今天是第792期日報。
Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]
① 菌群研究和分析方法正高速發(fā)展，研究方法標(biāo)準(zhǔn)化、數(shù)據(jù)共享平臺的推廣為聯(lián)合獨立項目、完善已有成果提供可能；② 實驗設(shè)計需合理設(shè)置空白和對照組，并考慮實驗動物的習(xí)性；③ 可參考對已知菌群的分析效果，決定采用標(biāo)志基因組、元基因組還是轉(zhuǎn)錄組分析方法；④ 基于序列實際差異的菌群分析方法應(yīng)逐步代替OTU分析；⑤ 基于菌群相對豐度的相關(guān)性分析容易出現(xiàn)假陽性，需要優(yōu)化分析方法；⑥ 多組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合有助于進(jìn)行全面的、機(jī)制性的菌群研究。
Best practices for analysing microbiomes
05-23 DOI: 10.1038/s41579-018-0029-9
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 膳食纖維有利于維持腸道菌群健康，增加其多樣性和功能；② 膳食纖維及其菌群代謝產(chǎn)物短鏈脂肪酸，可增強(qiáng)腸道屏障功能（促進(jìn)粘液生成和連接蛋白表達(dá)）、降低腸腔內(nèi)的氧含量、維持免疫系統(tǒng)健康；③ 對炎性腸病、結(jié)直腸癌、慢阻肺、哮喘、肥胖和糖尿病等免疫和炎癥相關(guān)疾病均有益；④ 膳食纖維還能結(jié)合并調(diào)節(jié)營養(yǎng)物質(zhì)和膽汁酸的吸收和代謝，其菌群代謝產(chǎn)物阿魏酸也對身體有益；⑤ 推薦每天50g的膳食纖維攝入量，但具體數(shù)值應(yīng)根據(jù)個體情況決定。
The Impact of Dietary Fiber on Gut Microbiota in Host Health and Disease
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.012
British Medical Journal[IF:20.785]
① 腸道菌群影響免疫、能量代謝等人體健康的諸多方面，菌群失調(diào)和多樣性降低與多種疾病相關(guān)；② 飲食和營養(yǎng)影響腸道菌群，菌群發(fā)酵膳食纖維生成短鏈脂肪酸，有多種健康益處，三甲胺、吲哚丙酸等菌群代謝產(chǎn)物也對健康產(chǎn)生直接影響；③ 藥物、食品添加劑、抗生素和殺蟲劑，均可能對腸道菌群產(chǎn)生不良影響；④ 膳食纖維及益生元/菌等干預(yù)方法靶向腸道菌群，可對特定病癥有改善作用，需更多隨機(jī)對照臨床試驗進(jìn)行驗證；⑤ 個性化營養(yǎng)需考慮腸道菌群。
Role of the gut microbiota in nutrition and health
06-13 DOI: 10.1136/bmj.k2179
Gut[IF:16.658]
① 代謝疾病中，基因、食物和藥物影響菌群組成和數(shù)量、代謝產(chǎn)物和免疫間的平衡；② 菌群組成與腸道黏液層、抗微生物信號和SCFA生成相關(guān)；③ 丙酸和丁酸作用于GPCR，促進(jìn)L細(xì)胞生成腸肽調(diào)節(jié)能量攝入和血糖，影響MAIT和Treg等免疫細(xì)胞，還能激活PPAR-γ以維持腸道厭氧環(huán)境，影響腸道屏障功能；④ 糞便普雷沃氏菌和Akk菌的研究提示，特定細(xì)菌的有益/害作用可能受多種因素影響，而不是絕對的；⑤ 謹(jǐn)防菌群研究中的“陷阱”，關(guān)聯(lián)性不等于因果性。
Human gut microbiome: hopes, threats and promises
06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316723
Cell Metabolism[IF:18.164]
① 果蠅的表達(dá)速激肽的腸內(nèi)分泌細(xì)胞（EE）中，免疫缺陷（IMD）先天免疫通路信號可增強(qiáng)速激肽和胰島素樣肽3的表達(dá)、腸細(xì)胞脂動員和胰島素信號；② IMD通路突變果蠅的代謝表型與無菌果蠅類似，果蠅幼蟲的正常發(fā)育需要激活EE中的IMD通路；③ 腸道菌群代謝產(chǎn)物乙酸，經(jīng)EE的膜受體PGRP-LC，使IMD通路活化，喂食乙酸或活化IMD通路均可加速無菌果蠅幼蟲的發(fā)育；④ 先天免疫不僅是抵抗腸道感染的第一道防線，也為共生菌群調(diào)控宿主代謝提供一種途徑。
