利用4個(gè)蝴蝶蘭花轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中ABCG轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的全基因組鑒定、系統(tǒng)發(fā)育分析、蝴蝶蘭花和中國(guó)臺(tái)灣蝴蝶蘭之間ABCG候選基因的差異表達(dá)分析，以及空間基因表達(dá)分析，確認(rèn)了PbABCG1和PbABCG2轉(zhuǎn)錄蛋白參與蝴蝶蘭中單萜的釋放。
針對(duì)空間組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)及其在生命科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，我們通過(guò)檢索PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)，共追蹤到2023年2月1日-28日期間發(fā)表的235篇文章（包括article、review等；IF≥5），按研究領(lǐng)域分類(lèi)梳理，詳見(jiàn)下表。此外，我們按影響因子排名和廣譜性遴選了30篇進(jìn)行概要解讀，供大家參考。
注：*表示未獲取到（not available）
01綜述
1. 空間分析技術(shù)闡明腫瘤微環(huán)境
Spatial profiling technologies illuminate the tumor microenvironment
2023-02-13; Cancer Cell; IF: 38.585; DOI: 10.1016/j.ccell.2023.01.010
內(nèi)容概要：概述了組織空間轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)分析方法，討論了從這些技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)中提取的信息類(lèi)型，并描述了它們?cè)诎┌Y研究中的應(yīng)用、關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)和挑戰(zhàn)。此外，提供了一個(gè)關(guān)于如何將空間信息整合到癌癥研究中以改善患者診斷、預(yù)后、治療分層和新療法開(kāi)發(fā)的未來(lái)觀點(diǎn)。
2. Richter綜合征：對(duì)轉(zhuǎn)化生物學(xué)的新見(jiàn)解
Richter syndrome: Novel insights into the biology of transformation
2023-02-09; Blood; IF: 25.476; DOI: 10.1182/blood.2022016502
內(nèi)容概要：Richter綜合征（Richter syndrome，RS）是一種從慢性淋巴細(xì)胞白血?。╟hronic lymphocytic leukemia，CLL）進(jìn)展成更高級(jí)淋巴瘤的疾病，臨床中主要表現(xiàn)為由CLL轉(zhuǎn)化為或并發(fā)另一種侵襲性淋巴瘤。該綜述總結(jié)了RS的最新科學(xué)進(jìn)展，討論了用于分析RS進(jìn)展的新方法及RS新的診斷和治療方法，并支持人類(lèi)基因組學(xué)與小鼠模型的綜合研究，以提供對(duì)轉(zhuǎn)化生物學(xué)基礎(chǔ)的深入理解。
3. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)正在徹底改變植物生物技術(shù)研究的改進(jìn)：最新進(jìn)展和未來(lái)機(jī)遇
Single-cell transcriptomics is revolutionizing the improvement of plant biotechnology research: recent advances and future opportunities
2023-02-12; Critical Reviews in Biotechnology; IF: 9.062; DOI: 10.1080/07388551.2023.2165900
內(nèi)容概要：綜述了scRNA-seq技術(shù)在植物研究中的最新進(jìn)展，以及如何將其集成以促進(jìn)植物研究，并分析和討論了scRNA-seq在植物科學(xué)研究中的潛在機(jī)遇和挑戰(zhàn)。
02時(shí)空/單細(xì)胞技術(shù)
4. 空間CITE-seq：實(shí)現(xiàn)細(xì)胞分辨率下high-plex蛋白和全轉(zhuǎn)錄組的聯(lián)合分析
High-plex protein and whole transcriptome co-mapping at cellular resolution with spatial CITE-seq
2023-02-23; Nature Biotechnology; IF: 68.164; DOI: 10.1038/s41587-023-01676-0
內(nèi)容概要：將轉(zhuǎn)錄組和表位（epitopes，CITE）的聯(lián)合索引擴(kuò)展到空間維度，建立了高度平行測(cè)序技術(shù)spatial-CITE-seq，以用于空間分辨的high-plex蛋白和全轉(zhuǎn)錄組協(xié)同分析。通過(guò)該技術(shù)分析了多種小鼠組織類(lèi)型中189種蛋白質(zhì)和全轉(zhuǎn)錄組，并進(jìn)一步測(cè)量了人體組織中的273種蛋白質(zhì)和全轉(zhuǎn)錄組，揭示了COVID-19 mRNA疫苗注射部位扁桃體空間上不同的生發(fā)中心反應(yīng)和皮膚的早期免疫激活。
