今天是第2094期日?qǐng)?bào)。
Nature[IF:49.962]
① 在大鼠模型中，通過向肺部直接注入抗生素來(lái)改變肺部菌群，能顯著影響大鼠對(duì)自身免疫性腦脊髓炎（EAE）的易感性；② 新霉素誘導(dǎo)的肺部菌群變化主要通過影響小膠質(zhì)細(xì)胞（而非T細(xì)胞），來(lái)增強(qiáng)大鼠對(duì)EAE的抵抗；③ 機(jī)制上，新霉素處理使肺部菌群中產(chǎn)脂多糖（LPS）的擬桿菌門擴(kuò)張，這使得腦內(nèi)的小膠質(zhì)細(xì)胞的免疫狀態(tài)轉(zhuǎn)向I型干擾素應(yīng)答，從而減輕自身免疫炎癥；④ 肺部施用多黏菌素B以中和LPS可加劇大鼠EAE，而補(bǔ)充特定LPS或其產(chǎn)生菌可抵抗EAE。
The lung microbiome regulates brain autoimmunity
02-23, doi: 10.1038/s41586-022-04427-4
【主編評(píng)語(yǔ)】多發(fā)性硬化（MS）是一種中樞神經(jīng)系統(tǒng)的自身免疫疾病。不少研究揭示了腸道菌群對(duì)MS的影響，而Nature發(fā)表的這項(xiàng)最新研究，則首次發(fā)現(xiàn)了肺部菌群也能影響對(duì)MS的易感性，并揭示了其背后的免疫機(jī)制。（@mildbreeze）
Nature[IF:49.962]
① 特定細(xì)菌產(chǎn)生的基因毒素colibactin可引起腸道菌群組成的廣泛改變；② 這種作用并非源于直接抑制細(xì)菌生長(zhǎng)，而是通過引起細(xì)菌的DNA損傷反應(yīng)，來(lái)激活細(xì)菌內(nèi)的原噬菌體，引起噬菌體復(fù)制，導(dǎo)致細(xì)菌裂解；③ 在人體及腸道相關(guān)的多種噬菌體-細(xì)菌系統(tǒng)中，以及小鼠糞便菌群中，都觀察到產(chǎn)colibactin細(xì)菌誘導(dǎo)原噬菌體的作用；④ 在多種不產(chǎn)生colibactin的細(xì)菌中鑒定出抗colibactin的ClbS的同系物，能幫助細(xì)菌抵抗colibactin。
The bacterial toxin colibactin triggers prophage induction
02-23, doi: 10.1038/s41586-022-04444-3
【主編評(píng)語(yǔ)】腸道菌群中的一些細(xì)菌（如pks+大腸桿菌）產(chǎn)生的細(xì)菌毒素colibactin，是一種化學(xué)不穩(wěn)定的小分子基因毒素，其對(duì)宿主細(xì)胞的基因毒性可增加宿主發(fā)生大腸癌的風(fēng)險(xiǎn)。colibactin對(duì)菌群中其他微生物的影響，目前研究甚少。Nature最新發(fā)表了哈佛大學(xué)Emily P. Balskus團(tuán)隊(duì)的研究成果，發(fā)現(xiàn)colibactin能靶向周圍含有原噬菌體的細(xì)菌，喚醒細(xì)菌內(nèi)沉睡的原噬菌體，引起細(xì)菌裂解。這些發(fā)現(xiàn)闡釋了colibactin影響菌群的潛在機(jī)制，以及細(xì)菌產(chǎn)物與噬菌體行為間的關(guān)系。作者認(rèn)為，細(xì)菌之所以進(jìn)化出了這種基因毒素，可能主要是為了抑制其他細(xì)菌，而非為了毒害宿主，從這個(gè)角度來(lái)看，colibactin的促癌作用恐怕屬于是對(duì)宿主的“誤傷”了。（@mildbreeze）
Cancer Discovery[IF:39.397]
① 小鼠口服EPS-R1，可誘導(dǎo)派爾集合淋巴結(jié)中的CCR6+ CD8+ T細(xì)胞；② 在表達(dá)CCL20的癌癥中，CCR6基因表達(dá)與患者更好的預(yù)后相關(guān)；③ 在小鼠中，EPS-R1通過增加CCR6+ CD8+ T細(xì)胞的浸潤(rùn)，并誘導(dǎo)IFN-γ產(chǎn)生以維持T細(xì)胞功能，從而增強(qiáng)CTLA-4單抗及PD-1單抗對(duì)表達(dá)CCL20的腫瘤的療效，且該作用不依賴于菌群；④ 機(jī)制上，EPS-R1的磷酸化結(jié)構(gòu)可通過作用于CD8+ T細(xì)胞上的溶血磷脂酸受體，從而誘導(dǎo)CCR6+ CD8+ T細(xì)胞。
