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SNP meta 是不想做實(shí)驗(yàn)想發(fā)SCI最短平快的絕技，之前幾講，我們已經(jīng)將步驟和思路介紹，接下來就是進(jìn)一步的完善。當(dāng)我們提取完snp的原始文獻(xiàn)的數(shù)據(jù)后，我們最好對對照組進(jìn)行哈代溫伯格定律（Hardy Weinberg Equilibrium，HWE）檢驗(yàn)，以減少病例-對照研究中出現(xiàn)的抽樣偏倚（這是由病例-對照研究的設(shè)計(jì)特點(diǎn)決定的）。

表1  模擬數(shù)據(jù)如下

HWE檢驗(yàn)可在Excel表格設(shè)置上表的函數(shù)進(jìn)行檢驗(yàn)。

或者

也可在Stata中進(jìn)行檢驗(yàn)，所用的是Stata獨(dú)有的search功能。

使用Stata計(jì)算時(shí)，在命令窗口輸入“search Hardy Weinberg equilibrium”，就會在結(jié)果窗口顯示很多相關(guān)的資料，并附帶有檢驗(yàn)HWE的安裝包，選擇其中一個(gè)點(diǎn)擊安裝即可。

或者在stata中輸入

*安裝hwe軟件包
ssc install genhwcci
*輸入對照組 cc  ct tt 數(shù)據(jù)
*HWE檢驗(yàn)
genhwcci  33  118  67, label(cc ct tt)

意義：群體遺傳學(xué)基本定律，如果符合H-W定律，表示樣本具有代表性，支持分析結(jié)論。

內(nèi)容：如果沒有選擇、突變和遷移等外在壓力，人群隨機(jī)婚配，基因型分布經(jīng)幾代傳遞后能夠達(dá)到平衡。

檢驗(yàn)方法：常用擬合優(yōu)度卡方檢驗(yàn)chi ^2= sum ((obs -exp)^2) / exp)，自由度為df=m(m-1)/2， m為等位基因數(shù)。

1.數(shù)據(jù)如下

2.哈溫平衡算法stata中輸入,復(fù)制紅色部分
ssc install genhwcci
help genhwcci
genhwcci 41 47 21 37 58 18   /*先病例組，后對照組*/

根據(jù)p值<0.05與否，整理為如下表格，p<0.05， hwe為0 no—不符合哈溫平衡。