1609年（萬歷三十七年），日本的德川家康繼承豐臣秀吉對外擴張的政策，派鄰近琉球王國的鹿兒島薩摩藩島津家九率領(lǐng)三千士兵侵略琉球，俘虜琉球王。
1654年，琉球王遣使臣到中國請求冊封。清王朝順治帝封琉球王為尚質(zhì)王，琉球成為清王朝的藩屬。
1853年5月，美國海軍準(zhǔn)將佩里（Matthew C. Perry）的艦隊到達琉球。
1854年3月，佩里與日本簽訂《神奈川條約》。佩里要求日本開放琉球的那霸港口，日方表示琉球是個遙遠的國家，日方無權(quán)決定其港口開放權(quán)。
1854年7月11日，佩里與日本談判結(jié)束后，趕回琉球與琉球國政府談判，最后以中、英兩種文字正式簽訂條約開放那霸港口。
1866年，最后一位琉球國王尚泰繼位。
日本有效占領(lǐng)時期
1872年，日本宣布琉球王國屬于日本的“內(nèi)藩”，琉球群島是日本的領(lǐng)土，不承認(rèn)中國自1372年起對琉球的宗主國地位，正式侵占琉球。并拖延與中國談判琉球問題。
1875年7月24日，日本強迫琉球國王停止向清王朝朝貢。
1879年3月30日，日本將最后一位琉球國王尚泰流放到東京，置琉球為沖繩縣。琉球國滅亡。
1879年，中日就琉球問題開始談判，中方提出把琉球群島分成三部分：接近日本方向的奄美大島為日本領(lǐng)土，琉球本島及其附近島嶼作為一個獨立的琉球王國存在，而在南部的先島群島則作為中國的領(lǐng)土。日本方面建議把琉球劃分成兩部分：琉球本島及其北方島嶼作為是日本的領(lǐng)土，而南部的先島群島則作為中國的領(lǐng)土（談判中沒有涉及釣魚臺群島歸屬）。
1880年9月，中方在談判中最后妥協(xié)，簽署了《琉球?qū)＜s擬稿》，以日本提出的方式把琉球劃分成兩部分。然而清朝皇帝拒絕同意這一不平等條約，并且指示了中方代表與日本繼續(xù)協(xié)商。日本方面然后離開，協(xié)商破裂。
1882年駐天津領(lǐng)事竹添進一郎與清政府恢復(fù)談判琉球問題，但是沒有達成協(xié)議。琉球問題一直拖延至甲午戰(zhàn)爭。
1894年—1895年，中日甲午戰(zhàn)爭后，中國作為戰(zhàn)敗國割讓臺灣、澎湖，在琉球群島問題上就更沒有發(fā)言權(quán)。從此琉球群島屬于一個國家和中國的藩屬這一事實開始被人遺忘。
1898年，日本強迫琉球人服兵役。
1901年，最后一位琉球國王尚泰去世。
1916年，全沖繩教師大會要求沖繩教師用污辱的手段懲罰在學(xué)校說琉球語的學(xué)生。
1945年，第二次世界大戰(zhàn)后期，美國進攻琉球本島，日本士兵強迫琉球人跳崖自殺，或干脆被打死以減少山洞中缺少食物的壓力，又或因為說琉球語而被認(rèn)為是間諜慘遭殺害。戰(zhàn)爭使琉球人口減少四分之一。
1945年—1972年，美國占領(lǐng)時期，美國在琉球?qū)嵭挟惢?。中華人民共和國對于美國占領(lǐng)琉球的態(tài)度是認(rèn)為該群島的日本領(lǐng)土。
1947年4月，聯(lián)合國通過《關(guān)于前日本委任統(tǒng)治島嶼的協(xié)定》，把北緯29度以南的琉球群島和原屬于中國的釣魚臺群島交給美國托管。
1951年，美日在沒有中國代表參與的情況下簽定《美日舊金山和約》，把琉球群島連同釣魚臺群島的“施政權(quán)”轉(zhuǎn)給日本。但這遭到土地的主人琉球人的群起反對，他們“聚哭于鬧市”。
1972年5月15日至今，日本重新恢復(fù)對琉球群島的統(tǒng)治，繼續(xù)實行同化政策。琉球群島現(xiàn)在仍然是日本47個地方自治實體中經(jīng)濟最落后的地方。