Dietary Lactobacillus-derived exopolysaccharide enhances immune checkpoint blockade therapy
02-17, doi: 10.1158/2159-8290.CD-21-0929
【主編評(píng)語(yǔ)】Cancer Discovery上發(fā)表的一項(xiàng)最新研究，發(fā)現(xiàn)德氏乳桿菌保加利亞亞種OLL1073R-1產(chǎn)生的胞外多糖（EPS-R1）可通過誘導(dǎo)CCR6+ CD8+ T細(xì)胞，從而增強(qiáng)免疫檢查點(diǎn)抑制劑在表達(dá)CCL20的小鼠腫瘤中的療效。而在表達(dá)CCL20的癌癥中，CCR6表達(dá)與患者更好的預(yù)后相關(guān)。（@aluba）
Molecular Psychiatry[IF:15.992]
① 相比于健康對(duì)照，精神分裂癥患者的PBMC對(duì)細(xì)菌、真菌及菌群配體的細(xì)胞因子應(yīng)答模式不同，在胞壁酰二肽（MDP）刺激下產(chǎn)生的細(xì)胞因子減少；② 在精神分裂癥患者的PBMC中，抗病毒及炎癥應(yīng)答通路被廣泛抑制，MDP刺激后的多種免疫細(xì)胞亞群之間的趨化因子/細(xì)胞因子-受體互作網(wǎng)絡(luò)受損；③ 精神分裂癥患者的血清MDP水平升高，并與病程相關(guān)，提示細(xì)菌易位增加與疾病進(jìn)展的關(guān)聯(lián)；④ MDP預(yù)處理可改變健康對(duì)照的PBMC對(duì)MDP再刺激后的功能性應(yīng)答。
Systems biological assessment of altered cytokine responses to bacteria and fungi reveals impaired immune functionality in schizophrenia
2021-11-02, doi: 10.1038/s41380-021-01362-0
【主編評(píng)語(yǔ)】西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院的朱峰、馬現(xiàn)倉(cāng)與團(tuán)隊(duì)在Molecular Psychiatry上發(fā)表的一項(xiàng)最新研究結(jié)果，發(fā)現(xiàn)相比于健康對(duì)照，精神分裂癥患者的PBMC對(duì)細(xì)菌及真菌的免疫應(yīng)答受損，而細(xì)菌易位可能與疾病進(jìn)展相關(guān)。（@aluba）
Journal of Affective Disorders[IF:4.839]
① 用16S rRNA基因測(cè)序分析抗疫一線醫(yī)護(hù)人員（FHW）腸道菌群的長(zhǎng)期變化，及其與心理應(yīng)激的關(guān)系；② 抗疫應(yīng)激導(dǎo)致FHW嚴(yán)重的抑郁、焦慮和壓力，擾亂腸道菌群，腸道失調(diào)持續(xù)至少半年；③ 在半年隨訪期間，不同菌的變化軌跡不同；④ 具抗炎作用的棲糞桿菌屬和挑剔真桿菌，與應(yīng)激癥狀明顯相關(guān)；⑤ 基線時(shí)（一線抗疫結(jié)束后）低豐度的某未培養(yǎng)霍氏真桿菌與高豐度的埃氏擬桿菌，可預(yù)測(cè)FHW創(chuàng)傷后應(yīng)激癥狀復(fù)發(fā)。
Stressful events induce long-term gut microbiota dysbiosis and associated post-traumatic stress symptoms in healthcare workers fighting against COVID-19
