在上一篇帖子里我們除了介紹了WashUEpiGenome Browser和一些表觀遺傳學(xué)知識(shí)（不知道的就看這里），其中提及了Roadmap的可視化工具RoadmapEpigenome Browser，今天我們來(lái)策一下這個(gè)工具。
首先還是進(jìn)入王艇教授的數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)：http://epgg-test.wustl.edu/。點(diǎn)擊圖1.A中深紅色的RoadmapEpigenome Browser按鈕，進(jìn)入圖1.B中的頁(yè)面。目前該數(shù)據(jù)庫(kù)只能可視化以人hg19為參考基因組的數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊“Load”按鈕，進(jìn)入加載頁(yè)面。如圖1.C所示，可以看到一共加載了61種組織/細(xì)胞的信息。加載完成后出現(xiàn)如圖2所示界面，在下拉菜單中可以點(diǎn)擊自己感興趣的表觀遺傳修飾，可以單選也可以復(fù)選，點(diǎn)擊submit按鈕進(jìn)入下一步。
圖1
圖2
之后顯示圖3所示結(jié)果。3-1中顯示了組織或細(xì)胞來(lái)源。3-2中的熱圖表示H3K4me3組蛋白修飾ChIP-Seq的信號(hào)峰值，綠色越深表示H3K4me3修飾越高。3-3中是轉(zhuǎn)錄本情況，這里的基因是ACSL6基因，轉(zhuǎn)錄方向從右向左，藍(lán)色長(zhǎng)方形代表轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。在此圖中可以看出，除了CD34+細(xì)胞（造血干細(xì)胞）外，其余細(xì)胞的H3K4位點(diǎn)均出現(xiàn)較高的三甲基化修飾，提示ACSL6在這些細(xì)胞中均有可能呈現(xiàn)高表達(dá)。當(dāng)然這樣看起來(lái)太亂，組織細(xì)胞種類太多，我們可以點(diǎn)擊3-4中的齒輪按鈕重新規(guī)劃一下頁(yè)面布局，選擇自己感興趣的組織/細(xì)胞種類，這里我們就看一下外周血細(xì)胞的相關(guān)數(shù)據(jù)。
圖3
點(diǎn)擊3-4可以看到如圖4.A所示對(duì)話框，點(diǎn)擊Sample可以跳出4.B中所示選項(xiàng)，這里我們僅選擇PrimaryCell。點(diǎn)擊黃色方框出現(xiàn)下拉菜單，去掉非血液細(xì)胞的選項(xiàng)。這里可以看到每個(gè)選項(xiàng)后面都有一個(gè)五角星，如果有特別關(guān)注的細(xì)胞可以點(diǎn)亮五角星，將其加入自己特別關(guān)注的細(xì)胞。最后點(diǎn)擊“Updata”按鈕。就可以出現(xiàn)圖5所示理想圖片。點(diǎn)擊圖4.A中的“Screenshot”按鈕，即可將圖片導(dǎo)出。這類圖片也可以直接放在paper中作為科學(xué)線索。
圖4
圖5
…華麗麗的分割線…
李莫愁博士：郭大俠關(guān)于表觀遺傳學(xué)的干貨基本上都講得差不多了，你學(xué)會(huì)或者學(xué)不會(huì)，都只能看你是不是有在認(rèn)真看帖了。 或許大家暫時(shí)還沒注意到表觀遺傳這個(gè)熱點(diǎn)，但這個(gè)方向也不是熱了一年兩年了。給你看看統(tǒng)計(jì)分析你就知道了，下面是“Methylation”也就是甲基化這個(gè)關(guān)鍵詞發(fā)表的文章的數(shù)量：
或許你還是不很服氣樣的，那我們看看“epigenetics”，也就是表觀遺傳這個(gè)關(guān)鍵詞的文章數(shù)量：
明白啥了不？還不滾回來(lái)好好看帖，好好看看能不能挖點(diǎn)課題？好了，能幫你的都幫你啦，接下去就看你們自己了，今天就策到這里吧。
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