整個清代，雖然難以找出具有劃時代意義的藥物學杰作，但也異常繁榮，至少在本草著作的數(shù)量上空前多，種類空前豐富。
(一)趙學敏的《本草綱目拾遺》
在醫(yī)學史上，但凡一部偉大著作產(chǎn)生之后，往往會伴隨著產(chǎn)生眾多的后續(xù)性著作。在《本草綱目》眾多后續(xù)性著作中，成就最大的無疑是清代趙學敏的《本草綱目拾遺》。趙學敏一成中寫過大量有關(guān)醫(yī)藥方面的著作，其中的《升降秘要》和《藥性玄解》是介紹煉丹方法的，實際上是研究制藥化學的專著；《本草話》是辨別藥物真?zhèn)魏彤a(chǎn)地的專著；《花藥卜名錄》專載藥物別名和隱名；《奇藥備考》是補充明代高廉所著《珍異藥品》的著作。可惜這些著作都已散佚無存。趙學敏畢生心血在藥物方面只留下《本草綱目拾遺》10卷尚流傳于世。
《本草綱目拾遺》的主要貢獻在于，他總結(jié)了《本草綱目》之后藥物學發(fā)展的成就。全書載藥921種，其中的716中為《本草綱目》所未載。這一數(shù)字超過了古代任何一部本草著作所新增添的藥物數(shù)，對李時珍的錯誤或不妥之處加以訂正。如《本草綱目》載鉛粉辛寒無毒，世人“皆仍其誤”，危害匪淺，趙學敏根據(jù)實地考查，證明這是錯誤的，并加以糾正。趙學敏對民間醫(yī)藥知識極為重視，他深入到民間勞動群眾當中，虛心學習求教，采集了許多簡、便、廉的草藥和單方。如雞血藤舒筋活絡(luò)、鴉膽子治冷痢、千里光治瘡、鷓鴣菜驅(qū)蛔蟲、臭梧桐治頭風、六月霜解暑毒等等都直接來源于民間經(jīng)驗。他還記載了清以來傳入的藥物知識，如治療瘧疾的金雞勒、治療咽喉腫痛的胖大海、外用的日精油及東洋參、西洋參、煙草等等。還記載了一些西藥如消強水、刀創(chuàng)水、沖鼻水等。趙學敏編纂醫(yī)藥著作的目的是“可濟于世”，因而他治學態(tài)度極為嚴謹。因此《本草綱目拾遺》有很高的科學價值，是清代新內(nèi)容最豐富的本草著作之一，代表了清代本草學的最高成就。
(二)尊經(jīng)復古思潮下的本草著作
從明代繆希雍《本草經(jīng)疏》起，明清在藥物理論探討上出現(xiàn)了新的變更，其中有言本草必宗《本經(jīng)》的尊經(jīng)派，著力闡發(fā)《神農(nóng)本草經(jīng)》的藥物機理；有致力于《神農(nóng)本草經(jīng)》原文的輯復工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對象，注疏“經(jīng)方”藥物的。這種尊經(jīng)復古傾向的產(chǎn)生與清代整個醫(yī)學界的復古思潮有關(guān)，與清政府禁固思想文化而產(chǎn)生的乾嘉考據(jù)學風也有關(guān)。
1、注疏《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物為主的本草著作
《本草祟原》為張志聰?shù)奈赐旮?，?jīng)其門人高士繼續(xù)完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機之間的關(guān)系入手分析藥理，切于實際，通俗易曉。
清代中葉另有姚球撰有《本草經(jīng)解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應(yīng)”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結(jié)合，與《本草祟原》殊途同歸。