02-12, doi: 10.1016/j.jad.2022.02.024
【主編評(píng)語(yǔ)】西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院的馬現(xiàn)倉(cāng)和朱峰作為共同通訊作者，在Journal of Affective Disorders發(fā)表研究，揭示了新冠一線抗疫的醫(yī)護(hù)人員中，因抗疫應(yīng)激引發(fā)的長(zhǎng)期腸道菌群紊亂和與其相關(guān)的創(chuàng)傷后應(yīng)激癥狀，為理解應(yīng)激性精神障礙的腸道菌群特征，以及尋找潛在干預(yù)靶點(diǎn)，帶來(lái)新啟示。（@mildbreeze）
Gut Microbes[IF:10.245]
① 群體感應(yīng)信號(hào)分子不僅能夠控制微生物群落的行為，同時(shí)可以調(diào)節(jié)宿主細(xì)胞的生理狀態(tài)；② 革蘭氏陰性菌群體感應(yīng)信號(hào)分子（AHL）對(duì)宿主細(xì)胞功能（如凋亡和免疫）的影響具有細(xì)胞類型特異性；③ 其中脂筏、PPAR-γ、PON2和TNFR1可能是AHL損傷宿主細(xì)胞的關(guān)鍵分子；④ AHL通過干擾腸上皮細(xì)胞和杯狀細(xì)胞損害不同物種動(dòng)物的腸道健康；⑤ 急需動(dòng)物試驗(yàn)追蹤AHL的來(lái)源，分析AHL在腸腔與上皮細(xì)胞之間的運(yùn)動(dòng)軌跡，從而更好地解析AHL影響宿主腸道健康的機(jī)制。
Impact of quorum sensing signaling molecules in gram-negative bacteria on host cells: current understanding and future perspectives
02-19, doi: 10.1080/19490976.2022.2039048
【主編評(píng)語(yǔ)】近幾十年來(lái)，人們對(duì)微生物群體感應(yīng)（QS）的認(rèn)識(shí)有了很大的提高，對(duì)微生物群體感應(yīng)信號(hào)分子（QSSM）與哺乳動(dòng)物宿主細(xì)胞的交互作用同樣有了很深入的研究。Gut Microbes發(fā)表的來(lái)自華中農(nóng)業(yè)大學(xué)陶詩(shī)煜及團(tuán)隊(duì)的綜述文章，系統(tǒng)地總結(jié)了AHL（一種由革蘭氏陰性菌產(chǎn)生的QSSM）對(duì)宿主細(xì)胞的影響及其潛在機(jī)制?；仡櫫薃HL與腸道疾病之間的關(guān)系，并確認(rèn)3-oxo-C12-HSL是一種在動(dòng)物代謝性疾病發(fā)展中起關(guān)鍵作用的AHL。此外，文章還提出了目前研究的不足與未來(lái)研究的方向。推薦閱讀?。ˊsolo）
Journal of Hepatology[IF:25.083]
① 納入486名危重患者（129例肝硬化、357例非肝硬化）進(jìn)行前瞻性隊(duì)列研究，并對(duì)421例肝硬化患者進(jìn)行回顧性隊(duì)列研究；② 在前瞻性隊(duì)列中，肝硬化患者住院期間（而非ICU期間）的直腸多重耐藥菌定殖率更高，最常見的多重耐藥菌為產(chǎn)超廣譜β內(nèi)酰胺酶的腸桿菌目；③ 在回顧性隊(duì)列中，多重耐藥菌的直腸定殖也普遍存在，最常見的多重耐藥菌為耐萬(wàn)古霉素腸球菌；④ 在2個(gè)隊(duì)列中，多重耐藥菌的直腸定殖均與多重耐藥菌感染風(fēng)險(xiǎn)的增加顯著相關(guān)。
Rectal colonization by resistant bacteria increases the risk of infection by the colonizing strain in critically ill patients with cirrhosis
01-21, doi: 10.1016/j.jhep.2021.12.042
