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科研菜鳥如何搞定PCR引物

解螺旋 >《待分類》

2020.08.27

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作者：解螺旋.靜靜（本文為解螺旋征稿）

如需轉載請注明來源：解螺旋·醫(yī)生科研助手

導語

PCR是生物科學中常見的實驗方法，而那些網(wǎng)上的教程對于初學者來說還是過于復雜了，這次解螺旋吐血介紹種炒雞簡單的方法來做PCR。

菜鳥科研汪一枚，最近剛拿到標書。。。額-_-||，居然要設計pcr引物，這么高端的工作，還是交給我親愛的師兄吧，哈哈哈！?。?br style="box-sizing: border-box;">

"偷什么懶，網(wǎng)上這么多方法，自己不會學呀?。?！"，額-_-||，說好的親師兄呢？?。?！

好吧，那就讓我自立自強吧。

額-_-||，這些個方法也忒復雜了吧，動不動就下軟件，搜基因，查找對應的mRNA，復制目標序列，再下軟件，pick primers，再逐條blast。。。醉醉噠。。。醉醉噠。。。關鍵是大前提還必須要學會個什么黃金法則！！！

你妹兒！?。∥乙@么多條引物，還要不要人活了呀?。?！電視劇不用看了呀，淘寶不用逛了呀，戀愛不用談了呀。。。我想靜靜。。。（好吧，其實我就叫靜靜，昂~，好害羞?。?br style="box-sizing: border-box;">

好吧，差不多得了。。。寫這里重點也應該來了，用腳趾頭想都知道，如我一般懶的同學當然不會就此罷休咯，一番痛苦掙扎以后，靜靜發(fā)現(xiàn)了一個超級簡單的方法喲。。。

！以下圖片請點擊查看清晰大圖！

首先呢，進入pubmed （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）在gene欄搜索指定基因（例如：erk2）；

在下一個界面找到其mesh詞：MAPK1及其ID：5594；

然后在瀏覽器中打開另一個網(wǎng)頁primerbank （https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/），選擇NCBI Gene ID,在For text中輸入該基因ID：5594，點擊submit;

接下來就是見證奇跡的時刻。。。沒錯，就是這么簡單粗暴，下面三條序列任你挑。。。

哈哈哈，你不會真的以為就這么結束了吧？居然還有比我更懶的人-_-||，你真的敢用？

哎喲，親愛的，序列是有了啦，但是我們還要檢驗一下是不是真的靠譜好么。

所以下一步呢，我們就是打開這個網(wǎng)頁https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome，在圖示對話框中輸入上圖得到的三條引物中的任意一條的前引和后引(例如：第一條序列TACACCAACCTCTCGTACATCG 和 CATGTCTGAAGCGCAGTAAGATT)，然后點擊頁面底部的get primer圖標;

耐心等待。。。等待。。。等待。。。待。。。

終于出來了，現(xiàn)在呢，這條引物序列能擴增出來的產物的基因都在下面了，記住喲，保留好這個界面喲，一會兒還要用呢。。。

所以，現(xiàn)在再次打開你的pubmed，在nucleotide對話框中輸入剛才查到的mesh詞，點擊search后得到如下圖所示的界面；

再點擊畫綠圈圈的Transcript (2)，就得到下面兩條轉錄異構本啦；

最后，將這個界面中畫紅線的代碼與前面那張保留界面中劃紅線部分的代碼進行比較，完全匹配的話（數(shù)量相同且代碼都能找到對應的，某些轉錄異構本太多的除外），那么，恭喜你，你已經(jīng)成功找到了你想要的引物序列。。。

等會兒？？？如果不匹配呢？

額-_-||，那就把另外兩條序列用上面同樣的步驟進行檢驗呀，放心啦，這個方法可以搞定大部分常見的引物序列了。。。

但是。。。但是如果三條都不匹配呢？?。。?/section>

咳咳，這位同學，你是隔壁實驗室派來砸場子的吧。。。

好吧，如果都不匹配，那就按照我前面簡寫的方法，老老實實學習引物設計的方法。

年輕人，要腳踏實地，不要整天想著這些歪門邪道！！！再見

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