# 怎么看懂一份基因檢測報告 #
導(dǎo)讀
從1977年第一代DNA測序技術(shù)(Sanger法）發(fā)展至今的四十多年時間里，測序技術(shù)已取得飛速發(fā)展。利用新一代測序技術(shù), 越來越多與疾病發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)的基因突變被鑒定出來。為了將基因突變的結(jié)果更好地轉(zhuǎn)化為實際臨床應(yīng)用，方便對檢測到的變異進行準(zhǔn)確且標(biāo)準(zhǔn)化的描述和共享，人類基因組變異協(xié)會（HGVS）于2000年提出了統(tǒng)一而通用的序列變異命名系統(tǒng)。如今，該序列變異命名系統(tǒng)已被廣泛采用，并已經(jīng)發(fā)展成為國際公認的標(biāo)準(zhǔn)。今天就由仁東醫(yī)學(xué)遺傳咨詢部就來和大家談?wù)劵蜃儺惷?guī)則。
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人類基因組變異協(xié)會（HGVS）的主要職責(zé)是發(fā)現(xiàn)和分類包括人群分布與表型相關(guān)聯(lián)的人類基因組變異，并根據(jù)方法學(xué)與信息學(xué)的發(fā)展對數(shù)據(jù)及相關(guān)的臨床變異進行更新。目前行業(yè)中普遍應(yīng)用HGVS規(guī)則對變異進行命名，統(tǒng)一的命名規(guī)則方便了各種各樣的交流和解讀。
變異描述示例
一般建議
所有變異都應(yīng)該在DNA水平上進行描述。此外，也可以在RNA和氨基酸水平上進行描述。
描述變異時應(yīng)該通過使用圓括號表示預(yù)測結(jié)果。例如(p.Leu858Arg)表示氨基酸的改變是預(yù)測的結(jié)果，而p.Leu858Arg就說明該氨基酸的改變是通過實驗確定的。
所有的變異描述都應(yīng)該使用公共的參考序列：編碼蛋白轉(zhuǎn)錄本(例：NM_004006.2)、非編碼蛋白轉(zhuǎn)錄本(例：NR_002196.1)和蛋白參考序列(例：NP_003997.1)。
基因名稱需要使用HGNC中的基因標(biāo)準(zhǔn)命名(https://www.genenames.org)。
所有變異的描述都應(yīng)使用最靠近3’的編號位置(3’ rule)。
用“變異”來描述基因發(fā)生的改變，其中會包括通常所說的“突變”和“基因多態(tài)性位點”。
由于HGVS的所有變異命名均從變異位點的位置和對編碼蛋白造成的影響兩個方面進行反映，所以，變異描述的順序為：參考序列、變異位置、變異類型。所有突變位點須基于一個參考序列進行描述，因此在進行變異描述之前需標(biāo)明參考序列信息。參考序列必須是NCBI或EBI數(shù)據(jù)庫中的ID，推薦的格式有位點參考基因組序列Locus Reference Genomic sequence (LRG, https://www.lrg-sequence.org)。當(dāng)沒有LRG可用時，則可使用RefSeq序列。
參考序列前綴
DNA參考序列核苷酸編號
在編碼DNA參考序列中，核苷酸編號從起始密碼子ATG中的A（c.1）開始，編號一直進行到翻譯終止密碼子（TGA, TAA, 或 TAG）的最后一個核苷酸。
起始密碼子ATG的5’端的核苷酸編號為c.-1, c.-2, 以此類推，終止密碼子3’端的核苷酸編號為c.*1, c.*2, 以此類推。
內(nèi)含子核苷酸的編號是根據(jù)最靠近側(cè)翼的外顯子核苷酸來編號，從5 '端進入內(nèi)含子，比如c.187 + 1, c.187+2，以此類推，從3 '端進入內(nèi)含子，比如c.188 - 1 ,c.188-2，以此類推。
當(dāng)內(nèi)含子的核苷酸數(shù)目不均一時，中間核苷酸（N）連接到上游外顯子進行描述，如c.187+N. 非編碼DNA參考序列的核苷酸編號從序列的起始核苷酸開始直到結(jié)束。
非編碼DNA參考序列內(nèi)含子核苷酸的編號同編碼DNA參考序列內(nèi)含子核苷酸的編號。
3’規(guī)則(3’ rule)
示例：
1. ATGCTTTGCA 改變?yōu)? ATGCTTGCA
正確的描述：c.7del; 錯誤的描述：c.5del; c.6del
2. ATGCTCTGCA 改變?yōu)? ATGCTGCA
正確的描述：c.6_7del; 錯誤的描述：c.4_5del;
3. ATGCTTGCA 改變?yōu)? ATGCTTTGCA
正確的描述：c.6dup; 錯誤的描述：c.5dup;
4. ATGCTCTGCA 改變?yōu)? ATGCTCTCTGCA
正確的描述：c.6_7dup; 錯誤的描述：c.4_5dup;
3’規(guī)則不適用在外顯子/外顯子連接周圍的缺失/重復(fù)。
舉例：
常用符號的使用
常見縮寫
變異描述的優(yōu)先級
為了更清晰度和方便地對序列變異的計算分析和描述，必須更嚴(yán)格地定義變異的基本類型。當(dāng)一個變異可描述為多種形式時，須按以下優(yōu)先級進行描述（優(yōu)先級從高至低）：
1. substitution 替換
2. deletion 缺失
3. inversion 倒位
4. duplication 重復(fù)
5. conversion 轉(zhuǎn)換
6. insertion 插入
DNA水平的變異描述規(guī)則
RNA水平的變異描述規(guī)則
蛋白質(zhì)水平的變異描述規(guī)則
以上從不同維度簡單向大家說明了基因變異命名規(guī)則。未來，伴隨二代測序技術(shù)應(yīng)用范圍的不斷擴大，將會有越來越多的藥物作用靶點將不斷被發(fā)現(xiàn)，統(tǒng)一而通用的基因突變命名規(guī)則也會對科技工作者分析、解讀報告信息提供便攜。與此同時，仁東醫(yī)學(xué)也期待著在測序技術(shù)應(yīng)用范圍不斷擴大的基礎(chǔ)上，能夠挖掘出更多的藥物作用靶點，為腫瘤的精準(zhǔn)治療提供更多的幫助。
參考資料
1.Den Dunnen J T, Dalgleish R, Maglott D, et al. HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants: 2016 Update[J]. Human Mutation, 2016, 37(6): 564-569.
2.HGVS網(wǎng)站：http://www.hgvs.org/
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