪魁禍?zhǔn)住?br>
萬歷四十八年(1620)七月二十九日，皇帝不舒適，十七天后漸漸加重。外廷憂慮，方從哲與九卿臺(tái)諫到思善門問安。過了兩天，皇帝召見方從哲和尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、黃克纘等人接受遺命。又過了兩天，皇帝才逝世。
八月二十八日，光宗繼位。鄭貴妃因?yàn)橐郧案Ｍ醯木壒剩禄实蹜押匏?，呈送珠玉以及八名侍姬利誘皇帝。所選送的侍姬李氏最受皇帝寵愛，于是貴妃請(qǐng)求立選侍為皇后，選侍也替貴妃請(qǐng)求冊(cè)封太后?；实垡呀?jīng)在乙卯(九月六日)患病，丁巳(九月八日)病重，命令方從哲冊(cè)封貴妃為皇太后，方從哲趕緊命令禮部。侍郎孫如游極力爭(zhēng)辯，此事才終止。辛酉(九月十二日)，皇帝不朝見，方從哲與朝廷大臣到宮門前問安。當(dāng)時(shí)京城紛紛傳說宦官崔文升進(jìn)呈泄藥，皇帝因此萎靡，而且皇帝的圣諭中有“頭目眩暈，身體軟弱，不能動(dòng)腳”的話，眾人的情緒更加疑惑、驚駭。給事中楊漣彈劾崔文升并波及方從哲。刑部主事孫朝肅、徐儀世，御史鄭宗周一起呈書方從哲，請(qǐng)求保護(hù)圣體，迅速建立皇儲(chǔ)。方從哲向皇帝問安，于是勸諫皇帝慎重吃藥?；实郯龘P(yáng)并答應(yīng)了他。戊辰(九月十九日)，新任內(nèi)閣大臣劉一火景、韓火廣上任，皇帝的病情已經(jīng)很危險(xiǎn)。辛未(九月二十日)，皇帝召喚方從哲、劉一火景、韓火廣，英國公張惟賢，吏部尚書周嘉謨，戶部尚書李汝華，禮部侍郎署理部中事務(wù)的孫如游，刑部尚書黃克纘，左都御史張問達(dá)，給事中范濟(jì)世、楊漣，御史顧忄造等人到乾清宮?；实垴{御東暖閣靠著茶幾，皇長子、皇五子等人都侍從在旁?；实勖钪T位大臣上前，方從哲等人便奏請(qǐng)皇帝慎重就醫(yī)、服藥?；实壅f“：十多天沒有吃了?！庇谑窍轮I冊(cè)封選侍為皇貴妃。甲戌(九月二十五日)，又召見諸位大臣，告諭冊(cè)封的事。方從哲等人奏請(qǐng)迅速冊(cè)立皇儲(chǔ)。皇帝看著皇長子說：“你們輔佐他成為堯、舜?！庇终劶皦蹖m，方從哲等人以先帝的山陵作答?；实壑钢约赫f：“我的壽宮?！敝T位大臣都哭泣了?；实塾謫枴埃河形圾櫯F官敬呈藥物，他在哪里？”方從哲回答“：鴻臚寺丞李可灼自稱有仙方，我們不敢相信?！被实勖钫倮羁勺苼恚叽偎{(diào)配藥物奉獻(xiàn)給皇帝，即所謂的紅丸。皇帝服完一再稱他為“忠臣”。諸位大臣退出恭候在宮門外?；鹿賯鞲婊噬仙眢w平安。將近下午三至五時(shí)，李可灼出來，稱又呈送了一粒紅丸。方從哲等人詢問狀況，他回答：“像先前一樣平安。”第二天即九月二十六日卯時(shí)(上午五至七時(shí))，皇帝逝世。朝廷內(nèi)外都恨李可灼，而方從哲擬遺旨卻賞賜李可灼銀幣。當(dāng)時(shí)李選侍居住在乾清宮，群臣進(jìn)去哭訴，諸宦官緊閉宮門不允許進(jìn)去。劉一火景、楊漣極力譏諷他們，才得以依禮面對(duì)皇帝哭泣，擁著皇長子出來，住進(jìn)慈慶宮。方從哲只是周旋而已。
起初，鄭貴妃住在乾清宮侍候神宗的病體，光宗登基后她仍然沒有遷移。尚書周嘉謨責(zé)備貴妃的從子鄭養(yǎng)性，于是她遷居慈寧宮。等到光宗逝世，而李選侍住在乾清宮。給事中楊漣和御史左光斗思慮選侍曾經(jīng)要求冊(cè)封為后，不可以讓她居住乾清宮，以防沖撞了皇帝的囑托。因此商議遷移宮殿，爭(zhēng)辯幾天不能決定。方從哲想慢慢處理。新皇帝登基的前一天，劉一火景、韓火廣邀約方從哲到宮門奏請(qǐng)，選侍才移居噦鸞宮。第二天庚辰，熹宗登基。