5. 阿爾茨海默病小鼠模型中單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)和組織病理學(xué)的整合原位作圖
Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-02-02; Nature Neuroscience; IF: 28.771; DOI: 10.1038/s41593-022-01251-x
內(nèi)容概要：介紹了一種能夠在同一組織切片中同時(shí)進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和特定蛋白質(zhì)定位的技術(shù)STARmap PLUS，并將其應(yīng)用于8個(gè)月和13個(gè)月齡的阿爾茨海默?。ˋlzheimer's disease，AD）小鼠模型的腦組織，繪制了一張全面的AD疾病進(jìn)展的時(shí)空細(xì)胞圖譜，證實(shí)了STARmap PLUS具有闡明病理學(xué)背后的分子和細(xì)胞變化的能力。
03生信工具
6. 通過(guò)網(wǎng)絡(luò)推理和計(jì)算機(jī)模擬基因擾動(dòng)以解析細(xì)胞身份
Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation
2023-02-08; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-05688-9
內(nèi)容概要：基于計(jì)算擾動(dòng)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（gene-regulatory network，GRN），提出了一種可用于以高分辨率推斷和解釋細(xì)胞類(lèi)型特異性GRN配置，從而能夠從機(jī)制上深入了解細(xì)胞身份的調(diào)控的方法CellOracle（https://github.com/morris-lab/CellOracle）。將CellOracle應(yīng)用于小鼠和人類(lèi)的造血功能，以及斑馬魚(yú)的軸向中胚層向脊索和前索板的分化，再現(xiàn)了眾所周知的由轉(zhuǎn)錄因子（transcription factors，TFs）控制的細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控。此外，應(yīng)用CellOracle確定了IF lhx1a在軸向中胚層發(fā)育中的作用。
7. SODB促進(jìn)空間組學(xué)數(shù)據(jù)的全面探索
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-02-16; Nature Methods; IF: 47.990; DOI: 10.1038/s41592-023-01773-7
內(nèi)容概要：介紹了一個(gè)在線(xiàn)平臺(tái)空間組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（Spatial Omics DataBase，SODB；https://gene.ai.tencent.com/SpatialOmics/）。它提供了各種類(lèi)型的空間組學(xué)數(shù)據(jù)集（空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、基因組學(xué)等），具有可下載和統(tǒng)一的數(shù)據(jù)格式，可以直接輸入許多主流分析包。此外，SODB還提供了多個(gè)交互式數(shù)據(jù)分析模塊，特別是一個(gè)獨(dú)特的模塊：空間組學(xué)視圖（SOView），可用于可視化全局組織結(jié)構(gòu)，并識(shí)別一些細(xì)微但重要的局部或亞組織結(jié)構(gòu)。
8. NeuronChat：從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中推斷神經(jīng)元-神經(jīng)元通訊
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-02-28; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-023-36800-w
內(nèi)容概要：開(kāi)發(fā)了一種利用scRNA-seq數(shù)據(jù)和/或空間分辨轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)推斷、可視化和分析神經(jīng)特異性細(xì)胞間通訊的方法NeuronChat，它通過(guò)結(jié)合一個(gè)手動(dòng)管理的人類(lèi)和小鼠神經(jīng)信號(hào)分子相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)模擬同源相互作用分子的坐標(biāo)表達(dá)。通過(guò)對(duì)神經(jīng)組織數(shù)據(jù)集的基準(zhǔn)測(cè)試和應(yīng)用，證實(shí)了NeuronChat在揭示多個(gè)生物系統(tǒng)中神經(jīng)元-神經(jīng)元相互作用方面的能力。
