明穆宗即位后，先后任用徐階、高拱與張居正等名臣。1567年位處執(zhí)政之首的明世宗舊臣徐階策動朝官彈劾高拱，迫高拱辭官回鄉(xiāng)。高拱亦不甘示弱，一年后策動朝官彈劾徐階。徐階也被迫正式退休。朝廷的實際政務(wù)漸漸落到張居正的手上。隆慶末年，高拱回朝出任內(nèi)閣首輔。隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與韃靼首領(lǐng)俺答汗達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿(mào)易，史稱隆慶開關(guān)；因為這兩項措施與其他改革措施，明朝開始進入中興時期，史稱隆慶新政。1572年，明穆宗因中風(fēng)突然駕崩，年僅九歲的皇太子朱翊鈞繼位，即明神宗，年號萬歷。[59]。
由于明神宗年幼，于是由太后攝政。重臣高拱由于與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官；相反的，張居正得到馮保的鼎力支持。張居正輔政十年，推行改革，在內(nèi)政方面，提出“尊主權(quán)，課吏職，行賞罰，一號令”，推行考成法，裁撤政府機構(gòu)中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經(jīng)濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農(nóng)民負擔(dān)[61] [62] 。1393年明太祖時期，全國耕種田地有三百六十六萬零七千七頃，到1502年明孝宗時期也只上升到四百廿二萬八千零五十八頃。經(jīng)過張居正的治理后于1581年達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，以名將戚繼光守衛(wèi)北京的重鎮(zhèn)薊州、以遼東李成梁安撫東北女真、以宣大王崇古、方逢時安撫韃靼，其他重臣如四川的劉顯、兩廣的殷正茂、凌云翼、浙江的張佳胤，張居正也十分信任他們[51]。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰冗員。張居正整頓朝正，改革體制，史稱萬歷中興[59]。
1577年張居正父親去世，按常理他需要丁憂（解職回鄉(xiāng)守孝三年），但張居正以為改革事業(yè)未竟，不愿丁憂。他的政敵借此大做文章，此即為奪情之爭。最后在明神宗和兩太后的力挺下張居正被奪情起復(fù)（免于在家守孝），使得其改革并未被中斷。但是，這成為他的政敵之借口。同時，張居正利用自己的職權(quán)讓自己的兒子順利通過科舉進入翰林院。除此之外，張居正的私德有很大的問題，各種聚斂財物的情事被揭露，張居正也迫害了大量的政敵，他一死，立刻在萬歷的支持下，被昔年結(jié)怨的大臣清算，張居正家被抄家。張府一些來不及退出的人被囚禁于內(nèi)，餓死十余口。生前官爵也被剝奪[59]。
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