前面我們談過Oncotarget雜志,今年(2015年的)又發(fā)現(xiàn)影響因子只剩下5分,很多人就得他開始“水”了。
好吧,看看昨天那篇人家的miRNA發(fā)了8分,那可別小瞧了今天的5分miRNA,其工作量也是非常的大。
那么現(xiàn)在做非編碼RNA的同學(xué)可要看一下,這篇文章里提供了研究非編碼RNA的一些套路。
The miR-644a/CTBP1/p53 axis suppresses drug resistance by simultaneous inhibition of cell survival and epithelial mesenchymal transition in breast cancer. ( Oncotarget July 08, 2016)
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先看一下內(nèi)容:
這里有幾個(gè)關(guān)鍵詞:miR-644a/CTBP1/p53信號(hào)軸;細(xì)胞存活、EMT分子效應(yīng);耐藥
miR-644a靶向CTBP1的mRNA(CTBP1能促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)、轉(zhuǎn)移、耐藥),所以,miR-644a這里表現(xiàn)為一個(gè)抑癌分子。miR-644a下調(diào)CTBP1,上調(diào)野生型p53或突變型p53,能通過誘導(dǎo)p21或Noxa分別引起細(xì)胞G1阻滯或細(xì)胞凋亡。
這篇文章如果改成基金:miR-644a/CTBP1/p53信號(hào)軸在乳腺癌耐藥中作用機(jī)制研究
主要內(nèi)容精彩呈現(xiàn):
1、研究套路:如何確定分子?雖然這里是研究miRNA的,同樣適用于lncRNA!
作者做一個(gè)中通量的篩選。
這里作者為什么要選擇miR-644a,從命名上可以看到這個(gè)分子是一個(gè)較新的分子。在腫瘤細(xì)胞株里是低表達(dá)的。這里也可以選擇miR-661、miR-491,也可以研究后面促癌作用的分子??赡茏髡咦隽艘恍?yàn)證工作,才選了miR-644a。實(shí)在沒辦法的時(shí)候,我們也可以從這里選啊。
接著作者做了一系列的細(xì)胞實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)miR-644a能引起細(xì)胞增殖減慢。且在p53突變細(xì)胞株中能提升細(xì)胞凋亡,并且通過caspase-3標(biāo)志物驗(yàn)證。在乳腺細(xì)胞株(p53野生型)中,miR-644a能影發(fā)細(xì)胞G1阻滯,且通過細(xì)胞周期蛋白驗(yàn)證。
最后通過GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘,發(fā)現(xiàn)在乳腺癌組織中miR-644a表達(dá)要高于正常組織。。
2、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)miR-644a能抑制轉(zhuǎn)移,且能抑制EMT作用。
動(dòng)物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,抑制乳腺癌肺轉(zhuǎn)移。臨床方面,結(jié)合GEO數(shù)據(jù)庫(kù),miR-644a在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的組織中低表達(dá),與病人無遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移生存率相關(guān)。
3、第三部分耐藥實(shí)驗(yàn)。
b、動(dòng)物實(shí)驗(yàn):驗(yàn)證了對(duì)藥物敏感的小鼠移植瘤中,miR-644a是高表達(dá)的。
耐藥實(shí)驗(yàn)主要是細(xì)胞實(shí)驗(yàn)加動(dòng)物驗(yàn)證。當(dāng)然,動(dòng)物實(shí)驗(yàn)部分內(nèi)容還可以增加,如同樣給藥,腫瘤大小體積是否變化?小鼠生存期是否延長(zhǎng)。
4、研究下游效應(yīng)分子。
a、靶標(biāo)分子的選擇:作者通過Targetscan,PITA,miRDB三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行預(yù)測(cè),取交集,發(fā)現(xiàn)了CTBP1這個(gè)分子。且在不同物種間,CTBP1的3’端440-465高度保守,其中存在與miR-644a種子區(qū)配對(duì)序列。
b、接下來就是常規(guī)的干擾和過表達(dá)實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證它們的直接作用關(guān)系。并驗(yàn)證了CTBP1的mRNA結(jié)合區(qū)在其3’端。它們的表達(dá)呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)。
5、驗(yàn)證效應(yīng)分子CTBP1的功能。
這部分實(shí)驗(yàn)內(nèi)容和第一部分內(nèi)容完全一樣。主要從細(xì)胞實(shí)驗(yàn),動(dòng)物實(shí)驗(yàn)來展現(xiàn)。干擾掉CTBP1能降低細(xì)胞生存能力,且在p53突變細(xì)胞中能提升細(xì)胞凋亡,這部分跟第一部分內(nèi)容過表達(dá)miR-644a串到一起。干擾掉CTBP1也能引起細(xì)胞周期阻滯。
接下來,動(dòng)物實(shí)驗(yàn),是這部分內(nèi)容的兩點(diǎn),作者使用了當(dāng)下火熱的Crispr/cas9技術(shù)敲除了實(shí)驗(yàn)細(xì)胞株的CTBP1。發(fā)現(xiàn)小鼠體內(nèi)腫瘤增長(zhǎng)變慢,體積也變小。
接著,干擾掉CTBP1能抑制EMT作用。隨后作者分離的肺轉(zhuǎn)移的癌細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)其CTBP1的表達(dá)要遠(yuǎn)高于其親本細(xì)胞。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)也證實(shí),敲除了CTBP1(Crispr/cas9敲除)能顯著減少肺轉(zhuǎn)移。
6、驗(yàn)證CTBP1與miR-644a是否存在聯(lián)系。
首先,敲除CTBP1能增加乳腺癌細(xì)胞株的藥物敏感。由于前面實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)上調(diào)miR-644a也能增加乳腺癌細(xì)胞株的藥物敏感。是否兩者具有一定關(guān)聯(lián)呢?
接著作者做了一個(gè)rescue實(shí)驗(yàn):當(dāng)恢復(fù)CTBP1時(shí),過表達(dá)miR-644a,細(xì)胞的生存能力增加了,并且對(duì)藥物的敏感度降低了。并且通過抑制miR-644a來恢復(fù)CTBP1,能促進(jìn)細(xì)胞EMT作用。
這部分內(nèi)容確定了CTBP1通過靶向miR644a實(shí)現(xiàn)耐藥與EMT。
7、miR-644a/CTBP1上調(diào)野生或突變型p53,作為細(xì)胞周期G1期或細(xì)胞凋亡的開關(guān)
作者整理一下前面的內(nèi)容,并且引入周期蛋白p21,凋亡蛋白Noxa。當(dāng)上調(diào)miR-644a時(shí),野生型p53細(xì)胞中p21上調(diào),而突變型中Noxa上調(diào)。
另外上調(diào)突變p53以及miR-644a更加能提升Noxa水平,也更能促進(jìn)細(xì)胞凋亡。由于miR-644a與CTBP1表達(dá)負(fù)相關(guān),所以沉默CTBP1與上調(diào)miR-644a的作用是一樣的。
最后作者通過數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn),低表達(dá)CTBP1病人預(yù)后要好。
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