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上次集滿200人就開的猴哥直播課，沒參加上的同學(xué)們請戳下方觀看 :

( 適用對象：老板不是大牛、沒啥科研經(jīng)費(fèi)、自己又不會編程、掙扎著畢業(yè)的同學(xué) )

文章實(shí)在太長，必須提前預(yù)告下文末有彩蛋

說要給大家講講怎么發(fā)篇夠博士畢業(yè)的meta分析的SCI，這可不是噱頭，猴哥自己就是最典型的例子（猴哥武大的）。

做個簡單的芯片meta分析只能發(fā)3、4分的文章，想要博士畢業(yè)，再接下去往深了做，探究下機(jī)理啥的。猴哥說，生信結(jié)合實(shí)驗(yàn)發(fā)表6分文章妥妥的，而且只要做淺淺的實(shí)驗(yàn)。

老板腿太細(xì)，只能心疼抱緊自己的同學(xué)可以學(xué)學(xué)猴哥發(fā)的這篇SCI:

想取經(jīng)的看過來，簡單剖析下猴哥的文章

研究概要

猴哥主要研究結(jié)直腸癌，而很多結(jié)直腸癌相關(guān)的miRNA芯片數(shù)據(jù)不一致，單張芯片出篩選作為診斷或預(yù)后標(biāo)志物的miRNA標(biāo)準(zhǔn)又不一樣，所以結(jié)論也不具通用性。

猴哥就此問題展開，收集了7張芯片的773例原始數(shù)據(jù)，先篩出一致性的24個miRNA，最后聚焦到miR-195，研究了它的生物學(xué)功能和分子機(jī)制，一篇博士文章就出來了。

課題拆解

拆解下就是重點(diǎn)解決下面幾個問題：

常規(guī)的芯片meta分析+常規(guī)的miRNA 研究，兩者一結(jié)合就能發(fā)一個比較好的文章，重點(diǎn)是省錢。

研究過程

首先解決第一個問題：miRNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)收集及整合分析。這部分具體步驟可參考之前的課程——芯片meta分析介紹與案例演示（網(wǎng)址：http://college.gcbi.com.cn/video/87uire3.html）。

因?yàn)檠芯恳职暨x11個下調(diào)的miRNA作為候選對象。

第二個問題，從候選的11個miRNA中挑出一個或幾個進(jìn)行深入研究。

縮小范圍，首先和TCGA中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，篩出表達(dá)一致的，共有四個：let-7a、miR-125b、miR-145、miR-195。

再結(jié)合臨床數(shù)據(jù)來判斷4個miRNA的診斷、預(yù)后價值，篩選出了低表達(dá)預(yù)后不良的miR-195。

miR-195在邏輯上已經(jīng)可以作為接下去的研究對象了，那它現(xiàn)在研究情況如何？如果人家都研究透了，那game就over了。

可以從基因雷達(dá)中看下它的科研熱度，pubmed中63篇，還好還好，研究的不多。點(diǎn)擊進(jìn)去可以看具體文獻(xiàn)的研究進(jìn)展。

基因雷達(dá)網(wǎng)址：https://www.gcbi.com.cn/gcanalyze/html/generadar/index

做生存曲線網(wǎng)址：http://kmplot.com/analysis/

預(yù)后分析代碼  http://www.bio-info-trainee.com/1314.html

tcga數(shù)據(jù)庫基因做生存分析： http://www.oncolnc.org/

點(diǎn)這看診斷ROC曲線的制作

最后一個問題，miR-195的生物學(xué)功能和分子機(jī)理

這步就回歸到miRNA的研究套路了，研究miRNA首先找到它的靶基因，看它可能作用在哪些功能通路。猴哥找到了潛在的YAP-1基因，具體過程視頻里有。

尋找靶基因和功能通路的方法工具很多，小白可以選GCBI的在線實(shí)驗(yàn)室，miRNA的分析方案可以畫這樣，差異分析、靶基因、通路、互作網(wǎng)絡(luò)一個方案全搞定，點(diǎn)擊執(zhí)行就OK了：

GCBI在線實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)址：https://www.gcbi.com.cn/gclab/html/index

找到了潛在的靶基因，猴哥說只要淺淺的實(shí)驗(yàn)就好，來看下是不是。猴哥做的實(shí)驗(yàn)：

1、細(xì)胞和組織水平驗(yàn)證miRNA-195和YAP-1的表達(dá)和預(yù)后。

2、抑制細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)

   （BrdU染核、MTT法、劃痕實(shí)驗(yàn)等）

3、動物實(shí)驗(yàn)

   （種瘤、Qrt-pcr、wb驗(yàn)證、免疫組化）

4、靶基因驗(yàn)證和回復(fù)實(shí)驗(yàn)

所有具體細(xì)節(jié)戳上方視頻。