在此之前，御史王安舜彈劾方從哲輕率地推薦瘋癲的醫(yī)生，又獎(jiǎng)賞他以掩飾自己。方從哲草擬太子的指令，罰李可灼一年的俸祿。御史鄭宗周彈劾崔文升的罪行，請(qǐng)交給法司，方從哲擬令由司禮察處。等到御史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應(yīng)嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺，先后上奏說“：李可灼的罪行誅之難泄其憤，方從哲卻庇護(hù)他，國法何在？”而且給事中惠世揚(yáng)徑直檢舉方從哲的十條罪狀、三條可殺的理由。上奏稱：“方從哲獨(dú)任七年宰相，妨礙賢良禍害國家，為第一條罪狀。驕橫愚鈍，沒有禮節(jié)，在皇帝去世處理事務(wù)時(shí)出現(xiàn)失誤，為第二條罪狀。在太子宮中發(fā)生梃擊案，庇護(hù)奸黨，為第三條罪狀。隨心所欲，破壞皇帝的詔書，為第四條罪狀，縱容兒子殺人，蔑視法令、典章，為第五條罪狀。阻撓、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，為第六罪狀。丟失城池違反法令，寬縱撫臣，為第七條罪狀。馬上督戰(zhàn)，全軍覆沒，為第八條罪狀。徇私騙上，使輔臣蒙羞，為第九條罪狀。代征專賣稅，侵蝕國家，殃及百姓，為第十條罪狀。貴妃請(qǐng)求封為皇后，舉朝極力爭(zhēng)辯，方從哲模棱兩可，為第一件該殺的事。李選侍是鄭氏親近的人，凌辱圣母，致使圣母飲恨而死。方從哲接受了劉遜、李進(jìn)忠所盜取的美珠，想封選侍為貴妃，又聽任她長期居住乾清宮，為第二件該殺的事。崔文升用泄藥傷害先帝的身體，諸位大臣議論此事，方從哲想逃脫罪責(zé)，李可灼奉獻(xiàn)毒藥，方從哲還擬作賞賜，為第三件該殺的事。”奏疏呈入，皇帝責(zé)備惠世揚(yáng)輕率地詆毀人。方從哲多次請(qǐng)求離去，皇帝都撫慰挽留。不久，張潑、袁化中、王允成等人接連彈劾他，皇帝仍不聽。當(dāng)年冬天，給事中程注又彈劾他，皇帝仍不聽。方從哲極力請(qǐng)求離去，六次上奏，皇帝任命他為中極殿大學(xué)士，賞賜銀幣、蟒衣，派遣行人護(hù)送他回鄉(xiāng)。
天啟二年(1622)四月，禮部尚書孫慎行追究李可灼奉獻(xiàn)紅丸的事，斥責(zé)方從哲為謀害君王的逆賊。詔令朝廷大臣商議。都御史鄒元標(biāo)贊同孫慎行的奏疏。方從哲上奏辯解，自己請(qǐng)求削奪官階，發(fā)配到邊遠(yuǎn)的地方，皇帝下諭安慰他。給事中魏大中因?yàn)榫徘涞奶嶙h長期拖延，上奏催促。朝廷大臣大都贊同孫慎行給方從哲定的罪名，只有刑部尚書黃克纘，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶百般偏袒方從哲，而詹事公鼐持中立態(tài)度。當(dāng)時(shí)大學(xué)士韓火廣陳述呈送藥的前后經(jīng)過，替方從哲解脫。因此吏部尚書張問達(dá)與戶部尚書汪應(yīng)蛟聯(lián)合上奏稱：“呈送藥的前后經(jīng)過，我們一起耳聞目睹。輔臣探視皇帝的病，情形急迫、倉促，怎么忍心說'弒逆’二字？但是李可灼不是醫(yī)官，而且也不是知脈懂醫(yī)道的人。用藥做嘗試，先帝就去世了。方從哲與我們九卿未能制止，都有罪，反而賞賜李可灼。等到御史王安舜上奏，只令他以養(yǎng)病而離去，處罰太輕，怎么告慰先帝，讓朝廷內(nèi)外心服。應(yīng)該像方從哲的請(qǐng)求，削奪他的官階，依法追究。至于李可灼的罪行不勝誅殺，而崔文升在先帝不幸感染傷寒的時(shí)候，呈送大黃涼藥，罪行又在李可灼之上，依法都應(yīng)該處決示眾，以泄公憤。”奏議呈上，李可灼被遣送去戍邊，崔文升貶至南京，而方從哲沒有治罪。不久，孫慎行稱病離去。天啟五年(1625)魏忠順輯錄“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三件事編成《三朝要典》以傾軋正直的人，于是免去了李可灼的戍邊之罰，任命崔文升督導(dǎo)漕運(yùn)。他的黨羽徐大化請(qǐng)求啟用方從哲，方從哲不出仕。然而一時(shí)間請(qǐng)求誅殺方從哲的人被貶官、殺戮幾乎殆盡。
崇禎元年(1628)二月，方從哲去世。贈(zèng)封太傅，謚號(hào)文端。三月將崔文升投入監(jiān)獄，戍守南京。
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