環(huán)狀RNA（circular RNA，circRNA）的研究近幾年一直在如火如荼的開展著，一直致力于為大家提供科研服務(wù)的小豪（伯豪生物）也早已推出了環(huán)狀RNA芯片“Shbio human circRNA array V1.0”，探針設(shè)計基于最新最全的國際主流circRNA數(shù)據(jù)庫信息，希望能加快大家對環(huán)狀RNA的相關(guān)研究！最近中山醫(yī)院的研究者通過小豪的環(huán)狀RNA芯片服務(wù)，發(fā)現(xiàn)了與放射性肝纖維化有關(guān)的circRNA，對放射性肝纖維化的發(fā)病機制有了進一步的認識。
研究背景
放射治療是肝癌治療的有效手段之一，然而放射性肝纖維化是肝癌放射治療的常見并發(fā)癥，制約肝癌放療效果。放射性肝纖維化的發(fā)病機制仍未明晰，有待進一步研究。環(huán)狀RNA是一類廣泛參與多種生物學(xué)進程的非編碼RNA，在人類多種疾病的發(fā)生和發(fā)展中發(fā)揮重要作用，但環(huán)狀RNA在肝星狀細胞（致生纖維的主要細胞類型）中的表達和調(diào)控模式并不清晰。本研究通過伯豪生物提供的circRNA芯片對正常和接受放療的肝星狀細胞中差異表達的circRNA進行分析，探討其在放射性肝纖維化發(fā)病過程中的作用。
研究結(jié)果
1.差異circRNA篩選
為探究放療對肝星狀細胞內(nèi)circRNA表達的影響，研究人員利用circRNA表達譜芯片（伯豪生物提供），對正常人肝星狀細胞株LX2細胞和接受8Gy X線照射的LX2細胞進行circRNA檢測，發(fā)現(xiàn)照射后LX2細胞中差異表達（變化2倍以上）的circRNA共809個，其中表達上調(diào)179個，表達下調(diào)630個。
2. qRT-PCR驗證circRNA的表達
研究人員隨機選取表達上調(diào)和下調(diào)的circRNA各3個進行qRT-PCR，結(jié)果顯示與正常LX2細胞相比，hsa_circ_0072765、hsa_circ_0071410和hsa_circ_0054345表達明顯上調(diào)，而hsa_circ_0070963、hsa_circ_0061893和hsa_circ_0013255表達明顯下調(diào)，與芯片結(jié)果一致。
3. 差異circRNA功能分析
那么，這些差異的circRNA主要參與哪些生物學(xué)功能和信號通路呢？GO富集分析顯示，這些表達上調(diào)的circRNA的親本基因主要涉及到細胞有絲分裂、細胞器組成和細胞周期過程，而表達下調(diào)的circRNA的親本基因主要涉及到細胞組分、細胞質(zhì)和蛋白結(jié)合等；pathway富集分析顯示，表達上調(diào)的circRNA的親本基因主要涉及到“泛素介導(dǎo)的蛋白酶解”、“細胞周期”和“RNA轉(zhuǎn)運”等，而表達下調(diào)的circRNA的親本基因主要涉及到“磷酸戊糖途徑”、“粘多糖降解”和“磷脂酰肌醇信號系統(tǒng)”等。
上調(diào)的circRNAs的親本基因Go及KEGG通路分析
下調(diào)的circRNAs的親本基因Go及KEGG通路分析
4.預(yù)測與circRNA互作的miRNA
既往報道circRNA可作為miRNA海綿發(fā)揮功能，為挖掘本研究中異常表達的circRNA的潛在生物學(xué)功能，研究人員運用TargetScan等預(yù)測網(wǎng)站對能夠與circRNA結(jié)合的miRNA進行預(yù)測，結(jié)果顯示共有704個circRNA與miRNA存在結(jié)合位點，并將上述已驗證的circRNA及其預(yù)測評分較高的5個miRNA的互作網(wǎng)絡(luò)采用cytoscape繪制構(gòu)圖。
5.沉默hsa_circ_0071410可緩解輻射誘導(dǎo)的肝星狀細胞活化
前期生物信息預(yù)測發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0071410與miR-9-5p存在3個結(jié)合位點且既往研究報道m(xù)iR-9-5p可抑制肝星狀細胞活化?；诖?，研究人員檢測發(fā)現(xiàn)miR-9-5p在接受照射的LX2細胞中低表達，而沉默hsa_circ_0071410的表達可升高miR-9-5p的表達，且緩解輻射誘導(dǎo)的LX2細胞活化，提示hsa_circ_0071410與miR-9-5p的互作可能參與放射性肝纖維化的發(fā)生發(fā)展。
研究結(jié)論
本研究應(yīng)用circRNA芯片篩查出在接受放療的肝星狀細胞中差異表達的circRNA，并通過生物信息學(xué)分析，挖掘出這些差異表達基因的潛在功能和與miRNA的互作網(wǎng)絡(luò)，為放射性肝纖維化的研究提供新的思路。
原文出處：
Chen Y, Yuan B, Wu Z, Dong Y, Zhang L, Zeng Z(2017).Microarray profiling of circular RNAs and the potential regulatory role of hsa_circ_0071410 in the activated human hepatic stellate cell induced by irradiation.Gene,2017,629:35-42.
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