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從0到1,跨出Meta第一步


(本文閱讀需要8分鐘)


上一期醫(yī)小龍大家回顧了Meta分析的種類,兩天過去了,相信大家挑選好了自己想要的Meta分析的類型,摩拳擦掌了。


都說從0到1的過程是痛苦的,寫過Meta分析的小盆友們一定懂得“文獻(xiàn)檢索”中的苦和淚……沒寫過Meta分析的小盆友可能還深陷與迷茫和彷徨之中無法自拔……


圖片來源:百度圖庫


小編總結(jié)了一下大家對于文獻(xiàn)檢索的諸多問題:


怎么辦!我不知道怎么去檢索?!


怎么辦!我不知道從哪里下手?!


怎么辦!我怕我檢索不全面?!


不要緊張,不要捉急!這就關(guān)系到如何能夠有效查全文獻(xiàn)的問題。讓小編給你們一一道來。


其實(shí)大家都知道,文獻(xiàn)檢索也是一個(gè)不斷摸索、不斷變換、不斷完善檢索策略的過程。查多了不要緊,就怕漏掉,漏掉是很嚇人的哦。


PubMed作為這個(gè)大家再熟悉不過的了網(wǎng)站,但是你真的了解嗎?



神奇的PubMed


PubMed就像一個(gè)大商場,大家每天去逛,去淘自己需要的文獻(xiàn),但是PubMed的文獻(xiàn)貨物主要來自哪里呢?


其實(shí)呢,MEDLINPREMEDLINE是PubMed最大的兩個(gè)供貨商,當(dāng)然還有一些其他小商販也會(huì)偶爾供貨,和這兩個(gè)貨商比起來不值一提。


MEDLINE可以說是最權(quán)威的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫


當(dāng)然提供的貨也是正品,但是這個(gè)MEDLINE有個(gè)特點(diǎn),就是沒有進(jìn)行分類標(biāo)簽的文獻(xiàn)貨物它是不收的。


但是文獻(xiàn)貨物太多了,更新也快,有些貨來不及分類標(biāo)簽就要上架啊,那這些文獻(xiàn)貨物總要有個(gè)臨時(shí)的地方存放吧,于是乎,確切的說是1996年8月開始,PREMEDLINE誕生了。


算是對MEDLINE的一個(gè)補(bǔ)充,這個(gè)PREMEDLINE正好收錄那些還沒正式進(jìn)入MEDLINE的文獻(xiàn)貨物,比如:


剛發(fā)表的文獻(xiàn)沒有給予分類和標(biāo)簽的文獻(xiàn),等到這些貨物被分類完畢,貼好標(biāo)簽之后就可以進(jìn)入MEDLINE倉庫了,每個(gè)星期會(huì)更新一次,進(jìn)入MEDLINE之后的文獻(xiàn)就會(huì)從PREMEDLINE里面消失,以便留空間給后面進(jìn)來的文獻(xiàn)貨物。


這樣一來呢,PubMed商場里的文獻(xiàn)貨物就會(huì)被分為好幾類。


重點(diǎn)來了!請看圖:



哦,對了,怎么在PubMed里看一個(gè)文獻(xiàn)的分類和狀態(tài)呢,點(diǎn)擊題目進(jìn)去,找到PMID號(hào),緊跟PMID后面中括號(hào)[]里面的就是文獻(xiàn)的類型和狀態(tài)。


有伙伴就郁悶了,你和我說這些有毛線用途?有,為啥呢?


如果你使用主題詞進(jìn)行檢索,你一定會(huì)漏掉很多文章,尤其是最新的,因?yàn)檫€未來得及進(jìn)行主題詞標(biāo)引,你自然檢索不到了,但是如果你使用自由詞檢索,工作量就很大。


接著扯淡,介紹兩個(gè)概念,查全率,不說概念,只舉實(shí)例,比如使用你的制定的檢索策略,總共查到文獻(xiàn)270篇,但是和研究內(nèi)容相關(guān)的文獻(xiàn)只有180篇,剩下120篇是一點(diǎn)不想關(guān)的誤檢,那么你的查準(zhǔn)率就是180/270=66.6%。


那么如果系統(tǒng)還有120篇可能相關(guān)文獻(xiàn)你沒查到,你的查全率就是180/(180+120) = 60%。


查全率就像診斷試驗(yàn)的敏感度,查準(zhǔn)率就像診斷試驗(yàn)的特異度。敏感度高了,特異度就要下降,同樣,查全率高了,查準(zhǔn)率就會(huì)下降,導(dǎo)致過多無關(guān)文獻(xiàn)出現(xiàn),徒增工作量。


如果查準(zhǔn)率高了,查全率就會(huì)下降,查全率和查準(zhǔn)率往往此消彼長,找到一個(gè)最佳的查全率和查準(zhǔn)率是不容易的,如果都能達(dá)到很好的,比如都在90%以上,那么你的這個(gè)檢索策略一定很合適。


實(shí)際情況是,我們都沒有進(jìn)過嚴(yán)格的文獻(xiàn)檢索訓(xùn)練,也沒學(xué)習(xí)過相關(guān)課程,很難找到保證較高的查全率和查準(zhǔn)率,為了不漏文章,我們往往抬高查全率,雖然這樣工作量大,累一點(diǎn)的,但是不漏文章還是很爽的。


鑒于這種實(shí)際情況,小編今天和小伙伴們討論如何能夠盡可能查全的問題。接下來要放大招了,準(zhǔn)備好了嗎?