【主編評(píng)語(yǔ)】Journal of Hepatology上發(fā)表的一項(xiàng)隊(duì)列研究結(jié)果，在一個(gè)前瞻性隊(duì)列及一個(gè)回顧性隊(duì)列中均發(fā)現(xiàn)，肝硬化危重患者中普遍存在多重耐藥菌的直腸定殖，并與多重耐藥菌感染風(fēng)險(xiǎn)的增加相關(guān)。（@aluba）
Nature Communications[IF:14.919]
① 147名sEONS患兒隨機(jī)均分為3組，分別接受3種不同的抗生素組合治療，另納入80名未使用抗生素的健康嬰兒作為對(duì)照；② 抗生素治療后，嬰兒的腸道菌群群落組成及抗菌劑耐藥基因譜發(fā)生顯著變化，并在12個(gè)月后恢復(fù)正常；③ 相比于健康嬰兒，在抗生素治療后嬰兒的腸道菌群中，雙歧桿菌屬的豐度降低，克雷伯菌屬及腸球菌屬的豐度增加；④ 阿莫西林+頭孢噻肟對(duì)菌群群落組成及抗菌劑耐藥基因譜的影響最大，而青霉素+慶大霉素的影響最小。
Effects of early-life antibiotics on the developing infant gut microbiome and resistome: a randomized trial
02-16, doi: 10.1038/s41467-022-28525-z
【主編評(píng)語(yǔ)】Nature Communications上發(fā)表的一項(xiàng)最新研究結(jié)果，在147名早發(fā)型新生兒敗血癥（sEONS）患兒及80名未使用抗生素的健康嬰兒中，對(duì)比分析了不同抗生素組合對(duì)嬰兒腸道菌群及耐藥組的影響。（@aluba）
Microbiome[IF:14.65]
① 本研究廣泛地比較了宏基因組測(cè)序、生物信息學(xué)組裝與分箱、相關(guān)環(huán)境元數(shù)據(jù)；② 揭示出抗生素抗性組在不同季節(jié)條件下均與細(xì)菌群落顯著關(guān)聯(lián)；③ 抗生素抗性組主要受環(huán)境空氣溫度、濕度的影響，其豐度含量與院內(nèi)耐藥性感染病例數(shù)量顯著相關(guān)；④ 這種潛在的醫(yī)療源關(guān)聯(lián)，或?qū)е箩t(yī)院外排氣可吸入菌群中富含金黃色葡萄球菌與白喉?xiàng)U菌等人類致病性抗性細(xì)菌；⑤ 其可造成的吸入性暴露顯著高于(約10倍)飲用水，具有較大的環(huán)境健康風(fēng)險(xiǎn)。
Inhalable antibiotic resistomes emitted from hospitals: metagenomic insights into bacterial hosts, clinical relevance, and environmental risks
01-27, doi: 10.1186/s40168-021-01197-5
【主編評(píng)語(yǔ)】香港理工大學(xué)李向東團(tuán)隊(duì)，在本文中以我國(guó)某大型城市中心醫(yī)院的外排氣口的細(xì)顆粒物(PM2.5)所負(fù)載的抗生素抗性基因(ARG)為對(duì)象，對(duì)其宿主群落、臨床意義、健康風(fēng)險(xiǎn)開展深入研究，發(fā)現(xiàn)醫(yī)療源PM2.5中ARGs的豐度是城市環(huán)境空氣的2–5倍，且含有金黃色葡萄球菌、白喉?xiàng)U菌在內(nèi)的大量潛在人類致病性ARGs宿主細(xì)菌，這或?qū)θ巳涸斐蓡稳?40 ~ 60 genome copies/day的抗性致病菌吸入性暴露通量，具有不可忽視的環(huán)境健康風(fēng)險(xiǎn)。本研究成果揭示可吸入ARG氣載遷移傳播機(jī)制、明晰醫(yī)療源抗性風(fēng)險(xiǎn)，并為其管理提供科學(xué)依據(jù)。（@劉永鑫-中科院-宏基因組）
感謝本期日?qǐng)?bào)的創(chuàng)作者：mildbreeze，aluba，阿當(dāng)，solo，Akkk，劉永鑫-中科院-宏基因組
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