乾隆年間著名醫(yī)家除大椿撰集了《神農(nóng)本草經(jīng)百種錄》，從辨藥物之形氣監(jiān)督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對當時一些不明藥性、濫用藥品的時弊予以抨擊。
陳修園撰寫《神農(nóng)本草經(jīng)讀》時常結(jié)合張仲景用藥法，并結(jié)合自身豐富的臨床經(jīng)驗，頗有建樹。綜上各家的共同特點都是在理論上尊經(jīng)崇古，但由于以上著作多出于臨床經(jīng)驗豐富的名醫(yī)之手，故有不少寶貴的用藥經(jīng)驗體會，頗有新的見地，所以流傳較廣。
2、對《神農(nóng)本革經(jīng)》等的輯復工作
《神農(nóng)本草經(jīng)》的輯佚始于南宋，至明代有盧復輯佚本。清代受考據(jù)學的直接影響，一些經(jīng)學家把其余力用在本草著作上，出現(xiàn)了一股小小的輯佚熱潮，孫星衍、孫馮翼所輯《神農(nóng)本草經(jīng)》是各種輯佚本中較突出的一部。孫星衍是清代著名考據(jù)學家，孫馮翼是他的學生，仰仗他們淵博的學識、豐富的資料和嚴謹?shù)膶W風，二孫輯本受到廣泛重視，多次翻刻，影響較大。此后顧觀光在《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物?？焙涂甲C方面下了一定功夫，輯為新的本子，但其編排次序取自《本草綱目》所列《本經(jīng)》目錄，未為允當。
此外清代對《吳普本草》、《雷公炮炙論》、《新修本草》都作了初步輯復工作。
3、注疏經(jīng)方藥物為主的本草著作
清代部分尊經(jīng)復古者專門討論《傷寒論》、《金匱要略》兩部經(jīng)典中的藥物。黃元御《長沙藥解》，取張仲景方書中161味藥，探討張仲景治病用藥機理。其特點是將論病與用藥議方結(jié)合起來，間附個人見解，對當時醫(yī)學中的流弊也多加針砭。
鄒澍將張仲景所用173味藥予以疏證，編成《本經(jīng)疏證》。該書將藥物分為三品，除注疏藥性外，還在毒藥下論述了藥物基原，其特點是結(jié)合個人體會，把藥、方、病結(jié)合起來論述。
此外還有周巖《本草恩辨錄》吳槐綬《南陽藥證匯解》和田伯良《神農(nóng)本草經(jīng)原文藥性增解》也都著眼于張仲景用藥法的研究。
(三)《本草述》及后續(xù)著作
清初節(jié)纂改編《本草綱目》的著作中，劉若金的《本草述》影響較大。他將《本草綱目》進行了刪節(jié)修訂，在80歲上撰成《本草述》一書。書共32卷，編排順序、藥品基本上都取自《本草綱目》大量吸收宋元以來醫(yī)家有關(guān)論述。該書論藥以談?wù)撍幮运幮Ъ八幚砣胧郑Ｓ诼砸叭苏撜f之后，附以大篇闡釋，對有些藥物解說辨析入微，頗有見地。
該書一問世，頗受歡迎。嘉慶間楊時泰對其進行刪節(jié)修訂，增加了藥物基原、產(chǎn)地、性味、主治等內(nèi)容，使一部原為專述藥性的著作，一變成為適于臨床應(yīng)用的書籍，命名為《本草述鉤玄》。
在《本草述》基礎(chǔ)上改編而成的，還有陳其瑞的《本草撮要》，全書以藥為經(jīng)，以方為緯；體裁與《本草述鉤玄》相類似。另有張琦依據(jù)《本草述》節(jié)錄的《本草述錄》。其后蔣溶又在張琦節(jié)本基礎(chǔ)上再加輯補，成《萃金裘本草述錄》。張琦學生包誠在張琦節(jié)本藥物基礎(chǔ)上，以十二經(jīng)絡(luò)為經(jīng)，十劑為緯，列成《十劑表》。
