今天是第2270期日報。
Gut[IF:31.793]
① 本項RCT將內(nèi)窺鏡確認(rèn)的輕中度活動性潰瘍性結(jié)腸炎（UC）成人患者隨機(jī)分配至兩種干預(yù)，35人每周接受一次來自多名健康農(nóng)村供者的糞菌移植（FMT）共七周，并配以抗炎飲食，F(xiàn)MT結(jié)束后繼續(xù)抗炎飲食（FMT-AID），31人為標(biāo)準(zhǔn)療法（SMT）；② 第8周時，F(xiàn)MT-AID在誘導(dǎo)臨床應(yīng)答(65.7% vs 35.5%)、緩解(60% vs 32.3%)和深度緩解(36.4% vs 8.7%)方面優(yōu)于SMT；③ 抗炎飲食在維持深度緩解方面優(yōu)于SMT，長達(dá)48周。
Faecal microbiota transplantation with anti-inflammatory diet (FMT-AID) followed by anti-inflammatory diet alone is effective in inducing and maintaining remission over 1 year in mild to moderate ulcerative colitis: a randomised controlled trial
08-16, doi: 10.1136/gutjnl-2022-327811
【主編評語】近期發(fā)表于Gut的一項研究發(fā)現(xiàn)，糞菌移植（FMT）結(jié)合抗炎飲食對輕-中度潰瘍性結(jié)腸炎（UC）患者的臨床和內(nèi)鏡緩解有效。隨后，繼續(xù)單獨的抗炎飲食對維持這些患者的臨床和內(nèi)鏡緩解有效。注：抗炎飲食遵循的主要原則是避免食用麩質(zhì)谷物、任何種類的乳制品和人造奶油（允許凝乳）、加工肉和紅肉、食品添加劑和精制糖，并增加新鮮水果、蔬菜（特別是十字花科蔬菜），發(fā)酵食品的攝入。（@注冊營養(yǎng)師陳彬林）
Nature Communications[IF:17.694]
① 在炎癥性腸病患者和實驗性結(jié)腸炎小鼠中，血液甘露糖水平升高，這可能與腸上皮細(xì)胞的破壞導(dǎo)致甘露糖代謝功能障礙有關(guān)；② 甘露糖灌胃處理（500 μg/g/d）可減輕兩種小鼠模型的結(jié)腸炎（DSS誘導(dǎo)和IL-10缺陷）；③ 甘露糖通過保護(hù)溶酶體完整性，隨后抑制組織蛋白酶B的釋放，從而改善結(jié)腸炎期間腸上皮損傷中的線粒體功能障礙和MLCK誘導(dǎo)的緊密連接破壞；④ 此外，甘露糖與美沙拉嗪對小鼠結(jié)腸炎有協(xié)同治療作用。
Mannose ameliorates experimental colitis by protecting intestinal barrier integrity
08-16, doi: 10.1038/s41467-022-32505-8
【主編評語】甘露糖是葡萄糖的同分異構(gòu)體，為多種多糖的組成成分，以游離狀態(tài)存在于某些植物果皮如柑橘皮中，有研究表明甘露糖可降低潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)結(jié)直腸腫瘤小鼠的腫瘤發(fā)生數(shù)及發(fā)展進(jìn)程。近期浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院免疫學(xué)研究所王青青、南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院陳政良和左大明作為共同通訊作者在Nature Communications發(fā)表的一項研究表明，補(bǔ)充甘露糖可能是治療結(jié)腸炎和其他與腸屏障功能障礙相關(guān)疾病的一種潛在可行方法。（@注冊營養(yǎng)師陳彬林）
Science Translational Medicine[IF:19.319]