The Drosophila Immune Deficiency Pathway Modulates Enteroendocrine Function and Host Metabolism
06-21 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.05.026
Nature Medicine[IF:29.886]
① 高脂飲食顯著增加小鼠腸道的吲哚胺2,3-加雙氧酶（IDO）活性，促進(jìn)色氨酸分解代謝為犬尿氨酸，限制了腸道菌群的吲哚-3-乙酸等色氨酸代謝產(chǎn)物生成；② 敲除編碼IDO的基因Ido1或用藥物抑制IDO活性，可改善高脂飲食喂養(yǎng)小鼠的胰島素敏感性、腸粘膜屏障、內(nèi)毒素和慢性炎癥、肝臟和脂肪組織的脂代謝；③ 上述益處與腸道菌群變化和IL-22水平上升有關(guān)，用抗體中和IL-22可消除敲除Ido1的益處；④ 肥胖和糖尿病患者中也存在同樣的色氨酸代謝變化。
Genetic deficiency of indoleamine 2,3-dioxygenase promotes gut microbiota-mediated metabolic health
06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0060-4
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 在腸道中，色氨酸代謝主要通過3個途徑；② 腸道菌群直接代謝色氨酸，代謝產(chǎn)物包括芳香烴受體的配體，在免疫穩(wěn)態(tài)、腸道屏障功能中發(fā)揮作用；③ 免疫細(xì)胞及上皮細(xì)胞通過吲哚胺2,3-加雙氧酶1（IDO1）介導(dǎo)的犬尿氨酸途徑，在炎癥、免疫反應(yīng)、神經(jīng)功能中扮演重要角色；④ 腸嗜鉻細(xì)胞通過色氨酸羥化酶1（TpH1）介導(dǎo)的5羥色胺產(chǎn)生途徑，腸道來源的5羥色胺具有刺激腸道運(yùn)動、促進(jìn)腸-腦軸信號等功能；⑤ 在不同疾病中，3個代謝途徑受到不同的影響。
Gut Microbiota Regulation of Tryptophan Metabolism in Health and Disease
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.003
Trends in Immunology[IF:13.287]
① 腸道和肝膽道存在宿主特異性菌群定植，腸道菌群影響腸壁屏障的完整性；② 腸道菌群調(diào)控肝臟和代謝功能，參與酒精性和非酒精性脂肪肝等的發(fā)病，膽汁酸及FXR等肝臟來源的信號影響菌群；③ 晚期肝病出現(xiàn)菌群成分易位所致的相關(guān)癥狀，菌群調(diào)控代謝性肝病的敏感性，原發(fā)性硬化性膽管炎、肝硬化及肝性腦病與菌群相關(guān)；④ 循環(huán)性菌群成分促進(jìn)晚期肝病的發(fā)病；⑤ 肝-菌群雙向交流在健康和各種肝臟疾病中發(fā)揮重要作用，可能成為治療晚期肝病的靶點。
Liver–Microbiome Axis in Health and Disease
05-26 DOI: 10.1016/j.it.2018.05.002
Journal of Hepatology[IF:12.486]
① 膽汁酸（BA）通過G蛋白耦聯(lián)受體（TGR5）和法尼酯X受體（FXR）控制宿主代謝通路和調(diào)控炎癥應(yīng)答，是腸-肝對話的關(guān)鍵介導(dǎo)因子；② 腸道菌群與BA雙向互作，BA通過塑造宿主腸道免疫和部分內(nèi)源性抗菌特性影響腸道菌群的組成；③ 腸道菌群組成的改變也影響了對BA的代謝，通過BA受體改變信號傳導(dǎo)；④ FXR是調(diào)控脂質(zhì)、葡萄糖代謝的核心通路，維持腸道穩(wěn)態(tài)、腸道屏障完整性及腸道免疫；⑤ BA介導(dǎo)腸-肝交流，可望成為多種肝臟疾病的治療靶點。
Role of bile acids in the gut-liver axis
03-05 DOI: 10.1016/j.jhep.2017.11.025
