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1 第一欄的為L(zhǎng)udger命名法,現(xiàn)在由Oxford命名法替代,后者更具優(yōu)勢(shì)。
2 完整命名對(duì)應(yīng)表見附件
3 2020年8月7日 星期五補(bǔ)充及更正:
第一欄稱為common name, 常用于CHO表達(dá)的mAb N-glycan的描述,因?yàn)閙Ab N-糖修飾位點(diǎn)、連接方式相對(duì)穩(wěn)定,所以這個(gè)common name更簡(jiǎn)潔一些。 但對(duì)于復(fù)雜連接方式的糖型就力不從心。糖科學(xué)家更傾向使用Oxford命名法。但在圖示方面有Oxford和CFG兩種,前者是黑白的,后者加上顏色信息(推薦)。
Common Name 命名規(guī)則如下:
所有的N-聚糖都有兩個(gè)核心的GlcNAcs。
高甘露糖聚糖被命名為ManX,其中X是兩個(gè)核心GlcNAcs之后的甘露糖數(shù)目;
F是巖藻糖,F(xiàn)后的數(shù)字表示巖藻糖的數(shù)目。沒有數(shù)字表示僅存在核心巖藻糖。
Gx是半乳糖,x是連接到兩個(gè)GlcNAcs的末端Gal的數(shù)量,G0是帶有兩個(gè)末端GlcNAcs的雙天線復(fù)合聚糖,G1是帶有兩個(gè)GlcNAcs和一個(gè)末端Gal的雙天線復(fù)合聚糖,G2是帶有兩個(gè)GlcNAcs的雙天線復(fù)合聚糖。和兩個(gè)終端Gal;
Gx-yN表示缺少y GlcNAc,例如, G1-N是帶有一個(gè)末端GlcNAc和一個(gè)末端Gal的雙天線復(fù)合聚糖。
S(NeuAc)或(NeuGc)是唾液酸。(NeuAc)或(NeuGc)表示唾液酸的類型;
括號(hào)中的數(shù)字表示連接:F(6)或S(6)分別表示α1–6連接的巖藻糖或α2,6連接的唾液酸;
方括號(hào)中的數(shù)字是殘基的位置,例如(3)或(6)表示殘基分別在α1,3或α1,6甘露糖臂中;和
xaGal是α-1,3-連接的半乳糖,x是殘基數(shù);
Oxford命名規(guī)則如下:
所有的N-聚糖都有兩個(gè)核心的GlcNAcs。
縮寫詞開頭的F表示核心巖藻糖,(6)在F后面表示該巖藻糖是與內(nèi)部GlcNAc連接的α1-6。
Mx,核心GlcNAcs上的甘露糖數(shù)量(x);
Ax,三甘露糖基核心上的天線數(shù)(GlcNAc);A2,以GlcNAcs為β1-2相連的雙天線;A3,三天線,GlcNAc將β1-2與甘露糖連接,第三個(gè)GlcNAc將β1-4與β1-3連接到甘露糖;A3',三天線,帶有一個(gè)GlcNAc將β1-2連接到甘露糖上,第三個(gè)GlcNAc將β1-6連接到甘露糖上;A4,GlcNAc作為A3連接,另外的GlcNAcβ1-6連接到α1-6甘露糖;
B,將GlcNAc平分,將β1-4與α1-3甘露糖連接;
Gx,天線上連接的半乳糖的數(shù)目(x),在G之后的(4)或(3)表示Gal是與β1-4或β1-3相連的;[3] G1和[6] G1表示半乳糖在α1-3或α1-6甘露糖的觸角上;
Gax,天線上連接的半乳糖的數(shù)量(x);和
Sx,與半乳糖連接的唾液酸的數(shù)目(x);S后面括號(hào)中的數(shù)字3或6表示唾液酸是處于α2-3還是α2-6鍵。
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