查全技能大放送開始


1
選擇正確主題詞和副主題詞


前面也說了主題詞會(huì)漏掉部分文獻(xiàn),尤其是最新發(fā)表的文獻(xiàn),副主題詞算是對主題詞的一個(gè)擴(kuò)充。


在副主題下面有個(gè)Restrict to MeSH Major Topic.,意思就是讓你選擇是否限定于主要主題詞,還有個(gè)Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy.,意思是要你確定是否需要擴(kuò)展主題詞,如果你勾選了這兩項(xiàng),那么就提高查準(zhǔn)率,但是查全率會(huì)降低,所以為了查全文獻(xiàn),我們一般不勾選這兩項(xiàng)


2
自由詞檢索


為了克服主題詞檢所帶來漏洞,在主題詞下面Entry Terms的下面給出了主題相關(guān)的所有自由詞,使用這些自由詞進(jìn)行檢索,能夠大大地提高查全率。


3
近義詞轉(zhuǎn)換


一個(gè)檢索詞可能往往有很多近義詞,盡可能找出所有相關(guān)的近義詞,也能夠在一定程度上提高查全率,但是近義詞往往需要結(jié)合專業(yè)知識(shí),因?yàn)槟悴皇沁@個(gè)專業(yè)的,你都不懂有哪些近義詞。


4
使用好截詞符


這個(gè)可是很流弊的檢索武器啊,我們最常使用的截詞符主要是*和?。


截詞符*表示多個(gè)字符,比如你使用us*,那么只要前面帶有us,不管后面緊接著是什么的字母的單詞,他都給你檢索出來,能夠檢索出use,usual,using,used等。


截詞符?不是很常用,它最多只能代表一個(gè)字母,比如你使用us?,那么他可以檢索出us,use,其他再長的的他檢索不到。


5
利用好布爾邏輯


AND 表示而且,OR表示并列,NOT表述不,排除在外。


6
限制檢索


在PubMed進(jìn)行的檢索是能夠檢索全文里面的,如果檢索的文章太多了,上千篇,你可以限制一下,比如將檢索詞限制在標(biāo)題,或摘要,[title]或[title/abstract],也可以使用[ti]或者[tiab]。


如果你之前對檢索文獻(xiàn)使用了PubMed左邊欄的限制選項(xiàng),這個(gè)是可以大大降低查全率的,因?yàn)檫@個(gè)選項(xiàng)只適用于MEDLINE收錄的文獻(xiàn),剛發(fā)表的來不及上標(biāo)簽?zāi)闶菣z索不到的,所以提醒大家謹(jǐn)慎使用這個(gè)功能,除非你使用主題詞檢索,否則一般不推薦使用。


7
上位詞檢索


有時(shí)候,你檢索的文獻(xiàn)很少,不是檢索詞的問題,比如你想檢索牙周炎和頭頸部腫瘤的風(fēng)險(xiǎn),你檢索牙周炎。


有時(shí)候會(huì)漏斗一部分文章,因?yàn)橛行┪恼卵芯垦乐芗膊『湍[瘤的風(fēng)險(xiǎn),文章里面也包括了牙周炎和癌癥的風(fēng)險(xiǎn),但是從題目和摘要你是看不出來的,就很可能會(huì)漏掉,這種情況少見,但是也會(huì)遇到。


所以當(dāng)你發(fā)現(xiàn)以上提高查全的方法還是沒檢索到很多文獻(xiàn)的時(shí)候,你就要考慮到這種情況,這時(shí)候,你不能僅僅使用自己的檢索詞,最好也查一下主要檢索詞的上位詞,比如牙周炎的上位詞牙周疾病,頭頸部腫瘤的上位詞是腫瘤。


8
手工篩查文獻(xiàn)


尤其是綜述和之前的meta分析以及你準(zhǔn)備納入的研究的參考文獻(xiàn),一定要仔細(xì)看,這里也可能會(huì)發(fā)現(xiàn)新的可以納入的文獻(xiàn)。


9
灰色文獻(xiàn)


有些文獻(xiàn)是不被PubMed收錄的,比如一些會(huì)議摘要什么的,這個(gè)時(shí)候你最好到自己專業(yè)的幾個(gè)公認(rèn)的頂尖期刊去查他們的會(huì)議論文摘要,或許有新的發(fā)現(xiàn)哦。


10
查找其他數(shù)據(jù)庫和引擎


查找其他數(shù)據(jù)庫和引擎,比如google學(xué)術(shù),具有自己專業(yè)特點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫。


看了這么多,謝謝小伙伴們的耐心。文獻(xiàn)檢索就是不斷調(diào)整檢索策略從而達(dá)到比較滿意效果的一個(gè)過程。


這個(gè)過程需要慢慢來,需要積累經(jīng)驗(yàn),多學(xué)習(xí),多交流,多參考別人的檢索策略。


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