① 建立一種高通量、不依賴于培養(yǎng)的方法，通過分析個體的血清樣本（無需配對的糞便樣本），對靶向腸道菌群的血清IgG進(jìn)行定量；② 抗菌群的血清IgG主要靶向穿過腸屏障移位的腸菌；③ 出炎癥性腸?。↖BD）患者中，鑒定出被血清IgG“鎖定”的多種腸菌（尤其在克羅恩病患者中較多），包括Collinsella、雙歧桿菌屬、毛羅菌科和瘤胃球菌科中的若干細(xì)菌類群；④ IBD患者腸道菌群中，被IgG靶向的和移位的腸菌通常呈現(xiàn)升高的轉(zhuǎn)錄活性和生長率。
The systemic anti-microbiota IgG repertoire can identify gut bacteria that translocate across gut barrier surfaces
08-17, doi: 10.1126/scitranslmed.abl3927
【主編評語】腸道菌群在免疫系統(tǒng)過度激活的炎癥性疾病中可能有重要作用。腸道微生物可以穿過腸屏障并活化疾病相關(guān)的免疫細(xì)胞，但具體哪些微生物具有這種能力，仍缺乏系統(tǒng)性的評估方法。Science Translational Medicine發(fā)表的這項研究提出了一種基于血清的分析方法，可以識別穿過腸屏障移位并激活系統(tǒng)免疫的腸菌，并在炎癥性腸病患者中鑒定出多種被血清IgG鎖定的移位腸菌。該方法或有助于鑒定出哪些腸菌有可能促進(jìn)炎癥性疾病。（@mildbreeze）
Circulation Research[IF:23.213]
① 子癇前期（PE）患者存在腸道菌群失調(diào)，腸道中的短鏈脂肪酸產(chǎn)生菌和短鏈脂肪酸水平顯著降低；② PE患者的腸道菌群會加重PE大鼠的病理癥狀，而健康孕婦的菌群則對PE大鼠有明顯保護(hù)作用；③ 補(bǔ)充嗜黏蛋白阿克曼菌、丙酸或丁酸，可通過促進(jìn)胎盤床巨噬細(xì)胞的自噬和M2極化，來抑制炎癥反應(yīng)，恢復(fù)PE大鼠腸道屏障和胎兒表型；④ 丙酸可促進(jìn)滋養(yǎng)細(xì)胞的侵襲，改善螺旋動脈的重塑；⑤ 由阿克曼菌屬、Oscillibacter和短鏈脂肪酸組成的標(biāo)志物有助于PE診斷。
Gut Dysbiosis Promotes Preeclampsia by Regulating Macrophages and Trophoblasts
08-11, doi: 10.1161/CIRCRESAHA.122.320771
【主編評語】子癇前期（PE）是妊娠期高血壓疾病的一種類型，通常發(fā)生在妊娠20周后，分娩后會消失。目前，PE的病因尚不明確，研究報道腸道菌群或和PE有關(guān)。近日，山東大學(xué)齊魯醫(yī)院張群業(yè)和張澄、山東省立醫(yī)院王哲、聊城市人民醫(yī)院吳鐵軍及團(tuán)隊在Circulation Research發(fā)表最新研究，發(fā)現(xiàn)PE患者的腸道菌群失調(diào)會加重疾病的發(fā)展，通過鑒定阿克曼菌屬、Oscillibacter和短鏈脂肪酸組成的標(biāo)志物或有助于PE診斷?？傊?，該研究豐富了腸-胎盤軸理論，有助于未來開發(fā)用于診斷和治療PE的微生態(tài)產(chǎn)品。（@九卿臣）
Journal of Clinical Investigation[IF:19.456]
① 接受皮膚移植的小鼠，會對移植物上定植的共生菌（如表皮葡萄球菌）產(chǎn)生T細(xì)胞反應(yīng)，引起對移植物的損傷；② 當(dāng)受體中存在抗該共生菌的免疫記憶時，移植物損傷會加劇，且損傷可隨著Se的清除而恢復(fù)；③ 組織駐留的抗共生菌記憶T細(xì)胞介導(dǎo)了對移植物的損傷作用，并對共享表位的其他同種菌株有交叉反應(yīng)；④ 宿主抗共生菌免疫反應(yīng)可抵抗免疫抑制劑，與宿主抗移植物反應(yīng)共同作用，加速對移植物的排斥。