Nature Medicine[IF:29.886]
① 分析脂肪肝患者的糞便宏基因組、分子表型組（肝轉(zhuǎn)錄組、血漿和尿液代謝組）和臨床表型；② 患者腸道菌群基因豐富度低，菌群的膳食脂質(zhì)代謝、內(nèi)毒素、芳香族和支鏈氨基酸的生物合成能力增強(qiáng)；③ 與此一致的是患者的代謝組特征，且肝臟免疫炎癥等基因表達(dá)增強(qiáng)；④ 糞菌移植實驗表明腸道菌群可引發(fā)脂肪肝，長期苯乙酸攝入（PAA，菌群芳香族氨基酸代謝產(chǎn)物）也有相似作用；⑤ 基于分子表型組學(xué)和宏基因組學(xué)的建?？捎糜陬A(yù)測脂肪肝情況。
Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women
06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0061-3
PNAS[IF:9.661]
① 黃芩苷是一種來源于中草藥中的類黃酮，具有抗脂肪變性的活性；② 利用定量化學(xué)蛋白組學(xué)分析方法，鑒定出黃岑苷的關(guān)鍵靶點——肉毒堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶1（CPT1），后者是脂肪酸氧化中的控制酶；③ 黃芩苷直接激活肝臟中的CPT1，促進(jìn)脂質(zhì)向線粒體中的內(nèi)流，用于脂肪酸氧化；④ 長期使用黃芩苷處理可緩解飲食誘導(dǎo)的小鼠肥胖及肝性脂肪變性，并系統(tǒng)性改善其它代謝失調(diào)；⑤ 對CPT1上預(yù)測的黃岑苷結(jié)合位點進(jìn)行破壞，可完全消除黃岑苷的有益作用。
Chemoproteomics reveals baicalin activates hepatic CPT1 to ameliorate diet-induced obesity and hepatic steatosis
06-11 DOI: 10.1073/pnas.1801745115
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]
① 低度炎癥是肥胖并發(fā)癥（糖尿病和心臟?。┖臀改c道癌（如肝癌、胰腺癌和結(jié)腸癌）共同的特點之一，與腸道菌群紊亂有關(guān)；② 肥胖患者中，腸道菌群的失調(diào)與腸道屏障功能障礙相關(guān)，引起的內(nèi)毒素血癥可導(dǎo)致炎癥反應(yīng)的發(fā)生；③ 肥胖患者的腸道菌群中，可產(chǎn)生短鏈脂肪酸的細(xì)菌豐度降低，抑制了GPR43及GPR109A的活化，后兩者可通過抗菌肽、緊密連接蛋白及Treg促進(jìn)上皮細(xì)胞中的抗炎癥反應(yīng)；④ 腸道菌群失調(diào)引起的脫氧膽酸增加也可能促進(jìn)癌癥發(fā)生。
Gut microbiota-mediated inflammation in obesity: a link with gastrointestinal cancer
05-29 DOI: 10.1038/s41575-018-0025-6
The Lancet Oncology[IF:33.9]
① 衰老相關(guān)的腸道菌群失調(diào)，如有益微生物（Akk菌和短鏈脂肪酸生成菌等）減少，削弱了對致病菌的抑制，破壞腸道屏障完整性；② 菌群產(chǎn)物穿過腸道“漏洞”引發(fā)一系列炎癥反應(yīng)，促進(jìn)生成TNFα、IL-1、IL-6等促炎性細(xì)胞因子，使身體處于慢性促炎癥狀態(tài)（炎性衰老）；③ 炎性衰老對免疫系統(tǒng)有負(fù)面影響，抑制髓樣細(xì)胞對老化和癌變細(xì)胞的清除，促進(jìn)腫瘤生長；④ 通過調(diào)節(jié)腸道菌群進(jìn)行干預(yù)，或能減少炎性衰老、改善免疫功能，降低老年人的癌癥風(fēng)險。
Gut dysbiosis: a potential link between increased cancer risk in ageing and inflammaging
06-01 DOI: 10.1016/S1470-2045(18)30095-0
Trends in Cognitive Sciences[IF:15.402]
