作者:Dr. 饕餮
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近年來,非編碼RNA調(diào)控成為的生物學(xué)研究,特別是疾病研究的熱門領(lǐng)域。其中,環(huán)狀RNA(circRNA)是一類近年來剛被鑒定出有重要的生物學(xué)功能的非編碼RNA。環(huán)狀RNA是指頭尾相接成環(huán)狀的RNA分子,其產(chǎn)生的方式十分多樣。因?yàn)槿狈?‘和3’末端,circRNA相對(duì)于線性RNA更難以被降解,因此大量存在于細(xì)胞組織中。
尤其,近年來發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA在多種疾病中有特異的表達(dá)模式,并行使重要的生物學(xué)功能。其中,環(huán)狀RNA在疾病中的表達(dá)研究是研究環(huán)狀RNA功能的第一步,今天,就帶大家來看看疾病中環(huán)狀RNA研究的套路。
例子是一篇今年八月中國研究者發(fā)表在SCI REP上的文章:
從題目可以看出,是環(huán)狀RNA在胃癌(gastric cancer)中的表達(dá)譜分析,全文基本都是分析,只有qPCR一個(gè)實(shí)驗(yàn),讓我來帶大家仔細(xì)看看。(回復(fù)170910可下載,一周有效)
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首先,作者在5對(duì)成對(duì)的胃癌癌和癌旁組織中進(jìn)行了環(huán)狀RNA表達(dá)分析:
發(fā)現(xiàn)了一批高表達(dá)和低表達(dá)的環(huán)狀RNA,并對(duì)應(yīng)列出了產(chǎn)生環(huán)狀RNA的基因(母基因):
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得到了表達(dá)之后,下一步當(dāng)然是驗(yàn)證了,作者擴(kuò)大樣品量,在50對(duì)成對(duì)的臨床樣品中使用q-PCR驗(yàn)證了芯片結(jié)果,證實(shí)了芯片的可靠性:
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差異表達(dá)的環(huán)狀RNA可能的功能是什么。不像非編碼RNA有來自于基因間的,環(huán)狀RNA基本都來自于基因座位,先看看差異表達(dá)的環(huán)狀RNA的母基因的功能聚類,可能會(huì)有一些線索:
聚類結(jié)果顯示環(huán)狀RNA可能和生長(zhǎng)素結(jié)合,黏附分子結(jié)合等相關(guān)。暗示了它們的潛在功能。
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接著,環(huán)狀RNA的作用方式現(xiàn)在還不是十分明確,其中,報(bào)道比較多的是作為分子海綿吸附miRNA,因?yàn)樗荛L(zhǎng)期穩(wěn)定存在,所以這種吸附作用被認(rèn)為更加穩(wěn)定。于是,作者分析了差異表達(dá)環(huán)狀RNA上的miRNA作用位點(diǎn):
進(jìn)一步的,作者就三個(gè)差異最大的circRNA繪制了預(yù)測(cè)靶向miRNA的網(wǎng)絡(luò)圖,可以看到有很多交叉的miRNA,暗示靶向網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性:
就這樣,一篇環(huán)狀RNA在疾病中的表達(dá)研究就完成了,是不是很容易呢?所以,只要選擇合適的疾病,加上有套路的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),臨床樣品中環(huán)狀RNA也是非常容易出文章的研究領(lǐng)域。
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近十年來,RNA相關(guān)疾病表達(dá)譜的研究經(jīng)歷了mRNA,miRNA到現(xiàn)在很多的lncRNA和circRNA階段,相比于lncRNA來說,環(huán)狀RNA研究開始的更加晚。很多疾病中的環(huán)狀RNA表達(dá)情況都沒有被報(bào)道,因?yàn)楦富蛳嚓P(guān),環(huán)狀RNA從一定程度上可以預(yù)測(cè)功能,或者像文章作者那樣基于miRNA預(yù)測(cè)也十分實(shí)用。
總之,疾病的環(huán)狀RNA還是一片科研的處女地,而國內(nèi)也有很多提供此服務(wù)的公司,推薦有臨床樣品的各位可以嘗試。
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