9. 沿惡性邊界-非惡性軸重建腫瘤空間微環(huán)境
Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary -nonmalignant axis
2023-02-20; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-023-36560-7
內(nèi)容概要：提出了一個(gè)專(zhuān)門(mén)用于腫瘤空間微環(huán)境分析的工具框架Cottrazm，通過(guò)將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)與scRNA-seq數(shù)據(jù)和組織學(xué)成像相結(jié)合，描繪腫瘤組織中連接惡性和非惡性細(xì)胞spots的腫瘤邊界，在空間位置解卷積細(xì)胞類(lèi)型組成，并在sub-spot水平重建細(xì)胞類(lèi)型特異性基因表達(dá)譜。此外，利用Cottrazm解析了腫瘤邊界上的生物過(guò)程和細(xì)胞-細(xì)胞相互作用，從而在這個(gè)局部微環(huán)境識(shí)別出多個(gè)潛在的治療靶點(diǎn)。
04生長(zhǎng)發(fā)育
10. 哺乳動(dòng)物器官發(fā)生過(guò)程中細(xì)胞譜系特異性線(xiàn)粒體恢復(fù)力
Cell lineage-specific mitochondrial resilience during mammalian organogenesis
2023-02-17; Cell; IF: 66.850; DOI: 10.1016/j.cell.2023.01.034
內(nèi)容概要：結(jié)合scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)在胚胎第8.5天的小鼠中存在細(xì)胞譜系特異性的轉(zhuǎn)錄譜，包括在器官發(fā)生完成之前存在的器官特異性線(xiàn)粒體蛋白亞型，確認(rèn)了核-線(xiàn)粒體串?dāng)_是在哺乳動(dòng)物早期發(fā)育過(guò)程中建立的，遠(yuǎn)早于器官成熟，這一發(fā)現(xiàn)為了解哺乳動(dòng)物健康和疾病中線(xiàn)粒體功能的器官特異性差異提供了新的見(jiàn)解。
11. 心肌內(nèi)環(huán)境有利于調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的局部分化
Myocardial milieu favors local differentiation of regulatory T cells
2023-02-06; Circulation Research; IF: 23.213; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.122.322183
內(nèi)容概要：使用轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞受體（TCR-M）模型和主要組織相容性復(fù)合體-II四聚體，結(jié)合scRNA-seq和功能表型分析，闡明了抗原特異性CD4+ T細(xì)胞如何在小鼠梗塞心肌中分化并影響組織修復(fù)。此外，將促炎細(xì)胞與調(diào)節(jié)性預(yù)分化TCR-M細(xì)胞進(jìn)行對(duì)比，發(fā)現(xiàn)肌球蛋白特異性Treg抑制心肌梗死后炎癥，抑制鄰近T細(xì)胞，并與改善心臟功能有關(guān)。
12. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析揭示比克氏棉色素腺體的發(fā)育軌跡和轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii
2023-02-10; Molecular Plant; IF: 21.949; DOI: 10.1016/j.molp.2023.02.005
內(nèi)容概要：利用scRNA-seq研究來(lái)自吸水后48 h發(fā)芽的比克氏棉種籽子葉的12,222個(gè)原生質(zhì)體，并通過(guò)整合色素腺細(xì)胞發(fā)育軌跡、轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和核心轉(zhuǎn)錄因子功能驗(yàn)證，提出了一個(gè)相對(duì)完整的色素腺形成模型，發(fā)現(xiàn)光和赤霉素可以促進(jìn)色素腺體的形成，同時(shí)基因GbiERF114 （ETHYLENE RESPONSE FACTOR 114）、 GbiZAT11 （ZINC FINGER OF ARABIDOPSIS THALIANA 11）和GbiNTL9 （NAC TRANSCRIPTION FACTOR-LIKE 9）也會(huì)影響色素腺體的形成。
13. 伏隔核功能亞區(qū)的獎(jiǎng)賞處理
Distinct reward processing by subregions of the nucleus accumbens
2023-02-06; Cell Reports; IF: 9.995; DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112069
