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機(jī)體與其所攜帶的正常菌群構(gòu)成了一個(gè)完整的統(tǒng)一體。正常人體皮膚、粘膜及與外界相通的各種腔道，存在著對(duì)人體無(wú)害的微生物群。它們?cè)谂c宿主的長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中，微生物群內(nèi)部及其與宿主之間互相依存、互相制約，形成一個(gè)能進(jìn)行物質(zhì)、能量及基因交流的動(dòng)態(tài)平衡的生態(tài)系統(tǒng)，稱之為正常菌群。正常菌群不僅對(duì)人體無(wú)害，而且是對(duì)人體有益，甚至有些細(xì)菌對(duì)人是必需的。

人體表面與外界相通的自然腔道棲居著種類繁多，數(shù)量龐大的微生物。1985年瑞典一位微生物學(xué)家統(tǒng)計(jì)出一個(gè)健康成人全身寄居的微生物總量達(dá)1271克，主要為細(xì)菌，其中胃腸道1000克，皮膚200克，口腔、上呼吸道和陰道各占20克，鼻腔10克和眼部1克。 人體主要微生物在腸道，腸道微生物占人體總微生物的78.67%，糞便重量的1/3～2/5是微生物。人體微生物細(xì)胞的體積相當(dāng)于一個(gè)人的肝臟，其擁有生命所需的酶遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)肝臟所產(chǎn)生的酶。所以細(xì)菌成為人體的內(nèi)環(huán)境。

皮膚的正常微生物群分為常住菌與暫住菌。常住菌主要有葡萄球菌、丙酸桿菌、類白喉棒狀桿菌和銅綠假單胞菌、微球菌、棒狀桿菌屬細(xì)菌、厭氧丙酸桿菌、消化球菌等。外耳道的正常菌群以肺炎鏈球菌和銅綠假單胞菌較多。

口腔中含有多種微生物，包括細(xì)菌、真菌、支原體和螺旋體。主要有草綠色鏈球菌（甲型或乙型）、此外還有表皮葡萄球菌、奈瑟氏菌、棒狀桿菌、流感桿菌及厭氧菌。嬰兒在一般含有與母體陰道內(nèi)相同類型的細(xì)菌，如乳桿菌、棒狀桿菌、葡萄球菌、微球菌、大腸埃希菌、各種鏈球菌和酵母菌，特別重要的是有時(shí)含有β-溶血性鏈球菌，這是新生兒敗血癥和腦膜炎常見(jiàn)的致病菌。

上呼吸道的正常菌群與口腔基本相似，鼻咽部的正常菌群主要是草綠色鏈球菌。鼻腔粘膜常有表皮葡萄球菌和金黃色葡萄球菌存在，有時(shí)有甲型鏈球菌、棒狀桿菌、布蘭漢菌等。咽喉部及扁桃體粘膜上普遍存在草綠色鏈球菌（α-溶血性鏈球菌）、布蘭漢氏菌、奈瑟氏菌、棒狀桿菌、表皮葡萄球菌、擬桿菌、梭菌、螺旋體等，同時(shí)還有潛在致病菌如肺炎鏈球菌、A群鏈球菌、流感嗜血桿菌。

腸道與微生物群組成一龐大的微生態(tài)系統(tǒng)。人的胃腸道棲息的細(xì)菌大約重1000 g，種類大約30個(gè)屬400～ 500多種，總體數(shù)量在1014以上，比人體細(xì)胞的10倍還多。胃內(nèi)基本無(wú)活菌，空腸和回腸上部的菌群很少，從回腸末端到結(jié)腸，存在著大量的正常菌群。這里是人體內(nèi)主要的貯菌所，細(xì)菌可占人糞便干重的20%；每1g濕糞便約含細(xì)菌1011。腸道菌群主要由厭氧菌、兼性厭氧菌和需氧菌組成，其中專性厭氧菌占99%以上，而僅類桿菌及雙歧桿菌占細(xì)菌總數(shù)的90%以上，厭氧菌與需氧菌之比為1000：1。

正常情況下，男性和女性僅在尿道及生殖道外部和前部含量有少量細(xì)菌。尿道外1/3部可有類白喉?xiàng)U菌、非溶血性鏈球菌和表皮葡萄球菌等。女性生殖道還有大量的乳酸桿菌、類白喉?xiàng)U菌、微球菌、微嗜氧的鏈球菌等，還有大量厭氧菌，如類桿菌、厭氧消化鏈球菌、消化球菌及小韋榮氏菌等。還有支原體、酵母菌等。

