近幾年NGS測序在臨床診斷中應用越來越廣泛。陸續(xù)有NGS的試劑盒獲得CFDA批準，業(yè)內有較為成熟的解讀指南并仍在不斷完善，國內也已組織過多次室間質評以建立檢驗機構之間的標準化規(guī)范。
但是，在國內仍然存在科研成果的臨床轉化不足的現象。這里面除了客觀的政策環(huán)境、患者科普教育等問題以外，許多臨床醫(yī)生仍然存在“做測序是在做科研”的誤解。
在大家伙國慶七天樂的時候，新英格蘭醫(yī)學發(fā)表了一篇NGS用于臨床診斷相關的綜述，可以在一定程度上回答我們的疑惑。一起看看吧！
N Engl J Med 2018; 379:1353-1362
01
臨床NGS可作為診斷的工具
在這個章節(jié)，作者介紹了NGS測序的三種形式：panel測序、全外顯子組測序（Whole-Exome Sequencing，WES）、全基因組測序（Whole-Genome Sequencing，WGS）。這三種方法的測序范圍依次變大，從對幾個基因，直到對整個基因組測序。
Sanger測序、panel、WES和WGS一覽
sanger仍然是測序金標準。但從684個樣本的5個基因測序結果來看，NGS已達99.97%驗證率；
2
不首選WGS全基因組測序，是因為測序和數據管理成本；
3
各測序均有其局限性，例如WES無法測序調控區(qū)域（內含子、基因間區(qū)等）；
4
測序目的是為了尋找與臨床表型相關的基因變異；
5
如表型直接相關變異未檢出，次級發(fā)現（非與患者表型直接相關，但可致病，例如腫瘤相關基因BRCA1/2等）仍值得關注。
02
變異分類
由于NGS通量遠高于sanger測序方法，通?？梢淮涡缘玫綌狄郧в浀淖儺愋畔ⅰＨ绾魏Y選和評價這些變異與疾病的相關性變得十分重要。本節(jié)介紹了目前的情況。
根據進化保守性、位點人群頻率和蛋白質功能影響對位點進行評估；
2
部分罕見疾病由于報道較少，可能出具報告時證據不足（注：從而給出可能致病或VUS，為后續(xù)解讀帶來挑戰(zhàn)）；
3
ACMG的五級變異分類方法被廣泛使用，ClinVar數據庫采用ACMG標準對位點進行收錄；
4
臨床檢驗實驗室主要報告基因 - 疾病關聯明確的變異；
5
有不少優(yōu)秀的數據庫致力于建立基因 - 表型之間的關聯，例如Gene-Matcher，DECIPHER和Phenome-Central。
03
診斷率和測試策略
NGS測序最終目的是獲得診斷。那么NGS的診斷率自然是大家最為關心的焦點。本節(jié)根據過往文獻對診斷率進行了討論，并提出測試的策略。
基因panel
在遺傳背景清楚的情況下，基因panel通常有比WES、WGS更高的診斷率，因為它的測序深度更高，敏感度和特異性更好。在一項遺傳性視網膜疾病的222基因panel篩查中，診斷率可達55%；
2
在遺傳背景不確定的情況下，WES診斷率可能更高；
3
增加panel的基因數，診斷率并不能呈線性增加（小編注：因為每種疾病都有核心的一部分基因）；
4
基因panel的成本可高可低，但一般低于WES；
5
基因panel可搭配其它技術一起使用，例如MLPA、毛細管電泳等。
WGS和WES
在臨床中，WGS和WES可用于基因panel診斷為陰性的患者；
2
WGS和WES的診斷率可達25%-52%，可能遠超其它診斷工具，例如全基因組芯片（Chromosome Microarray Analysis，CMA）;
3
當先證者父母一起參與測試時，三人測試（trio testing）可增加16%的診斷率；
最后，制定NGS測試策略時，需要考慮檢測的局限性、基因panel的設計、成本、納入已知的任何致病基因變異。
04
NGS臨床應用
作者描述了NGS在臨床的具體實施細節(jié)。
常使用NGS的臨床醫(yī)生，通常背后都有一套成熟而復雜的工作流程；
2
NGS測序報告可為臨床診斷提供支持；
3
由于不同臨床檢驗實驗室流程有差異，臨床醫(yī)生應檢查和判斷；
4
患者知情同意的重要性；
5
還需要考慮患者的隱私和歧視問題。
05
報銷問題
作者還考慮了患者的檢測費用問題，有如下考慮。
大眾和患者對于新技術的支付意愿滯后于技術的發(fā)展；
2
納入醫(yī)療保險與否，取決于該測試是否為實驗性的、研究性的或具臨床必要性的；
3
臨床醫(yī)生需提供檢測的合理性，和解釋患者的受益；
4
可有患者自費和機構援助計劃的方案；
5
NGS測序成本下降較快，需要對臨床實用性和成本效益進行研究。
06
臨床實用性研究
上文提到了臨床實用性，在這一節(jié)進行了闡述。
快速診斷可影響醫(yī)療管理，并通過減少嘗試性治療以節(jié)約成本；
2
在2項WES新生兒篩查項目中，診斷率分別為52%和51%，影響了25%和72%的臨床治療策略（注：25%的這個研究是平均6歲，72%的是平均33天。顯然越早做測序診斷越好）。
3
一項研究中，6名患者由于測序獲得診斷，而帶來醫(yī)療管理的改變，預計節(jié)省1-2百萬美元。
小編注：從數據可以看出，并不是所有患者進行NGS檢測都可以獲得診斷，50％的診斷率是在某些特定領域，在我們的不育相關領域要相對偏低，約30%至40%；另外，由于目前藥物缺乏，能改變臨床治療方案的靶標還較少。但快速診斷以減少嘗試性治療是患者受益點之一，可節(jié)省醫(yī)療資源。
07
挑戰(zhàn)與機遇
這一個行當的挑戰(zhàn)與機遇在哪里？
數據的存儲、數據再分析和數據庫的創(chuàng)建和管理；
2
臨床意義不明（VUS）位點的再分析。
小編注：文章中提及的兩點，其實都與測序信息的爆炸式積累有關。可能過一年甚至半年，就會多好幾篇文章，會出很多新的人群數據庫。之前的陰性結果可能會變?yōu)殛栃?，之前的ACMG評級也可能會有變化。這對臨床醫(yī)生和檢驗實驗室提出了很高的要求，需要為這種飛速變化做好準備。
08
健康人
這一節(jié)也就是講行內所謂的“大健康”。由于民眾科普的缺乏，基因檢測被一些商家濫用和炒作，最終產生“科學算命”的社會惡劣印象。如何讓一位健康人正確利用自己的基因組數據，去預測疾病風險、指導用藥、指導生育等，并非易事，需要更多的數據和指南支持。
遲發(fā)性疾病的診斷；
2
常見疾病的風險預測，盡管有快速應用的誘惑，但仍需要高質量的科學方法，以及種族相關的數據和完善的非患病對照數據；
3
藥物基因組學，例如華法林劑量與SNP有關。
09
未來方向
作者對基因檢測用于診斷的未來進行了展望。
整合RNA測序方法進行診斷；
2
結構變異的檢測（注：這需要WGS來做）；
3
可指導后續(xù)醫(yī)療決策的NGS測序（注：例如腫瘤領域，可以據結果選擇靶向藥）；
4
基因 - 疾病關系對現有和未來的研究有指導作用；
5
由于近五年的飛速發(fā)展，建議臨床醫(yī)生關注該領域。
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