內(nèi)容概要：通過(guò)微型顯微鈣成像和環(huán)路示蹤技術(shù)，結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)伏隔核（nucleus accumbens，NAc）的內(nèi)側(cè)和外側(cè)殼細(xì)分中獎(jiǎng)勵(lì)編碼的不同模式，確定了內(nèi)側(cè)Cartpt+神經(jīng)元和外側(cè)NAc Nts+神經(jīng)元兩個(gè)功能不同的亞群，它們?cè)趧?dòng)機(jī)行為中扮演相反的角色，為未來(lái)在生理和疾病情況下NAc功能亞區(qū)的細(xì)分提供了新的理論框架。
14. 來(lái)自健康人類(lèi)志愿者的腿部肌肉轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示與肌肉位置相關(guān)的分子和細(xì)胞特征
A transcriptome atlas of leg muscles from healthy human volunteers reveals molecular and cellular signatures associated with muscle location
2023-02-06; eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.80500
內(nèi)容概要：使用來(lái)自20名健康年輕男性（25±3.6歲）的活組織檢查，構(gòu)建了一個(gè)大型骨骼肌轉(zhuǎn)錄組圖譜（http://tabbassidaloii.shinyapps.io/muscleAtlasShinyApp/），其中包含6個(gè)腿部肌肉和1個(gè)肌肉的兩個(gè)位置，揭示了人類(lèi)腿部肌肉的分子特化，并為研究肌肉特異性分子特征提供了新資源，這些特征可能與（病理）生理過(guò)程有關(guān)。
05再生醫(yī)學(xué)
15. 黑色素細(xì)胞化學(xué)重編程為骨骼肌細(xì)胞
Chemical reprogramming of melanocytes to skeletal muscle cells
2023-02-01; Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle; IF: 12.063; DOI: 10.1002/jcsm.13155
內(nèi)容概要：利用化學(xué)定義的生肌條件（a novel small-molecule cocktail），結(jié)合單細(xì)胞測(cè)序分析，識(shí)別出一個(gè)具有生肌潛力的Pax3+黑色素細(xì)胞群，并有效地將Pax3+黑色素細(xì)胞轉(zhuǎn)化為了骨骼肌細(xì)胞，首次證實(shí)了通過(guò)化學(xué)小分子將黑色素細(xì)胞轉(zhuǎn)化為肌肉的報(bào)道，提出了一種新的肌肉再生策略。
06生命演化
16. 不同海拔牦牛心臟細(xì)胞多樣性和功能變化的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究
Single-cell transcriptomic survey of cell diversity and functional changes in yak hearts at different altitude
2023-02-05; Proteomics; IF: 5.393; DOI: 10.1002/pmic.202200345
內(nèi)容概要：應(yīng)用scRNA-seq技術(shù)分析兩個(gè)海拔高度（2,200米和3,900米）上的成年牦牛心臟組織的轉(zhuǎn)錄景觀，并探討了各細(xì)胞模塊的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子及其通信關(guān)系，發(fā)現(xiàn)牦牛心臟通過(guò)促進(jìn)血管發(fā)育和增加血流量來(lái)增強(qiáng)氧氣輸送能力，并通過(guò)增強(qiáng)代謝機(jī)制來(lái)保證能量供應(yīng)，從而提高有氧呼吸能力。
07疾病研究
惡性腫瘤
17. 空間受限的腫瘤相關(guān)和宿主相關(guān)免疫驅(qū)動(dòng)因素與胰腺癌的復(fù)發(fā)部位相關(guān)
Spatially restricted tumour-associated and host-associated immune drivers correlate with the recurrence sites of pancreatic cancer
2023-02-15; Gut; IF: 31.793; DOI: 10.1136/gutjnl-2022-329371
內(nèi)容概要：對(duì)胰腺導(dǎo)管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）患者腫瘤組織中的免疫通路相關(guān)基因和蛋白質(zhì)進(jìn)行空間分析，并結(jié)合腫瘤微環(huán)境的免疫表型分析和腫瘤細(xì)胞的遺傳改變分析，發(fā)現(xiàn)不同復(fù)發(fā)模式的PDAC都有不同的炎癥/基質(zhì)反應(yīng)，這可能會(huì)影響浸潤(rùn)模式和患者預(yù)后。
18. 經(jīng)典霍奇金淋巴瘤中單核吞噬細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)的空間和分子特征