① 無菌動物和糞菌移植等實驗手段，初步確認(rèn)腸道菌群對情緒、認(rèn)知和行為等心理學(xué)過程的影響，但仍需深入研究；② 腸道菌群通過腸腦軸多途徑與大腦溝通：SCFA和神經(jīng)遞質(zhì)等菌群代謝物、細(xì)胞因子和炎癥、腸道激素、迷走神經(jīng)等；③ 有研究支持精神益生菌/元的作用，也有初步臨床試驗表明糞菌移植對自閉癥有一定改善，但切忌過度樂觀；④ 應(yīng)將菌群納入主流心理學(xué)研究，著重于精神疾病的菌群特征、認(rèn)知衰退中菌群的作用、精測心理功能與菌群的關(guān)系。
The Microbiome in Psychology and Cognitive Neuroscience
06-12 DOI: 10.1016/j.tics.2018.04.006
Cell Metabolism[IF:18.164]
① 在多發(fā)性硬化（MS）小鼠EAE模型中，間歇性禁食（IF）可緩解疾病程度和中樞神經(jīng)病理；② IF增加小鼠腸道細(xì)菌多樣性，使乳桿菌科、擬桿菌科和普雷沃氏菌科富集，增強(qiáng)菌群的抗氧化代謝通路；③ 并改變腸道內(nèi)T細(xì)胞，生成IL-17的T細(xì)胞減少、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞增加；④ 糞菌移植實驗表明，腸道菌群的變化至少部分性介導(dǎo)了IF的神經(jīng)保護(hù)作用；⑤ 間歇性能量限制有臨床轉(zhuǎn)化前景，短期干預(yù)可改變MS患者的腸道菌群組成和代謝，其趨勢在一定程度上與小鼠相似。
Intermittent Fasting Confers Protection in CNS Autoimmunity by Altering the Gut Microbiota
06-05 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.05.006
Molecular Psychiatry[IF:13.204]
① 高脂飲食誘導(dǎo)的肥胖（DIO）小鼠，焦慮和抑郁樣行為增多；② DIO小鼠口服甲硝唑或萬古霉素，可降低伏隔核等大腦區(qū)域的炎性細(xì)胞因子表達(dá)，改善大腦和外圍的胰島素抵抗，減少焦慮和抑郁行為；③ 這些效果可逆，也可通過糞菌移植在無菌小鼠中重現(xiàn)；④ 代謝組分析表明，抗生素可使DIO小鼠腦內(nèi)的色氨酸、GABA、腦源性神經(jīng)營養(yǎng)因子、氨基酸和多種?；舛緣A的水平正常化；⑤ 腸道菌群的變化，控制大腦的胰島素信號和代謝物水平，影響神經(jīng)行為。
Gut microbiota modulate neurobehavior through changes in brain insulin sensitivity and metabolism
06-18 DOI: 10.1038/s41380-018-0086-5
Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]
① 腸道共生菌酵解膳食纖維生成短鏈脂肪酸，供給腸道細(xì)胞能量；② 腸道細(xì)胞分泌黏液覆蓋上皮粘膜層，共同構(gòu)成腸粘膜屏障， 黏液中含有的IgA和抗菌肽抵御有害共生菌和病原體入侵；③ 腸道致密共生菌保護(hù)其抵御病原體，而腸蠕動和附著性促進(jìn)病原體定殖，腸道菌群組成或生理改變破壞腸粘膜屏障完整性；④ 小腸粘膜屏因具營養(yǎng)吸收功能，粘液層較?。虎?致病菌的入侵策略包括：利用上皮細(xì)胞譜系、分泌酶降解粘液并破壞緊密連接、破壞粘液層和粘液生成。
Interactions of commensal and pathogenic microorganisms with the intestinal mucosal barrier
06-14 DOI: 10.1038/s41579-018-0036-x
Immunity[IF:22.845]
① 人腸道α-防御素5（HD5）是一種宿主防御肽，對腸道穩(wěn)態(tài)及先天性免疫十分重要；② 在體內(nèi)及體外實驗中，HD5均可通過提升細(xì)菌的粘附能力，促進(jìn)志賀氏桿菌的感染性，這種促進(jìn)作用依賴于HD5的序列及結(jié)構(gòu)；③ 志賀氏桿菌因缺失菌毛，難以有效地粘附于宿主，但菌毛的缺失促進(jìn)了HD5對志賀氏桿菌粘附能力的提升；④ HD5通過靶向細(xì)菌膜蛋白，促進(jìn)志賀氏桿菌的粘附于感染，可惡化志賀氏桿菌引起的病理表現(xiàn)。
Human Enteric α-Defensin 5 Promotes Shigella Infection by Enhancing Bacterial Adhesion and Invasion
