2023年8月14日，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)，丁莉等人作為通訊作者在Cell 在線(xiàn)發(fā)表題為“Pan-cancer proteogenomics connects oncogenic drivers to functional states”的研究論文，該研究的多組學(xué)泛癌癥分析通過(guò)確定其在RNA、蛋白質(zhì)和磷蛋白水平上量化的顯著順式效應(yīng)和遠(yuǎn)端反式效應(yīng)，揭示了對(duì)癌癥驅(qū)動(dòng)因素影響的見(jiàn)解。
突出的觀察結(jié)果包括點(diǎn)突變和拷貝數(shù)改變與蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)重新連接的關(guān)聯(lián)，值得注意的是，大多數(shù)癌癥基因趨同于基于序列的激酶活性譜所表示的相似分子狀態(tài)。預(yù)測(cè)的新抗原負(fù)擔(dān)和測(cè)量的T細(xì)胞浸潤(rùn)之間的相關(guān)性表明免疫療法的潛在脆弱性。癌癥特征的模式因多基因蛋白豐度而異，從均勻到不均勻。總的來(lái)說(shuō)，該研究證明了綜合蛋白質(zhì)基因組學(xué)在理解致癌驅(qū)動(dòng)因素的功能狀態(tài)及其與癌癥發(fā)展的聯(lián)系方面的價(jià)值，超越了研究單個(gè)癌癥類(lèi)型的局限性。 另外，2023年8月14日，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)，丁莉等人作為通訊作者在Cell 在線(xiàn)發(fā)表題為“Pan-cancer analysis of post-translational modifications reveals shared patterns of protein regulation”的研究論文，該研究分析了來(lái)自11種癌癥類(lèi)型的1110例PTM患者的最大蛋白質(zhì)基因組學(xué)數(shù)據(jù)集(其中10例來(lái)自美國(guó)國(guó)家癌癥研究所臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟[CPTAC])。該研究揭示了參與標(biāo)志性癌癥過(guò)程的蛋白質(zhì)乙?；土姿峄姆喊┌Y變化模式。這些模式揭示了來(lái)自不同癌癥類(lèi)型的腫瘤亞群，包括那些由磷酸化驅(qū)動(dòng)的DNA修復(fù)失調(diào)，由乙?；?qū)動(dòng)的與免疫反應(yīng)相關(guān)的代謝調(diào)節(jié)改變，由乙?；土姿峄g的串?dāng)_影響激酶特異性，以及修飾的組蛋白調(diào)節(jié)?？偟膩?lái)說(shuō)，這一資源突出了PTM控制的豐富生物學(xué)，并揭示了潛在的新治療途徑。
2023年8月14日，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)，丁莉等人作為通訊作者在Cancer Cell 在線(xiàn)發(fā)表題為“Integrative multi-omic cancer profiling reveals DNA methylation patterns associated with therapeutic vulnerability and cell-of-origin”的研究論文，該研究利用687個(gè)腫瘤的多組學(xué)分析和來(lái)自腎臟、腦、胰腺、肺、頭頸部和子宮內(nèi)膜的匹配非累及鄰近組織來(lái)識(shí)別與RNA和蛋白質(zhì)豐度變化相關(guān)的異常甲基化，并建立泛癌癥目錄。該研究發(fā)現(xiàn)了譜系特異性的表觀遺傳驅(qū)動(dòng)因素，包括子宮內(nèi)膜癌中FGFR2低甲基化。該研究發(fā)現(xiàn)高甲基化的STAT5A與普遍的調(diào)控子（regulon）下調(diào)和免疫細(xì)胞消耗有關(guān)，這表明STAT5A表達(dá)的表觀遺傳調(diào)控構(gòu)成了鱗狀腫瘤免疫抑制的分子開(kāi)關(guān)。該研究進(jìn)一步證明甲基化亞型富集信息可以解釋細(xì)胞起源、腫瘤內(nèi)異質(zhì)性和腫瘤表型?？傮w而言，該研究確定了驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)錄和翻譯變化的順式作用DNA甲基化事件，揭示了腫瘤的表觀遺傳景觀及其起源細(xì)胞的作用。
2023年8月10日，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)，丁莉等人在Cancer Cell在線(xiàn)發(fā)表題為“Proteogenomic insights suggest druggable pathways in endometrial carcinoma”的研究論文，該研究使用10種不同的組學(xué)平臺(tái)對(duì)一個(gè)前瞻性子宮內(nèi)膜癌(EC)隊(duì)列進(jìn)行了特征描述，該隊(duì)列包含138個(gè)腫瘤和20個(gè)富集的正常組織。兩種多肽的靶向定量可以預(yù)測(cè)抗原加工和遞呈機(jī)制活性，并可能為患者選擇免疫治療提供信息。在患者和細(xì)胞系中MYC活性與二甲雙胍治療之間的關(guān)聯(lián)分析表明，二甲雙胍治療在MYC活性升高的非糖尿病患者中具有潛在作用。PIK3R1框架內(nèi)索引與AKT磷酸化升高和對(duì)AKT抑制劑的敏感性增加有關(guān)。CTNNB1熱點(diǎn)突變集中在介導(dǎo)pS45誘導(dǎo)的β-catenin降解的磷酸化位點(diǎn)附近，這可能導(dǎo)致Wnt-FZD拮抗劑無(wú)效。深度學(xué)習(xí)可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)EC的亞型和突變，這可能有助于快速診斷?？偟膩?lái)說(shuō)，本研究確定了分子和影像學(xué)標(biāo)記物，可以進(jìn)一步研究指導(dǎo)患者分層，以更精確地治療EC。
