繪有摧毀蒙古入侵者艦隊(duì)的神風(fēng)的紙本墨畫，由菊池容齋于1847年作。
1192年，武家首領(lǐng)源賴朝被封為征夷大將軍，創(chuàng)建鐮倉幕府，并展開幕府統(tǒng)治，開始日本600多年的幕府時(shí)代。源賴朝過世后，其妻子的娘家北條氏實(shí)力擴(kuò)大，開始操縱、暗殺或廢立之后的繼位者，幕府大權(quán)旁落執(zhí)權(quán)的北條氏得宗家之手。承久之亂后，北條氏的合議制執(zhí)權(quán)政治達(dá)于全盛。1232年（貞永元年），北條泰時(shí)制訂法典《御成敗式目》（又稱《貞永式目》）。該法典最初僅適用于武家內(nèi)部，后來適用于全國。1274年（文永十一年）與1281年（弘安四年），蒙元兩次侵日都未能成功，而戰(zhàn)后受貨幣經(jīng)濟(jì)影響，無法恩賞抗元兵，導(dǎo)致御家人的貧困與御家人制度的解體。北條氏實(shí)行一族獨(dú)裁，加深御家人和非御家人武士的反感，地方武士和農(nóng)民積極進(jìn)行反幕活動，幕府由盛轉(zhuǎn)衰。后醍醐天皇乘機(jī)發(fā)動正中之變與元弘之變，倒幕號召得到各地武士響應(yīng)。1333年5月新田義貞攻陷鐮倉，北條氏控制的鐮倉幕府滅亡。
后醍醐天皇掌握大權(quán)以后，并沒有滿足武士層次結(jié)構(gòu)的期望。大軍閥足利尊氏成為所有武士的代表，于1336年攻陷京都，扶持兩統(tǒng)迭立中的持明院統(tǒng)光明天皇即位。大覺寺統(tǒng)的后醍醐天皇把持著日本皇室的三神器逃到吉野山中，堅(jiān)持自己才是正統(tǒng)，足利尊氏則在京都創(chuàng)建室町幕府，于是出現(xiàn)京都（北朝）和吉野（南朝）兩個(gè)對立的朝廷。南北朝的征戰(zhàn)持續(xù)將近60年，1392年，足利義滿逼南朝的后龜山天皇讓位，由室町幕府擁立的北朝后小松天皇成為天皇，也終止長達(dá)57年的南北朝時(shí)期。1401年，室町幕府第三任將軍足利義滿為了經(jīng)濟(jì)利益和抗衡天皇而向明朝朝貢，明廷遂封其為“日本國王”，但幕府于7年后與明朝斷交。
姫路城
室町幕府末期（1467年）發(fā)生應(yīng)仁之亂，標(biāo)志著日本進(jìn)入長達(dá)148年的戰(zhàn)國時(shí)代。
1573年，大名織田信長，亦是當(dāng)時(shí)最強(qiáng)悍的諸侯，攻下室町幕府所在地二條御所，將足利義昭流放到河內(nèi)國，室町幕府滅亡，日本進(jìn)入安土桃山時(shí)代（1573年至1603年）。
1582年，織田信長因家臣明智光秀發(fā)動兵變而被害。信長重臣羽柴秀吉繼承其勢力，繼續(xù)進(jìn)行統(tǒng)一日本的戰(zhàn)爭。1586年，秀吉受賜姓豐臣氏并就任太政大臣與關(guān)白的官職，并于1590年擊敗北條氏統(tǒng)一全日本，隔年秀吉將關(guān)白一職讓與過繼來的養(yǎng)子豐臣秀次，自稱太閣，以世襲的方式宣示豐臣政權(quán)的穩(wěn)定。秀吉統(tǒng)率大部分的大名諸侯，自1592年起發(fā)動文祿?慶長之役，攻打朝鮮。
1593年6月，日本因海戰(zhàn)失利，無法補(bǔ)給，加上朝鮮瘟疫流行，為保朝鮮南部四道的戰(zhàn)果，遂派使節(jié)隨同明使沈惟敬到北京議和，其間談判使者石星、沈惟敬與小西行長合謀欺瞞蒙混中日雙方，使得明朝在冊封秀吉為日本國王時(shí)態(tài)度輕慢。9月，明朝賜封的使者抵達(dá)日本，豐臣秀吉因朝鮮王子不前來答謝而頓感大怒，拒絕受封，下令驅(qū)逐明朝使節(jié)，并將小西行長治罪，再次發(fā)兵攻打朝鮮。
1598年7月，豐臣秀吉在伏見城過世，日方于當(dāng)年逐漸撤出朝鮮結(jié)束戰(zhàn)爭。
1600年，封地在關(guān)東地方的大名德川家康獲取關(guān)原之戰(zhàn)的勝利，基本上獲得全國軍、政上的優(yōu)勢。
1603年，家康被任命為征夷大將軍，開創(chuàng)江戶幕府。
1615年，德川家康在大坂之役中完全消滅豐臣氏的勢力，實(shí)現(xiàn)了日本的統(tǒng)一，江戶幕府也成為日本實(shí)際上的統(tǒng)治者。江戶幕府實(shí)行日本獨(dú)特的封建體制“幕藩制”，將社會分為士農(nóng)工商四個(gè)階級及穢多、非人等賤民，基本上階級間的流動受到限制。在幕藩制之下，各藩領(lǐng)國在經(jīng)濟(jì)上依賴中央政府的市場進(jìn)行交易，幕府憑借經(jīng)濟(jì)上優(yōu)勢確保其統(tǒng)治權(quán)；但隨著后期商品經(jīng)濟(jì)的高度發(fā)展，藩際貿(mào)易大大減少各領(lǐng)國對中央的依附性，各藩表現(xiàn)出明顯的獨(dú)立傾向，瓦解了幕藩體制的政治基礎(chǔ)。
1543年，一艘葡萄牙船漂流到鹿兒島的種子島。時(shí)日本正值戰(zhàn)國紛擾，葡萄牙人將歐式火槍傳入日本，基督教也在這時(shí)進(jìn)入日本。然而，傳教活動與發(fā)達(dá)的貿(mào)易逐漸威脅到江戶幕府的統(tǒng)治，于是幕府在1641年把荷蘭商館遷移到長崎的出島，奉行保護(hù)主義（鎖國），這段期間日本只容許荷蘭和中國的商人來日貿(mào)易。在奉行保護(hù)主義的200多年間，荷蘭商人通過與日經(jīng)商傳入蘭學(xué)，蘭學(xué)因而在日本生根發(fā)芽[49][50]。1854年美國海軍準(zhǔn)將馬休·佩里率領(lǐng)黑船艦隊(duì)駛抵江戶附近的浦賀，迫使日本開港通商，才一改日本的貿(mào)易保護(hù)主義作風(fēng)。江戶幕府末年暴動頻繁，幕藩體制搖搖欲墜，在西南四藩（薩摩、長州、土佐、肥前）為主的維新志士帶領(lǐng)下，一場全國性的倒幕尊皇運(yùn)動正式開展。
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