05-29 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.014
Nature Immunology[IF:21.506]
① IL-17A和IL-17F有50%同源性，二者在腸道炎癥調(diào)控中起不同作用；② 在DSS或T細(xì)胞誘導(dǎo)的結(jié)腸炎小鼠模型中，敲除IL-17F可增加結(jié)腸固有層Treg、緩解炎癥，而敲除IL-17A無此效果；③ T細(xì)胞和多種結(jié)腸免疫細(xì)胞生成IL-17F，可以誘導(dǎo)Ang4和PLA2等抗菌肽表達(dá)，降低梭菌屬XIVa和鼠乳桿菌等腸道共生菌的豐度；④ 梭菌屬XIVa促進(jìn)Treg分化，并誘導(dǎo)結(jié)腸組織表達(dá)β-防御素1和4，以抑制普氏菌屬；⑤ IL-17F抗體可增加梭菌屬XIVa和鼠乳桿菌定殖，抑制結(jié)腸炎。
Suppression of IL-17F, but not of IL-17A, provides protection against colitis by inducing Treg cells through modification of the intestinal microbiota
06-18 DOI: 10.1038/s41590-018-0134-y
Cell[IF:30.41]
① 給小鼠服用瀉藥聚乙二醇（PEG）引發(fā)輕度滲透性腹瀉，持續(xù)6天，可引起腸道菌群顯著而長期的改變，該影響呈劑量依賴性；② 菌群變化包括：α多樣性顯著降低、難以完全恢復(fù)，一些高豐度菌消失（如S24-7菌科和γ變形菌綱），伴隨原本占據(jù)同生態(tài)位的低豐度菌的擴(kuò)張（如擬桿菌科）；③ 宿主腸道生理受損，但停藥后很快恢復(fù)；④ 腹瀉也引起宿主的先天和適應(yīng)性免疫應(yīng)答，有些免疫反應(yīng)長期存在；⑤ 降低環(huán)境干凈程度，有助于消失的菌在腸道內(nèi)重新定殖。
Transient Osmotic Perturbation Causes Long-Term Alteration to the Gut Microbiota
06-14 DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.008
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 色胺是一種由腸道菌群代謝色氨酸產(chǎn)生的單胺，與5羥色胺類似，在人類及嚙齒動物糞便中含量豐富；② 色胺可通過激活結(jié)腸上皮細(xì)胞中特有的一種G蛋白偶聯(lián)受體（GPCR）——5-HT4受體（5-HT4R），增加胞內(nèi)的cAMP水平，從而增加無菌小鼠及菌群人源化小鼠近端結(jié)腸的陰離子及液體分泌；③ 使用5-HT4R拮抗劑或在小鼠中敲除5-HT4R，色胺無法介導(dǎo)上述效應(yīng)；④ 無菌小鼠定殖可產(chǎn)生色胺的工程多形擬桿菌，可加速其胃腸道轉(zhuǎn)運(yùn)。
Gut Microbiota-Produced Tryptamine Activates an Epithelial G-Protein-Coupled Receptor to Increase Colonic Secretion
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.004
American Journal of Gastroenterology[IF:9.566]
① 胃腸疾病中使用益生菌，應(yīng)以隨機(jī)臨床試驗（RCT）作為證據(jù)；② 大部分相關(guān)RCT都存在規(guī)模小、質(zhì)量低的局限， GRADE系統(tǒng)可用于判定證據(jù)可信度；③ 糞菌移植治療復(fù)發(fā)性艱難梭菌感染的證據(jù)等級最高；④ 乳酸菌、雙歧桿菌、鏈球菌或布拉酵母菌用于抗生素相關(guān)腹瀉，乳酸菌、雙歧桿菌或酵母作為輔助治療用于根除幽門螺桿菌，可信度中等；⑤ VSL#3、糞菌移植、雙歧桿菌用于潰瘍性結(jié)腸炎，乳酸菌用于痛性憩室病，多種益生菌用于肝性腦病等，證據(jù)等級低。
Probiotics in Gastroenterology: How Pro Is the Evidence in Adults?