正常的眼結(jié)膜由于溶菌酶的作用一般是無(wú)菌的。但是有時(shí)也有表皮葡萄球菌，卡他布蘭漢氏菌、α-溶血性鏈球菌、莫拉氏菌等寄居。

正常菌群不僅與機(jī)體保持平衡狀態(tài)，而且菌群之間也相互制約，以維持相對(duì)的平衡。在這種狀態(tài)下，正常菌群發(fā)揮其營(yíng)養(yǎng)、拮抗和免疫等生理作用。

正常菌群參與人體的物質(zhì)代謝、營(yíng)養(yǎng)轉(zhuǎn)化與合成。除參與蛋白質(zhì)、糖類、脂肪代謝及合成維生素（如核黃素、生物素、葉酸、吡哆醇及維生素K）等外，還參與膽汁代謝、膽固醇代謝及激素轉(zhuǎn)化等過(guò)程。有些微生物能合成維生素，如核黃素、生物素、葉酸、吡哆醇及維生素K等，供人體吸收利用。

正常菌群能產(chǎn)生多種抗原物質(zhì)，刺激免疫應(yīng)答。正常菌群釋放的內(nèi)毒素等物質(zhì)能激發(fā)宿主的防御機(jī)制發(fā)育，刺激機(jī)體免疫系統(tǒng)保持活躍狀態(tài)，是非特異免疫功能的一個(gè)不可缺少的組成部分。

正常菌群之間相互制約而維持人體微生態(tài)平衡，且阻止和干擾外來(lái)微生物在人體的定植或入侵。正常菌群通過(guò)粘附和繁殖能形成一層自然菌膜，是人體防止外襲菌侵入的生物屏障。從而對(duì)宿主起到一定程度的保護(hù)作用。

腸道正常菌群中的雙歧桿菌有抗衰老作用。有人將體內(nèi)雙歧桿菌的數(shù)量作為健康長(zhǎng)壽的標(biāo)志之一。此外雙歧桿菌和乳桿菌有抑制腫瘤發(fā)生的作用，它們的抑癌作用機(jī)制可能與其能降解亞硝酸銨，并能激活巨噬細(xì)胞.提高其吞噬能力有關(guān)。

Ⅰ度失調(diào)：指在外環(huán)境因素、宿主患病或醫(yī)治措施造成的暫時(shí)性正常微生物群的種類和數(shù)量的失調(diào)。這種失調(diào)可通過(guò)細(xì)菌定量檢查發(fā)現(xiàn)，在臨床上具有可逆轉(zhuǎn)性，將失調(diào)的因素除去，便可恢復(fù)正常；Ⅱ度失調(diào)：菌群內(nèi)生理波動(dòng)轉(zhuǎn)為病理波動(dòng)，將失調(diào)誘因除去后，失調(diào)狀態(tài)仍不能恢復(fù)，即無(wú)可逆性；Ⅲ度失調(diào)：原來(lái)的正常菌群大部分被抑制，只有少數(shù)菌種占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)的狀態(tài)，又稱菌群交替癥或二重感染。如艱難梭菌引起的偽膜性腸炎以及真菌性腸炎等，又稱菌群交替癥或二重感染。其誘發(fā)原因主要是大量廣譜抗生素的使用。

橫向轉(zhuǎn)移：正常菌群由原定位向周圍轉(zhuǎn)移，如下消化道菌群向上消化道轉(zhuǎn)移，上呼吸道群菌向下呼吸道轉(zhuǎn)移，泌尿道菌群轉(zhuǎn)移到腎盂，陰道菌群轉(zhuǎn)移至子宮及附件等；縱向轉(zhuǎn)移：縱向轉(zhuǎn)移是指正常菌群由原定位向黏膜深處轉(zhuǎn)移。如上層細(xì)菌轉(zhuǎn)移到深層，盡管沒(méi)有比例失調(diào)也會(huì)引起疾病。

血行感染就是致病菌循血液運(yùn)行而傳播，實(shí)際上也是移位傳播的一種途徑。血行感染有菌血癥與敗血癥。當(dāng)身體衰弱或免疫功能低下時(shí)，細(xì)菌進(jìn)入血液，發(fā)生感染。

正常微生物群因其他誘因，遷移至遠(yuǎn)離的臟器或組織形成病灶 。如腦、肝、腎、腹腔、盆腔等處的膿腫。

長(zhǎng)期大量使用廣譜抗菌藥物 是導(dǎo)致微生態(tài)失調(diào)的主要原因。廣譜抗菌藥物使正常菌群中的敏感菌被抑制或殺滅，耐藥菌大量繁殖而致病，是微生態(tài)平衡被破壞的較嚴(yán)重后果。此外，免疫抑制劑、激素、細(xì)胞毒藥物的使用及射線照射等所有使機(jī)體免疫功能降低的因素均可引起微生態(tài)失調(diào)，導(dǎo)致感染。