分子人類學(xué)是一種利用遺傳基因研究人類進(jìn)化歷史的新興學(xué)科，在上個(gè)世紀(jì)的幾十年中，分子人類學(xué)取得了令人矚目的成績。
在進(jìn)入21世紀(jì)后僅僅20年時(shí)間里，分子人類學(xué)研究又取得了幾個(gè)令人欣喜的成果，其中四大DNA研究成果改變了我們對(duì)人類進(jìn)化樹的認(rèn)識(shí)。
第一個(gè)成果是現(xiàn)代人基因組多樣性破譯。發(fā)現(xiàn)除非洲以外所有各大洲，包括歐洲的白人、亞洲的黃種人、美洲的印第安人和大洋洲的棕色人，他們基因組差異的產(chǎn)生都不會(huì)超過7萬年，至多6萬年。這證明除非洲外，所有人種都是在6萬年前開始分化的。只有非洲人和其他各洲人的差異的產(chǎn)生達(dá)到20萬年。由此得出結(jié)論，全世界所有人類都是二十萬年前起源于非洲，他們?cè)?至7萬年前走出非洲，分布到了世界各地。這是由整個(gè)人類基因組的研究得出的結(jié)論，是毫無疑問的。
第二個(gè)成果是尼安德特人基因組的破譯。尼安德特人是40萬年前的早期智人，在2萬多年前滅絕。這幾年對(duì)各地3.8萬年前的尼安德特人化石進(jìn)行分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)他們和我們現(xiàn)代人的基因差距產(chǎn)生在有80萬年前，因此，他們和我們是完全不同的兩個(gè)亞種，他們不是我們的祖先。
第三個(gè)成果是對(duì)丹尼索瓦人基因組的破譯。丹尼索瓦人是30萬年前的早期智人，在阿爾泰地區(qū)發(fā)現(xiàn)的丹尼索瓦人化石有3萬年歷史，對(duì)它的基因組研究后發(fā)現(xiàn)，它們和現(xiàn)代人的基因產(chǎn)生差異也有80萬年，因此它們也不是現(xiàn)代人的祖先。
不過，尼安德特人和丹尼索瓦人之間的基因差異較小。以上發(fā)現(xiàn)證明，尼安德特人、丹尼索瓦人和現(xiàn)代人，是智人的三個(gè)并列的分支，它們之間沒有先后繼承關(guān)系，所以現(xiàn)代人不是從尼人或丹人進(jìn)化來的。
第四個(gè)成果是對(duì)西班牙胡瑟裂谷發(fā)現(xiàn)的海德堡人化石基因組的研究，這些化石距今已有30萬年。從30萬年前的化石提取Y染色體DNA不容易。從化石上取到了線粒體DNA，發(fā)現(xiàn)它們的基因和丹尼索瓦人的基因接近，而和尼安德特人以及現(xiàn)代人基因相差很遠(yuǎn)。
根據(jù)發(fā)現(xiàn)的早期智人移動(dòng)軌跡，可以推論出，他們?cè)?0至80萬年前從非洲西北部，穿過直布羅陀海峽（當(dāng)時(shí)冰川期沒有海峽，南北兩端是連在一起的），到達(dá)西班牙，翻過比利牛斯山脈，進(jìn)入歐洲，然后向東到達(dá)亞洲。而現(xiàn)代人是從非洲東北部穿過曼德海峽，進(jìn)入阿拉伯半島，再向北到達(dá)西亞的兩河流域的。
以上幾個(gè)研究成果，使得研究者可以據(jù)此重新構(gòu)建人類進(jìn)化樹。
首先是直立人，他們?cè)诖蠹s160至180萬年前從非洲走出來，到達(dá)歐洲和亞洲，考古發(fā)現(xiàn)的格魯吉亞猿人、北京猿人、藍(lán)田猿人、爪哇猿人都屬于這一物種。它們?cè)趲资f年前滅絕了。
其次是早期智人，包括海德堡人以及由它分化出的尼安德特人和丹尼索瓦人。它們?cè)?0至80萬年前走出非洲，分布在歐洲和亞洲，在3至4萬年前也滅絕了。
第三批是現(xiàn)代人，在6至7萬年前走出非洲?，F(xiàn)代人是非洲的羅得西亞人進(jìn)化來的，羅得西亞人是海德堡人的后代。在20萬年前，非洲只有羅得西亞人。羅得西亞人的一支在大約六七萬年前走出非洲，其余的留在非洲。走出非洲的這一支就是非洲以外現(xiàn)代人的祖先。
尼安德特人消失在4萬年前，丹尼索瓦人消失在3萬年前。它們和在6至7萬年前走出非洲的現(xiàn)代人，有一段共同生活在歐亞大陸的歷史，那么，尼人、丹人和現(xiàn)代人之間有沒有血緣交往，也就是現(xiàn)代人中是否保留有尼人或丹人的遺傳基因？
這個(gè)問題很重要。因?yàn)椋胁糠盅芯空咧两襁€在堅(jiān)持人類多起源論，而另外一部分研究者在無法推翻非洲起源論的情況下，提出現(xiàn)代人是各地早期智人和現(xiàn)代人雜交的結(jié)果。
那么，現(xiàn)代人的基因里是否有早期智人的DNA呢？
經(jīng)過縝密研究，在2010年之前，在現(xiàn)代人基因中沒有發(fā)現(xiàn)有尼安德特人或丹尼索瓦人的基因存在。后來又經(jīng)過進(jìn)一步研究，在非洲現(xiàn)代人中仍然沒有發(fā)現(xiàn)尼人和丹人基因，可是在非洲以外的人群中，卻發(fā)現(xiàn)了1—4%的尼人基因。這些是6至7萬年前現(xiàn)代人剛剛走出非洲時(shí)發(fā)生的，后來在分化出的各個(gè)人群中一直保持這個(gè)比例。
丹人分布在亞洲大陸和太平洋島嶼。在亞洲大陸現(xiàn)代人基因中沒有發(fā)現(xiàn)丹人基因，卻在大洋洲的新幾內(nèi)亞發(fā)現(xiàn)了6%的丹人遺傳比例。分析認(rèn)為，新幾內(nèi)亞人的祖先在經(jīng)過中南半島時(shí)與丹人有過接觸，發(fā)生了基因交流。
研究者曾預(yù)期東亞現(xiàn)代人可能會(huì)攜帶早期智人丹尼索瓦人的基因，并特別專注于研究這一問題。可是，在對(duì)2013年新發(fā)布的周口店地區(qū)4萬多年前的田園洞人基因組的測定，發(fā)現(xiàn)它們和現(xiàn)代人沒有區(qū)別，找不到早期智人丹尼索瓦人的遺傳成份。結(jié)論是，早期智人雖然有少量基因遺傳給了現(xiàn)代人，不過數(shù)量很少。
由此進(jìn)一步證明，現(xiàn)代人既和160至180萬年前走出非洲的直立人無關(guān)，也和在60至80萬年前走出非洲的早期智人無關(guān)，他們是在6至7萬年前從非洲走出的第三批人。
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