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糖基分析上通常說(shuō)的G0F,G1F等各種糖型的簡(jiǎn)稱是怎么對(duì)應(yīng)的?
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發(fā)布于 2017-04-19來(lái)自 iPhone/iPad 客戶端
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糖基分析上通常說(shuō)的G0F,G1F等各種糖型的簡(jiǎn)稱是怎么對(duì)應(yīng)的?這個(gè)我一直沒搞太明白
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見圖片詳細(xì)解說(shuō),摘自英國(guó)的Ludger 生物公司網(wǎng)站,是糖基化分析技術(shù)開發(fā)的鼻祖。



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感謝分享,不要廣告,你和樓主搭配的挺好。
發(fā)布于 2017-04-19來(lái)自 iPhone/iPad 客戶端
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認(rèn)證醫(yī)療行業(yè)從業(yè)者

1 第一欄的為L(zhǎng)udger命名法,現(xiàn)在由Oxford命名法替代,后者更具優(yōu)勢(shì)。

2 完整命名對(duì)應(yīng)表見附件

3 2020年8月7日 星期五補(bǔ)充及更正:

第一欄稱為common name, 常用于CHO表達(dá)的mAb N-glycan的描述,因?yàn)閙Ab N-糖修飾位點(diǎn)、連接方式相對(duì)穩(wěn)定,所以這個(gè)common name更簡(jiǎn)潔一些。 但對(duì)于復(fù)雜連接方式的糖型就力不從心。糖科學(xué)家更傾向使用Oxford命名法。但在圖示方面有Oxford和CFG兩種,前者是黑白的,后者加上顏色信息(推薦)。

Common Name 命名規(guī)則如下:

  1. 所有的N-聚糖都有兩個(gè)核心的GlcNAcs。

  2. 高甘露糖聚糖被命名為ManX,其中X是兩個(gè)核心GlcNAcs之后的甘露糖數(shù)目;

  3. F是巖藻糖,F(xiàn)后的數(shù)字表示巖藻糖的數(shù)目。沒有數(shù)字表示僅存在核心巖藻糖。

  4. Gx是半乳糖,x是連接到兩個(gè)GlcNAcs的末端Gal的數(shù)量,G0是帶有兩個(gè)末端GlcNAcs的雙天線復(fù)合聚糖,G1是帶有兩個(gè)GlcNAcs和一個(gè)末端Gal的雙天線復(fù)合聚糖,G2是帶有兩個(gè)GlcNAcs的雙天線復(fù)合聚糖。和兩個(gè)終端Gal;

  5. Gx-yN表示缺少y GlcNAc,例如, G1-N是帶有一個(gè)末端GlcNAc和一個(gè)末端Gal的雙天線復(fù)合聚糖。

  6. S(NeuAc)或(NeuGc)是唾液酸。(NeuAc)或(NeuGc)表示唾液酸的類型;

  7. 括號(hào)中的數(shù)字表示連接:F(6)或S(6)分別表示α1–6連接的巖藻糖或α2,6連接的唾液酸;

  8. 方括號(hào)中的數(shù)字是殘基的位置,例如(3)或(6)表示殘基分別在α1,3或α1,6甘露糖臂中;和

  9. xaGal是α-1,3-連接的半乳糖,x是殘基數(shù);

Oxford命名規(guī)則如下:

  1. 所有的N-聚糖都有兩個(gè)核心的GlcNAcs。

  2. 縮寫詞開頭的F表示核心巖藻糖,(6)在F后面表示該巖藻糖是與內(nèi)部GlcNAc連接的α1-6。

  3. Mx,核心GlcNAcs上的甘露糖數(shù)量(x);

  4. Ax,三甘露糖基核心上的天線數(shù)(GlcNAc);A2,以GlcNAcs為β1-2相連的雙天線;A3,三天線,GlcNAc將β1-2與甘露糖連接,第三個(gè)GlcNAc將β1-4與β1-3連接到甘露糖;A3',三天線,帶有一個(gè)GlcNAc將β1-2連接到甘露糖上,第三個(gè)GlcNAc將β1-6連接到甘露糖上;A4,GlcNAc作為A3連接,另外的GlcNAcβ1-6連接到α1-6甘露糖;

  5. B,將GlcNAc平分,將β1-4與α1-3甘露糖連接;

  6. Gx,天線上連接的半乳糖的數(shù)目(x),在G之后的(4)或(3)表示Gal是與β1-4或β1-3相連的;[3] G1和[6] G1表示半乳糖在α1-3或α1-6甘露糖的觸角上;

  7. Gax,天線上連接的半乳糖的數(shù)量(x);和

  8. Sx,與半乳糖連接的唾液酸的數(shù)目(x);S后面括號(hào)中的數(shù)字3或6表示唾液酸是處于α2-3還是α2-6鍵。

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