逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng),作為分子生物學(xué)研究的基本技術(shù)之一,已經(jīng)廣泛應(yīng)用到多個研究領(lǐng)域,可以說是科研人員進行RNA功能研究的看家本事。
眾所周知,逆轉(zhuǎn)錄的應(yīng)用領(lǐng)域有以下6種:
逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)(RT-PCR)
定量RT-PCR(RT-qPCR)
cDNA克隆和文庫構(gòu)建
cDNA末端快速擴增(RACE)
基因表達芯片
RNA測序(RNA-Seq)
今天,小編就整理了一些貼士,幫助大家在面對6種不同的應(yīng)用時,如何正確選擇逆轉(zhuǎn)錄酶。
逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)(RT-PCR)
在RT-PCR中,逆轉(zhuǎn)錄酶將RNA轉(zhuǎn)化為cDNA,然后通過PCR反應(yīng)擴增cDNA,為下游實驗提供研究模板,因而逆轉(zhuǎn)錄酶是實驗成功的關(guān)鍵步驟之一(如下圖)。選定的逆轉(zhuǎn)錄酶應(yīng)對所有樣本均具有最高效率,即便是難轉(zhuǎn)錄RNA樣本,如降解、抑制劑殘留或具有高度二級結(jié)構(gòu)的RNA樣本。
圖. 逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)(RT-PCR)。RT =逆轉(zhuǎn)錄,RTase =逆轉(zhuǎn)錄酶
常用的RT-PCR方法分為一步法和兩步法,每種方法都各有優(yōu)缺點,簡要概述如下:
表. 對比一步法和兩步法RT-PCR
想要直觀、生動的了解這兩種方法的不同,可以點擊“閱讀原文”觀看如下視頻
定量RT-PCR(RT-qPCR)的最常見應(yīng)用之一是通過對細胞和組織一段時間或事件后(如,藥物治療)實時mRNA水平的定量分析。RT-qPCR比RT-PCR的靈敏度更高, RT-qPCR基因表達定量的準確性在很大程度上取決于cDNA模板的質(zhì)量和數(shù)量。因此,逆轉(zhuǎn)錄對于RT-qPCR的成功至關(guān)重要。所選擇的逆轉(zhuǎn)錄酶應(yīng)該具有以下特點:
高效合成cDNA的能力,即使是對低豐度基因以及次優(yōu)質(zhì)和/或難轉(zhuǎn)錄RNA樣本。
在寬的RNA起始量范圍內(nèi),cDNA的動態(tài)范圍或線性度最佳,可確?;虮磉_定量的準確性。
所選試劑在擴增過程中應(yīng)產(chǎn)生較高且一致的cDNA得率,以獲得具有高靈敏度和低變異性的基因表達結(jié)果??煽紤]預(yù)混液形式的逆轉(zhuǎn)錄酶用以可以減少實驗誤差。
RT-qPCR的一個特殊程序是從未經(jīng)RNA分離的粗細胞裂解物直接進行逆轉(zhuǎn)錄。在使用稀缺樣本或選用群體內(nèi)特定細胞的實驗,可考慮使用直接RT-qPCR法來防止可能的樣本損失和低RNA回收。
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