Host-versus-commensal immune responses participate in the rejection of colonized solid organ transplants
07-14, doi: 10.1172/JCI153403
【主編評語】移植有菌群定植的器官（比如皮膚等屏障器官），通常比移植無菌器官更快地發(fā)生排斥反應(yīng)。Journal of Clinical Investigation近期發(fā)表的這項研究，通過小鼠皮膚移植實驗表明，定植于供體器官的特定共生菌，可觸發(fā)受體中預(yù)存的對該菌的免疫應(yīng)答，從而導(dǎo)致受體對供體器官的加速排斥，且免疫抑制劑對這種宿主抗共生菌免疫反應(yīng)無效。（@mildbreeze）
Gut Microbes[IF:9.434]
① 納入20名健康人和27名長期肝移植患者，其中22名仍使用免疫抑制劑（LT組）、5名實現(xiàn)免疫耐受，比較血液Treg和Th17細(xì)胞的組成以及糞便菌群差異；② 與健康人相比，LT組腸道菌群的α多樣性降低、組成改變，在11個差異性菌屬中，產(chǎn)丁酸的糞桿菌屬豐度在LT組中降低得最多；③ LT組患者的Treg減少、Th17增多，體外實驗表明，普氏糞桿菌和丁酸可增加Treg、減少Th17；④ 與LT組相比，耐受患者的糞桿菌屬豐度略有升高，且Treg顯著增多。
A decrease in functional microbiomes represented as Faecalibacterium affects immune homeostasis in long-term stable liver transplant patients
08-11, doi: 10.1080/19490976.2022.2102885
【主編評語】Gut Microbes發(fā)表的這項研究在小型隊列中分析了長期穩(wěn)定肝移植患者的腸道菌群特征，表明糞桿菌屬（Faecalibacterium）的豐度降低可能是與患者使用免疫抑制劑和免疫穩(wěn)態(tài)改變（如調(diào)節(jié)性T細(xì)胞減少）有關(guān)的菌群標(biāo)志物和潛在干預(yù)靶點。（@mildbreeze）
JCI insight[IF:9.484]
① 在結(jié)腸炎模型小鼠和自身免疫性糖尿病模型小鼠中，低劑量IL-2治療可系統(tǒng)性增強(qiáng)調(diào)節(jié)性T細(xì)胞，并保護(hù)其腸道炎癥和自身免疫；② 低劑量IL-2治療可改變小鼠菌群組成，誘導(dǎo)某些菌種的變化（如Akk菌增多），并影響與免疫細(xì)胞相互作用的一些菌群功能通路，如氨基酸、短鏈脂肪酸和L-精氨酸的生物合成；③ 菌群移植實驗表明，腸道菌群部分介導(dǎo)了低劑量IL-2治療對上述2種小鼠模型的保護(hù)性作用；④ 低劑量IL-2治療可影響自身免疫性疾病患者的腸道菌群。
Low-dose interleukin-2 shapes a tolerogenic gut microbiota that improves autoimmunity and gut inflammation
08-02, doi: 10.1172/jci.insight.159406
【主編評語】腸道菌群能夠直接影響免疫系統(tǒng)，特別對Tregs的形成至關(guān)重要。低劑量IL-2可刺激Tregs生成，在自身免疫和炎癥性疾病中具有治療潛力。低劑量IL-2對腸道菌群是否有影響？其影響是否與免疫系統(tǒng)相關(guān)？JCI insight近期發(fā)表的研究表明，低劑量IL-2的免疫調(diào)節(jié)功能與其對腸道菌群的調(diào)控作用有關(guān)，并提示Tregs與腸道菌群之間存在互作，為Tregs精準(zhǔn)治療提供了新思路。（@mildbreeze）
Microbiome[IF:16.837]