Spatial and molecular profiling of the mononuclear phagocyte network in Classic Hodgkin lymphoma
2023-02-07; Blood; IF: 25.476; DOI: 10.1182/blood.2022015575
內(nèi)容概要：通過(guò)整合scRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組和多重免疫熒光的數(shù)據(jù)，定義了經(jīng)典霍奇金淋巴瘤（classic Hodgkin lymphoma，cHL）和非淋巴瘤淋巴結(jié)的整體免疫細(xì)胞組成，揭示了單核吞噬細(xì)胞（mononuclear phagocytes，MNPs）隔室內(nèi)的復(fù)雜性和空間極化，進(jìn)一步證明了它們?cè)赾HL免疫逃避中的潛在作用。
19. 空間轉(zhuǎn)錄組揭示惡性膠質(zhì)瘤中放射狀膠質(zhì)干細(xì)胞樣細(xì)胞的生態(tài)位特異性富集和脆弱性
Spatial transcriptomics reveals niche-specific enrichment and vulnerabilities of radial glial stem-like cells in malignant gliomas
2023-02-23; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-023-36707-6
內(nèi)容概要：通過(guò)整合短讀長(zhǎng)和長(zhǎng)讀長(zhǎng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)，以及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)集，對(duì)彌漫中線(xiàn)膠質(zhì)瘤伴H3K27M突變（diffuse midline glioma-H3K27M mutant，DMG）和膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（glioblastoma，GBM）進(jìn)行全面空間分析，揭示了生態(tài)位特異性的神經(jīng)膠質(zhì)瘤生態(tài)系統(tǒng)和調(diào)控程序。
20. 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示長(zhǎng)期卵巢癌幸存者腫瘤-基質(zhì)界面的配體-受體串?dāng)_異質(zhì)性
Spatial transcriptomics depict ligand-receptor crosstalk heterogeneity at the tumor-stroma interface in long-term ovarian cancer survivors
2023-02-14; Cancer Research; IF: 13.312; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-1821
內(nèi)容概要：使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在來(lái)自未經(jīng)治療的晚期高級(jí)漿液性卵巢癌（high-grade serous ovarian cancer，HGSC）長(zhǎng)期生存者（long-term survivors，LTS）和短期幸存者（short-term survivors，STS）中構(gòu)建了空間分辨轉(zhuǎn)錄組圖譜，并確定了卵巢微環(huán)境中癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞的異質(zhì)性與晚期HGSC患者的生存期相關(guān)。
21. m6A RNA甲基化與黑色素瘤免疫微環(huán)境和免疫治療反應(yīng)相關(guān)
m6A RNA methylation correlates with immune microenvironment and immunotherapy response of melanoma
2023-02-24; The Journal of Investigative Dermatology; IF: 7.590; DOI: 10.1016/j.jid.2023.01.027
內(nèi)容概要：該研究納入了來(lái)自8個(gè)獨(dú)立隊(duì)列的1,564名黑色素瘤患者，包括免疫檢查點(diǎn)抑制劑或阻斷（immune checkpoint inhibitors or blockades，ICB）治療隊(duì)列，確定了兩種與黑色素瘤腫瘤微環(huán)境的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)模式相關(guān)的m6A修飾模式，結(jié)合scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析，發(fā)現(xiàn)m6Ascore與腫瘤惡性進(jìn)展、癌相關(guān)成纖維細(xì)胞浸潤(rùn)、T細(xì)胞耗竭、免疫排斥和ICB耐藥性呈正相關(guān)，可作為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的工具來(lái)指導(dǎo)黑色素瘤患者的免疫治療。