06-19 DOI: 10.1038/s41395-018-0138-0
Gut[IF:16.658]
① 鼠李糖乳桿菌GG（LGG）釋放脂磷壁酸（LTA），后者激活小腸隱窩周圍的巨噬細(xì)胞的TLR2通路，誘導(dǎo)趨化因子CXCL12的表達(dá)；② 固有層中COX-2 間充質(zhì)干細(xì)胞（MSC）表達(dá)CXCR4，可結(jié)合CXCL12，從而激活這些MSC向腸隱窩上皮干細(xì)胞附近遷移；③ 這些MSC釋放的PGE2可保護(hù)上皮干細(xì)胞，減少輻射誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡；④ LGG誘導(dǎo)的MSC預(yù)遷移，使輻射損傷的修復(fù)得以迅速開啟；⑤ 接受腹部放療的小鼠中，LGG保護(hù)正常腸隱窩，但對移植的腫瘤組織無保護(hù)效果。
Lactobacillus rhamnosus GG protects the intestinal epithelium from radiation injury through release of lipoteichoic acid, macrophage activation and the migration of mesenchymal stem cells
06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316226
Nature Communications[IF:12.124]
① 分析12名挪威嬰兒出生第一年內(nèi)的2684個糞便菌群（每個嬰兒幾乎每1-2天一個樣本）；② 嬰兒腸道菌群發(fā)育軌跡高度個體化，呈非線性動態(tài)變化，菌群多樣性隨時間增加，但有波動；③ 出生后約60到130天期間，菌群發(fā)育呈加速收斂，不同嬰兒間菌群組成差距變小，雙歧桿菌屬快速增長、厚壁菌門的多個成員減少；④ 該階段的結(jié)束與輔食引入時間一致，之后雙歧桿菌屬減少、厚壁菌門增加；⑤ 研究嬰兒菌群發(fā)育時，應(yīng)重視縱向、高頻的樣本收集和分析。
Individuality and convergence of the infant gut microbiota during the first year of life
06-08 DOI: 10.1038/s41467-018-04641-7
Journal of Autoimmunity[IF:7.641]
① 女性對感染性疾病更有抵抗力，自身免疫疾病的風(fēng)險也更高；② 機(jī)制可能與雌激素及受體對TLR信號通路的影響相關(guān)，并且一些免疫調(diào)節(jié)基因位于X染色體上；③ 性激素通過調(diào)節(jié)腸道菌群的組成影響免疫系統(tǒng)：雌三醇與雌二醇可抑制群體感應(yīng)信號從而降低細(xì)菌毒力，黃體酮可促進(jìn)口腔擬桿菌屬及普氏中間菌的生長；④ 腸道菌群也可影響雌激素的水平：可將糖皮質(zhì)激素轉(zhuǎn)化為雄激素，或通過分泌β-葡萄糖醛酸酶，將雌激素-膽汁酸復(fù)合物解離釋放出活性雌激素。
Connecting the immune system, systemic chronic inflammation and the gut microbiome: The role of sex
06-01 DOI: 10.1016/j.jaut.2018.05.008
Cell Host and Microbe[IF:14.946]
① 通過功能宏基因組篩選，在人體菌群中發(fā)現(xiàn)了GPCR激動劑——Commendamide；② 基于功能宏基因組的信息指導(dǎo)生物合成基因的設(shè)計，獲得了與Commendamide化學(xué)性質(zhì)相似的產(chǎn)物N-?；０?；③ 利用基于宏基因組序列的生物信息學(xué)分析，也得到了新型硫肽抗生素、Humimycins、二肽醛、吲哚丙烯酸等類型小分子及其功能；④ 通過代謝組學(xué)方法分析菌群的化學(xué)圖譜，是生物學(xué)方法的有益補(bǔ)充，不僅可以發(fā)現(xiàn)新型天然產(chǎn)物，也能鑒定基于已知小分子的生物假說。
Accessing Bioactive Natural Products from the Human Microbiome