(四)普及性本草著作
在清代400余部本草著作中，普及性本草書籍竟占大半，這不能說是完全正常的，但普及性本草著作中仍不乏高水準之作。
清代流行最廣的普及性本草著作是汪昂的《本草備要》。他以《本草綱目》和《神農(nóng)本草經(jīng)疏》為基礎(chǔ)加以綜合節(jié)要而成。該書最大特點是實用，所選400種藥物皆常用之品；另一特點是通俗，解說簡明扼要，易懂易記。
吳儀洛的《本草從新》是《本草備要》的增補本。共錄藥物720種。分類編次悉同《本草備要》。補充了許多未見于本草著作記載的民間藥材。在藥物識別上他也根據(jù)體會予以記述，其次在產(chǎn)地、道地藥材、炮灸等方面都有新的見解。
其它如郭佩蘭的《本草匯》、張璐的《本草逢原》、黃宮繡的《本草求真》等等也各有特色。
清代方劑學與藥物學有類似的特點，即數(shù)量眾多，內(nèi)容豐富，且多短小精悍，適于應(yīng)用。同時對理法方藥和方劑配合意義的研究已更為普遍，水準也不斷提高。
清代在方劑學方面影響最大的著作要首推汪昂的《醫(yī)方集解》。該書在分類編排上打破了過去方書以病癥分類的傳統(tǒng)，而采用根據(jù)方劑功效分門別類的方法，按補養(yǎng)、涌吐、發(fā)表、攻里、表里等21門歸納諸方。這樣既便于查閱，又避免了重復。每一具體醫(yī)方又分項分別論述介紹組成、方解、附方等，條理清晰，眉目分明。這種方法一直沿用至今。其次選方精煉。該書選取正、附方各300余首，選取原則是“諸書所共取，人世所常用”。由小見大，有精見博。所選方劑皆藥味簡潔，藥物平易者，便于實用。書中雖有少數(shù)峻猛之劑，亦為攻堅奪病所必需者，而對冷僻，專治奇癥怪病或藥味超過20味以上者，則不收錄。其三議論有獨到見解，該書中作者個人發(fā)明則以“昂按”標明。作者每每對待學術(shù)上的爭鳴直陳己見，影響深遠。
吳儀洛鑒于《醫(yī)方考》和《醫(yī)方集解》各具優(yōu)缺點，綜合二書內(nèi)容，進行了刪改補充，編成《成方切用》一書，影響亦較廣。
在清代眾方書中獨樹一幟的還有趙學敏的《串雅》內(nèi)外編。這是一部民間‘走方醫(yī)’(鈴醫(yī))的醫(yī)術(shù)方藥經(jīng)驗匯編。趙學敏是一位獨具慧眼的科學家，將走方醫(yī)的秘不傳授的秘方整理保存下來。全書載方貫穿“賤、便、廉”的原則，高度評價走方醫(yī)的截、頂、串三da法。記載了許多卓有療效的經(jīng)驗，如吳茱萸末貼足心治咽喉腫痛、雞血治娛蚣咬傷等等，至今仍在臨床使用。
費伯雄著《醫(yī)方論》4卷，根據(jù)《醫(yī)方集解》方劑次序，逐方予以評述。王翊的《萬全備急方》多取山野常見草藥，適于僻壤窮苦之人。宋鴻雪的《方便方》，選古今名醫(yī)經(jīng)驗單方匯集而成。陶承熹的《惠直堂經(jīng)驗方》取祖父、外祖父平生所集錄的驗方及他本人二十年間在各地所聞所得的各種成方。徐大椿把《傷寒論》中各方分成桂枝類、麻黃類、葛根類等十二類，以簡馭繁，綱舉目張，著成《傷寒類方》、許宏《金鏡內(nèi)臺方議》也專為闡發(fā)張仲景方義而作。清代較有影響的方書還有王子接《絳雪園古方選注》、王孟英的《潛齋簡效方》、年希堯《集驗良方》、何夢瑤《醫(yī)方全書》等等不可勝計。
以歌訣形式普及方劑內(nèi)容的著作在清代也有很多，如汪昂的《湯頭歌訣》選方290首，編成200余首七言歌訣，每首歇訣之下還有簡要注釋。該書亦流行甚廣。陳修園編有《長沙方歌括》、《金匱方歌括》、《時方歌括》等。