非癌疾病
22. 單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示驅(qū)動(dòng)肉芽腫形成的異常淋巴樣發(fā)育程序
Single-cell and spatial transcriptomics reveal aberrant lymphoid developmental programs driving granuloma formation
2023-02-06; Immunity; IF: 43.474; DOI: 10.1016/j.immuni.2023.01.014
內(nèi)容概要：對(duì)結(jié)節(jié)病患者的皮膚肉芽腫進(jìn)行scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組分析，并通過(guò)生物信息學(xué)方法重建了潛在的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)肉芽腫改變了正常淋巴器官發(fā)育的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)程序，并由免疫代謝的變化，細(xì)胞因子和趨化因子通路的改變，以及整合素和細(xì)胞外基質(zhì)的調(diào)節(jié)三個(gè)關(guān)鍵過(guò)程驅(qū)動(dòng)，表明肉芽腫構(gòu)成了異常的淋巴器官。
23. 肺纖維化過(guò)程中內(nèi)皮細(xì)胞樣肌成纖維細(xì)胞遷移的調(diào)節(jié)
Regulating the cell shift of endothelial cell-like myofibroblasts in pulmonary fibrosis
2023-02-09; The European Respiratory Journal; IF: 33.795; DOI: 10.1183/13993003.01799-2022
內(nèi)容概要：創(chuàng)建了新的肺纖維化小鼠模型，并在正常肺組織中鑒定出以前未知的內(nèi)皮細(xì)胞（endothelial cell，EC）樣肌成纖維細(xì)胞群，它們顯著地促進(jìn)了肌成纖維細(xì)胞對(duì)肺纖維化的作用，這一點(diǎn)通過(guò)scRNA-seq得到了證實(shí)?；谵D(zhuǎn)錄譜，發(fā)現(xiàn)了一種可以重定向EC樣肌成纖維細(xì)胞的分化并減少小鼠模型中的肺纖維化的小分子，這可能為肺纖維化的治療干預(yù)提供新的策略。
24. 獨(dú)特的DUOX2+ACE2+小膽管細(xì)胞是原發(fā)性膽汁性膽管炎的致病靶點(diǎn)
Unique DUOX2+ACE2+ small cholangiocytes are pathogenic targets for primary biliary cholangitis
2023-02-09; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-34606-w
內(nèi)容概要：利用scRNA-seq、熒光激活細(xì)胞分選、多重免疫熒光和RNAscope分析，在人和小鼠肝臟中發(fā)現(xiàn)了獨(dú)特的DUOX2+ACE2+小膽管細(xì)胞，并通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究了它們?cè)谠l(fā)性膽汁性膽管炎（primary biliary cholangitis，PBC）患者中的功能和臨床意義，確認(rèn)高表達(dá)pIgR抗原的DUOX2+AIGE2+小膽管細(xì)胞是PBC的致病靶點(diǎn)。
25. 線(xiàn)粒體功能相關(guān)基因是前驅(qū)突觸核蛋白病皮質(zhì)萎縮的基礎(chǔ)
Mitochondrial function-associated genes underlie cortical atrophy in prodromal synucleinopathies
2023-02-24; Brain; IF: 15.255; DOI: 10.1093/brain/awad044
內(nèi)容概要：結(jié)合成像轉(zhuǎn)錄組學(xué)和綜合空間映射，研究孤立性快速眼動(dòng)睡眠行為障礙（isolated rapid eye movement sleep behaviour disorder，iRBD）患者腦組織中受影響最嚴(yán)重的皮質(zhì)區(qū)域的正?；虮磉_(dá)和連接特征，發(fā)現(xiàn)線(xiàn)粒體和巨自噬功能障礙是iRBD中發(fā)生的皮質(zhì)變薄的基礎(chǔ)，且皮質(zhì)變薄會(huì)映射到大腦中的特定網(wǎng)絡(luò)。
26. 體積肌肉損失后免疫和干細(xì)胞失調(diào)的時(shí)空映射
Spatiotemporal mapping of immune and stem cell dysregulation after volumetric muscle loss
2023-02-23; JCI Insight; IF: 9.484; DOI: 10.1172/jci.insight.162835