06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.013
Nature[IF:40.137]
① 宏基因組方法得到了來自于酸桿菌門、疣微菌門、Rokubacteria和芽單胞菌門接近完整的376株土壤微生物的基因組序列；② 從中鑒定得到＞1500個新的生物合成基因簇（BGC），其中有＞320個BGC可能具有合成新型抗生素的能力；③ 這些BGC可分為非核糖體多肽合成酶（NPRS）型、聚酮合成酶（PKS）型或者NRPS-PKS混合型，來源于酸桿菌門細(xì)菌的數(shù)量最多；④ 宏轉(zhuǎn)錄組分析顯示這些BGC基因和雙組分系統(tǒng)、轉(zhuǎn)錄激活、抗性和鐵調(diào)控相關(guān)基因共表達(dá)。
Novel soil bacteria possess diverse genes for secondary metabolite biosynthesis
06-13 DOI: 10.1038/s41586-018-0207-y
Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]
① 培養(yǎng)組學(xué)使用多種培養(yǎng)條件促進(jìn)難養(yǎng)菌生長，結(jié)合MALDI-TOF質(zhì)譜和16S rRNA測序等技術(shù)，以鑒定細(xì)菌等微生物；② 人體腸道中存在約80%的未知細(xì)菌，近年來培養(yǎng)組學(xué)的應(yīng)用不僅使可培養(yǎng)的人體細(xì)菌增加了上百種，還用于臨床的致病菌分離鑒定，發(fā)現(xiàn)新的分類單元，減少了宏基因組的未分配OTU；③ 用培養(yǎng)組學(xué)獲得的菌株可用于體外和動物實驗，對于腸道菌群相關(guān)疾病的研究必不可少；④ 培養(yǎng)組學(xué)還能用于分離潛在的益生菌，是研發(fā)細(xì)菌療法的基礎(chǔ)。
Culturing the human microbiota and culturomics
06-24 DOI: 10.1038/s41579-018-0041-0
Nature Microbiology[IF:N/A]
① 菌群生態(tài)功能可分為“廣泛”和“狹窄”兩種類型，前者包括呼吸速率、細(xì)胞生產(chǎn)和代謝潛能，后者包括木糖苷酶、幾丁質(zhì)酶、葡糖苷酶和磷酸酶活性；② 相關(guān)性分析顯示，菌群（尤其是高豐度菌群）豐度與“廣泛”功能的相關(guān)性強(qiáng)，與“狹窄”功能的相關(guān)性較弱；③ 菌群功能互作分析顯示，高豐度細(xì)菌種系間的負(fù)相互作用、低豐度細(xì)菌種系間的正相互作用，分別在決定“廣泛”和“狹窄”功能中起關(guān)鍵作用；④ 菌群功能互作關(guān)系可被群落混合實驗證實。
Abundance determines the functional role of bacterial phylotypes in complex communities
06-18 DOI: 10.1038/s41564-018-0180-0
Microbiome[IF:8.496]
① 向樣品中加入合成的嵌合體DNA作為內(nèi)參，可定量計算環(huán)境樣品中微生物的絕對豐度，并在不同來源樣品間進(jìn)行比對；② 嵌合體DNA的引物結(jié)合位點、插入序列的CG含量對應(yīng)相應(yīng)的擴(kuò)增子序列，以質(zhì)粒為載體被加入樣品；③ 該方法會影響菌群種系結(jié)構(gòu)的計算，在相對豐度減少的情況下，特定菌群的絕對豐度可能維持穩(wěn)定甚至增加；④ 利用該方法，發(fā)現(xiàn)18S和ITS擴(kuò)增子可能分別高估和低估了土壤中的霉菌數(shù)量；⑤ 最好通過預(yù)實驗來選擇內(nèi)參的加入量。
Absolute quantitation of microbiota abundance in environmental samples
06-09 DOI: 10.1186/s40168-018-0491-7
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