花椒為淺根性樹種，主根不明顯，側(cè)根較發(fā)達(dá)，大樹水平擴(kuò)展可延伸到樹冠徑的2倍多。盛期以前根系多集中分布在樹冠投影以內(nèi)，進(jìn)入盛果期后根系多分布在樹冠投影以外?；ń返闹鞲煞N子的胚發(fā)育而成，一般只有20-40厘米長，在主根上著生側(cè)根，側(cè)根再不斷分級(jí)，形成側(cè)根縱橫交織的龐大根系網(wǎng)絡(luò)。隨樹齡增加，側(cè)根不斷加粗向四周伸展，構(gòu)成了花椒根系的主要骨架。
花椒的須根十分發(fā)達(dá)，這是該樹種的一個(gè)突出特征。須根是由骨干根發(fā)出的細(xì)根上再多次分生而成的，一般在0.5-1毫米，由于多次分叉，垂直與水平分布交錯(cuò)，形成了密集的網(wǎng)絡(luò)狀。吸收根較細(xì)且短，趨肥趨水性強(qiáng)，是吸收無機(jī)養(yǎng)分的主體。
花椒根系分布規(guī)律是：垂直根不發(fā)達(dá)分布淺，水平發(fā)達(dá)延伸遠(yuǎn)。根系入土深度受土層厚度、土壤理化性狀影響較大。在土壤疏松、通氣良好、水分充足時(shí)，垂直根則可以分布較深，最深的可達(dá)1.5米，但一般僅分布到40-60厘米的土層中，須根則分布在10-40厘米的土層內(nèi)，可占到總量的60%以上。
花椒根系沒有明顯的自然休眠，但受溫度限制，生長表現(xiàn)為一定的周期性。春季當(dāng)?shù)販剡_(dá)到5℃以上時(shí)，根系開始生長；落葉后，當(dāng)?shù)販亟档?℃以下時(shí)，根系呈休眠狀態(tài)。據(jù)朱健等研究，在韓城一年中根系生長有三個(gè)高峰期，第一次在發(fā)芽前約20天至發(fā)芽開花前（3月5日至4月5日）；第二次在6月中旬到7月中旬，高峰期在7月上旬；第三次在9月上旬至10月上旬。
芽是花椒發(fā)枝生葉形成營養(yǎng)器官和開花結(jié)果的基礎(chǔ)?；ń返难繉僭偕秆浚瑸榛旌闲脱?，無花芽與葉芽明顯之分。在幼樹期，生長旺盛的一年生枝上，多為葉芽；進(jìn)入結(jié)果期后，在一個(gè)發(fā)育完全的一年生枝上，根據(jù)其形態(tài)和最后長出的結(jié)果，可分為混合芽、營養(yǎng)芽和潛伏芽。
1、混合芽（又稱花芽）：芽內(nèi)包含花器和雛梢的原始體。無論是頂芽、假芽或枝條上部的側(cè)芽，只要發(fā)育飽滿，體積大，一般都能開花。著生在枝條頂端的花芽叫頂芽，形成的花芽充實(shí)，花量大，果序也大；著生在葉腋間的花芽叫腋花芽，果序次之；著生在老枝、弱枝、果苔副梢上的花芽不充實(shí)，開花少，坐果差。
開花過程是春季萌芽后，先抽生一段新梢，在新梢頂端抽生花序，并開花結(jié)果?；旌涎康难矿w為圓形，被一對(duì)鱗片包裹，發(fā)育充實(shí)的混合芽，芽莖寬1.5-2毫米。一般生長健壯的果枝上部2-4芽都為混合芽?；ń愤B續(xù)結(jié)果能力很強(qiáng)，栽培上應(yīng)充分利用這一特點(diǎn)。
2、葉芽：芽內(nèi)只包含枝葉的原始體，萌發(fā)后抽生營養(yǎng)枝。葉芽的著生部位在當(dāng)年抽生的壯發(fā)育枝、徒長枝、萌枝上，除基部潛伏芽外多為葉芽。葉芽隨枝齡變化多轉(zhuǎn)為混合芽。潛伏芽壽命可長達(dá)10年之久。利用葉芽質(zhì)量的好壞，著生部位，方位，可進(jìn)行整形工作，利用潛伏芽可進(jìn)行衰老枝組更新和骨架枝的更新。
3、芽的生長：除潛伏芽外，其他芽分化期一般從5月下旬6月上旬開始，一直可分化到翌年發(fā)芽前。3月下旬至4月上旬，當(dāng)氣溫達(dá)到10-20℃時(shí)芽子開始萌發(fā)。從第一個(gè)芽萌發(fā)到全部萌發(fā)出葉，約需15天左右。此期易受低溫、晚霜為害。
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