① 利用20株常見腸道微生物菌株，開發(fā)全細(xì)胞參考試劑（WC-Gut RR）用于微生物組領(lǐng)域中評估和基準(zhǔn)DNA提??；② WC-Gut RR與產(chǎn)量、完整性和純度測量法結(jié)合可準(zhǔn)確區(qū)分試劑盒性能；③ 與靈敏度、假陽性相對豐度、多樣性和相似性測量相結(jié)合，在16S和霰彈槍測序時可識別提取試劑盒的偏差；④ 與互補(bǔ)DNA標(biāo)準(zhǔn)結(jié)合，可估計DNA提取試劑盒與生信分析的相對偏差貢獻(xiàn)；⑤ 還可與DNA參考試劑結(jié)合，以識別偏差來源并測量樣本采集后所有微生物組管道步驟的準(zhǔn)確度。
Developing whole cell standards for the microbiome field
08-09, doi: 10.1186/s40168-022-01313-z
【主編評語】在微生物組領(lǐng)域制定有效標(biāo)準(zhǔn)對于促進(jìn)全球轉(zhuǎn)化研究和增加微生物組研究的可重復(fù)性至關(guān)重要，Gregory C A Amos等人先前就為微生物組分析制定了標(biāo)準(zhǔn)的DNA樣本和評估框架，開發(fā)了NIBSC參考菌群DNA Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR，以及用于評估生物信息學(xué)工具和流程偏差的四項措施框架。近日，該團(tuán)隊在Microbiome又發(fā)表了新的標(biāo)準(zhǔn)，即為微生物組領(lǐng)域制定全細(xì)胞標(biāo)準(zhǔn)，他們利用20株常見的腸道微生物菌株，開發(fā)了全細(xì)胞參考試劑（WC-Gut RR）用于微生物組研究中以評估DNA提取過程，還提供并測試了兩步報告框架，使研究人員能夠準(zhǔn)確地驗證DNA提取、快速選擇測序和生物信息學(xué)管道，值得相關(guān)人員關(guān)注。（@九卿臣）
iMeta[IF:N/A]
① MetaTrass是采用先讀長分類分箱后組裝策略的宏基因組組裝工具；② MetaTrass能夠從宏基因組測序數(shù)據(jù)中組裝出更多長連續(xù)性、高完整度、低污染度的微生物基因組；③ MetaTrass通過綜合利用共標(biāo)簽測序數(shù)據(jù)和參考基因組信息實現(xiàn)高效率地組裝人類腸道菌群菌種水平的高質(zhì)量基因組；④ MetaTrass利用二代測序短讀長之間的共標(biāo)簽關(guān)聯(lián)來減少傳統(tǒng)分箱結(jié)果中的假陰性率，并改善菌種草圖的組裝連續(xù)性。
MetaTrass: A high-quality metagenome assembler of the human gut microbiome by cobarcoding sequencing reads
08-15, doi: 10.1002/imt2.46
【主編評語】本研究開發(fā)了名為MetaTrass的宏基因組組裝工具。該工具綜合利用單管長片段測序數(shù)據(jù)和公開的微生物參考基因組信息，并采用先測序讀長分類分箱再組裝的策略實現(xiàn)菌種級的高質(zhì)量基因組的組裝。由于它具有超強(qiáng)的組裝高質(zhì)量宏基因組的能力，MetaTrass將有力地促進(jìn)菌群的不同時間、空間動態(tài)特征的高精度基因組學(xué)研究。MetaTrass的開源代碼可以在Github網(wǎng)址https://github.com/BGI-Qingdao/MetaTrass免費獲取。（@劉永鑫-中科院-宏基因組）
感謝本期日報的創(chuàng)作者：注冊營養(yǎng)師陳彬林，mildbreeze，DMG-Quasimodo，asideheide，拍了花寶貝，劉永鑫-中科院-宏基因組
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