內(nèi)容概要：使用與scRNA-Seq數(shù)據(jù)集集成的空間spGEX分析了小鼠在一段時(shí)間過(guò)程中的體積肌肉損失（volumetric muscle loss，VML）缺陷，發(fā)現(xiàn)巨噬細(xì)胞-間充質(zhì)細(xì)胞（macrophages-mesenchymal derived cell，m?-MDC）信號(hào)傳導(dǎo)的驅(qū)動(dòng)作用有助于纖維化進(jìn)展，影響肌肉干細(xì)胞（muscle stem cell，MuSC）介導(dǎo)的再生。通過(guò)抑制轉(zhuǎn)化后生長(zhǎng)因子靶向m?s和MDCs之間的細(xì)胞串?dāng)_，促進(jìn)了MuSC浸潤(rùn)到缺陷中并抑制了纖維化。
07其他研究
27. 一種針對(duì)胚胎源性腦巨噬細(xì)胞特異性的Cre-deleter揭示小膠質(zhì)細(xì)胞和邊界巨噬細(xì)胞的不同特征
A Cre-deleter specific for embryo-derived brain macrophages reveals distinct features of microglia and border macrophages
2023-02-08; Immunity; IF: 43.474; DOI: 10.1016/j.immuni.2023.01.028
內(nèi)容概要：描述了一種可以在胚胎腦巨噬細(xì)胞[小膠質(zhì)細(xì)胞和邊界相關(guān)巨噬細(xì)胞（border-associated macrophages，BAMs）]中高效且特異性地重組的Cre deleter（Crybb1-Cre），將其與Flt3-Cre譜系示蹤劑、scRNA-seq分析和共聚焦成像結(jié)合使用，解析了小鼠腦皮層中胚胎衍生與單核細(xì)胞衍生的BAMs。使用Crybb1-Cre刪除小膠質(zhì)細(xì)胞和胚胎衍生BAMs中的轉(zhuǎn)錄因子SMAD4，會(huì)抑制小膠質(zhì)細(xì)胞的發(fā)育并損害小鼠的記憶功能。
28. 成人脊髓的細(xì)胞分類(lèi)學(xué)
A cellular taxonomy of the adult human spinal cord
2023-02-01; Neuron; IF: 18.688; DOI: 10.1016/j.neuron.2023.01.007
內(nèi)容概要：利用snRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組和免疫組化分析成人脊髓的細(xì)胞類(lèi)型，識(shí)別出29種神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞簇和35種神經(jīng)元細(xì)胞簇，建立了首個(gè)全面的成人脊髓神經(jīng)元簇分類(lèi)法（https://vmenon.shinyapps.io/humanspinalcord/），并揭示了特定細(xì)胞類(lèi)型的獨(dú)特分子環(huán)境如何導(dǎo)致慢性疼痛或神經(jīng)退行性病變。
29. 一種含有本質(zhì)無(wú)序區(qū)域的蛋白質(zhì)通過(guò)改良干旱-增長(zhǎng)的權(quán)衡而提高了產(chǎn)量
An intrinsically disordered region-containing protein mitigates the drought-growth trade-off to boost yields
2023-02-07; Plant Physiology; IF: 8.005; DOI: 10.1093/plphys/kiad074
內(nèi)容概要：報(bào)告了一個(gè)以前未表征的雙子葉植物特異性基因Stress and Growth Interconnector（SGI），它編碼一種本質(zhì)上無(wú)序區(qū)域的蛋白質(zhì)，通過(guò)與過(guò)氧化氫酶亞型、多種應(yīng)激反應(yīng)調(diào)節(jié)劑和重要的LEA（Late Embryogenesis Abundant）蛋白相互作用，介導(dǎo)活性氧穩(wěn)態(tài)促進(jìn)了干旱期間油料作物油菜籽（Brassica napus）和模式植物擬南芥（Arabidopsis thaliana）的生長(zhǎng)，揭示了打破植物生長(zhǎng)-脅迫耐受性之間權(quán)衡的機(jī)制。
30. 蝴蝶蘭花單萜的釋放需要PbABCG1和PbABCG2轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白
PbABCG1 and PbABCG2 transporters are required for the emission of floral monoterpenes in Phalaenopsis bellina
2023-02-03; The Plant Journal; IF: 7.091; DOI: 10.1111/tpj.16133
內(nèi)容概要：利用4個(gè)蝴蝶蘭花轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中ABCG轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的全基因組鑒定、系統(tǒng)發(fā)育分析、蝴蝶蘭花和中國(guó)臺(tái)灣蝴蝶蘭之間ABCG候選基因的差異表達(dá)分析，以及空間基因表達(dá)分析，確認(rèn)了PbABCG1和PbABCG2轉(zhuǎn)錄蛋白參與蝴蝶蘭中單萜的釋放。
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