作者:麥子(轉(zhuǎn)載請(qǐng)注:解螺旋·醫(yī)生科研助手)
工欲善其事,必先利其器。對(duì)于復(fù)雜的基因組數(shù)據(jù),用恰當(dāng)?shù)目梢暬ぞ咦龇治鍪潜夭豢缮俚?。從基因組測(cè)序誕生至今,各種工具、可視化方法也都在同步演進(jìn),現(xiàn)在已經(jīng)像萬(wàn)花筒一樣斑斕。選對(duì)了工具,那么檢驗(yàn)假設(shè)、發(fā)現(xiàn)新東西就是小菜一碟。
下面就從三個(gè)研究層面來(lái)推薦幾個(gè)常用工具。
基因組瀏覽器
首先咱們要了解待研究的對(duì)象,即核酸序列和其中的各種結(jié)構(gòu)單元?;蚪M瀏覽器,就是用來(lái)瀏覽基因組數(shù)據(jù)的圖形交互界面。它們免費(fèi)向公眾開(kāi)放,并提供各種工具用于基因組數(shù)據(jù)檢索、閱覽、分析,以簡(jiǎn)潔緊致的圖形方式呈現(xiàn)。
它們會(huì)詳細(xì)展現(xiàn)已知基因的位置,以及每個(gè)基因的功能類別。還整合了各種基因組數(shù)據(jù),可查到SNP、EST和保守序列模式的詳細(xì)情況。
你也可以上傳自己的研究數(shù)據(jù)(如序列和注釋)與別人共享。
UCSC Genome Browser
地址:https://genome.ucsc.edu/
Ensembl
地址:http://asia.ensembl.org/index.html
序列比對(duì)
在了解單個(gè)基因或基因組信息的基礎(chǔ)上,我們就會(huì)想要往橫向看看。序列比對(duì)就是一種常用的橫向研究方法,包括核酸序列和蛋白質(zhì)序列的比對(duì),通過(guò)檢測(cè)兩個(gè)或以上序列的相似性,推測(cè)其功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息
NCBI BLAST
地址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
雖然沒(méi)什么美感,但是報(bào)告詳細(xì)啊
TOPALi
地址:http://www.topali.org/
比較基因組學(xué)
比較基因組學(xué)與序列比對(duì)有重合之處,但更為復(fù)雜,諸如探索基因組的各個(gè)區(qū)域、確定直系同源體和旁系同源體、分析SNP和CNV等等。于是也就有多種工具應(yīng)運(yùn)而生,能直觀地展示分析結(jié)果,表現(xiàn)形式也多種多樣。
Circos
地址:http://circos.ca/
多層次展示信息的圈圖,但此法也有相應(yīng)的R包可選
VISTA
地址:http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
多種工具適應(yīng)多種研究需要
參考來(lái)源:
http://bitesizebio.com/32055/genomics-software-sequence-comparisons/
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