胡塞爾反對唯科學(xué)主義，但并不反對科學(xué)，相反，他擴大了科學(xué)概念的范圍。
在他看來，“科學(xué)”只有一個，這就是對事物本身的真理的認識。但這種認識有層次上的不同，一般自然科學(xué)是較低層次的，因為它不包含對科學(xué)的科學(xué)、對認識的認識（自我意識），所以它總是建立在某種非批判的假定之上的，總有自己的盲點和“缺口”。
只有真正科學(xué)的哲學(xué)才能填補這一缺口，它能使全部科學(xué)、包括人的全部精神生活構(gòu)成一個嚴密的體系，因而它自身是唯一真正嚴密的科學(xué)。
但這種最高層次的科學(xué)（即哲學(xué)）要得到正確理解，首先有必要與一般科學(xué)、包括自然科學(xué)和心理學(xué)在層次上區(qū)分開來，不容混淆。
這是以往一切哲學(xué)所未能做到的，它們要么借鑒自然科學(xué)、要么借鑒心理學(xué)來建立第一哲學(xué)，陷入自然主義和心理主義、獨斷論和懷疑論、客觀主義和主觀主義、唯物主義和唯靈主義等等。
相反，在胡塞爾看來，一般科學(xué)本身恰好要由第一哲學(xué)來為它們提供前提，即：它們的普遍必然性、自明性（科學(xué)性）究竟是從哪里來的？一般科學(xué)只涉及看到的東西，哲學(xué)則涉及“看”本身，“看”的類型、方式和結(jié)構(gòu)。
這種結(jié)構(gòu)不是由其他東西規(guī)定的，而是前科學(xué)的、自明的，只須把眼睛轉(zhuǎn)向內(nèi)部，就能直接給出所看到的東西，并通過“內(nèi)在超越”使這些東西成為客觀必然的，而不再是去獨斷地設(shè)定客觀存在。
這當然也是一種心理學(xué)，但已經(jīng)不是作為自然科學(xué)的一個門類的經(jīng)驗心理學(xué)，而是作為哲學(xué)入門的“純粹的”心理學(xué)了，它不是指向人們?nèi)粘５男睦斫Y(jié)構(gòu)，而是指向“先驗的”普遍意識結(jié)構(gòu)了。
也就是說，它通過對人的心理結(jié)構(gòu)的“反思”，去發(fā)現(xiàn)其中隱藏著的超人乃至非人的一般意識結(jié)構(gòu)，這種結(jié)構(gòu)是任何人或動物的心理結(jié)構(gòu)之所以可能的條件，絕對的“理”，人和其他有意識的生物則是它的“摹本”或?qū)嵗?。這就是由個別中見出一般的原則。
所以“嚴密科學(xué)”的體系應(yīng)當由這種反思的程序來建立：
實證科學(xué)（包括歷史、社會科學(xué)）——經(jīng)驗心理學(xué)——純粹心理學(xué)或純粹現(xiàn)象學(xué)——先驗心理學(xué)或先驗現(xiàn)象學(xué)。
這是一個由低到高不斷回溯的過程，而從先驗現(xiàn)象學(xué)這一最高點出發(fā)，也可以回過頭來下降到前此一切科學(xué)（包括自然科學(xué)），使它們在根基上得到更精確的理解，從而克服其唯科學(xué)主義的片面性。在這整個過程中，心理學(xué)可以視為一個中介，但卻決不歸結(jié)為心理學(xué)。
這樣一來，胡塞爾就為建立純粹的精神科學(xué)（如倫理學(xué)、宗教學(xué)、美學(xué)、社會學(xué)等等）奠定了科學(xué)性的基礎(chǔ)，并把自然科學(xué)也理解為一門精神科學(xué)，使自然科學(xué)與人文科學(xué)得到統(tǒng)一，它們都是由“看”的不同類型所導(dǎo)致的專門科學(xué)。
胡塞爾沒有能夠從現(xiàn)象學(xué)立場上逐個地去建立這些科學(xué)，他認為這只能是集體協(xié)作的工程，各個領(lǐng)域原理不同，類型各異，但方法卻相同，他自己畢生只致力于方法。
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