達(dá)爾文在1859年發(fā)表的“物種起源”一書中表達(dá)了生物進(jìn)化論的主要理論“用進(jìn)廢退、物競(jìng)天擇、適者生存”，是對(duì)生命起源和發(fā)展的一種假說。這一理論是對(duì)當(dāng)時(shí)流行的神學(xué)論主張的“人是上帝創(chuàng)造的”的批判。有趣的是，在1828年～1831年達(dá)爾文在英國(guó)劍橋大學(xué)攻讀神學(xué)，正是他的神學(xué)老師推薦他參加一次航海旅行，他在船上種植植物，發(fā)現(xiàn)了植物的趨光性，也就是向著陽光生長(zhǎng)的奧秘，這使他對(duì)自然環(huán)境對(duì)生物的影響產(chǎn)生了濃厚的興趣。
生物進(jìn)化論中一個(gè)重要的內(nèi)容是進(jìn)化，也就是現(xiàn)有的物種是從別的物種進(jìn)化來的，一個(gè)物種可以變成新的物種，也就是比如靈長(zhǎng)類，人、猩猩、猴子都有一個(gè)共同的祖先，我們都是從某一個(gè)共同的物種進(jìn)化來的。而這個(gè)共同的祖先已經(jīng)不存在，因?yàn)樗麄円呀?jīng)進(jìn)化成了人等其他物種。生物進(jìn)化論的另一個(gè)內(nèi)容是進(jìn)化的動(dòng)力是自然選擇，是自然迫使物種不斷進(jìn)化。
這個(gè)理論其實(shí)非?；\統(tǒng)和寬泛，如果非要說漏洞，一個(gè)漏洞是達(dá)爾文當(dāng)時(shí)沒有把物種之間的相互影響，也就是物種的共生和寄生考慮進(jìn)去，達(dá)爾文的進(jìn)化論更多的是側(cè)重自然力迫使物種向某一方向進(jìn)化，也就是進(jìn)化是有方向性的，是自然環(huán)境確定了進(jìn)化的方向。但有這樣一種可能，那就是進(jìn)化是偶然或者突發(fā)事件導(dǎo)致的，是兩個(gè)或多個(gè)物種碰撞融合產(chǎn)生了新物種，不一定是有方向的，是突然發(fā)生的。
有科學(xué)證據(jù)表明某些物種進(jìn)化的源動(dòng)力來自于兩種以上物種的共生，比如人和病毒。達(dá)爾文想不到這一點(diǎn)很正常，因?yàn)樵谶_(dá)爾文時(shí)代人們還不知道有病毒這么個(gè)物種，也不知道人類的胎盤形成是因?yàn)槿祟愖嫦雀腥玖艘粋€(gè)逆轉(zhuǎn)錄病毒造成的。我在以往的回答“病毒有沒有可能與生物構(gòu)成共生關(guān)系？”中有闡述，我們?nèi)祟惢蛑械?%都是病毒片段，如果在歷史上的某一個(gè)時(shí)間，我們的祖先沒有感染病毒，病毒沒有整合到人類的卵細(xì)胞中并一代一代遺傳下來，也就不會(huì)有人類的存在了。
研究發(fā)現(xiàn)這些病毒片段在黑猩猩和猴子身上也存在，但人類的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒和大猩猩的更加接近，所以可能是不同的病毒感染了我們的祖先，整合到基因組的不同位置導(dǎo)致了進(jìn)化的不同方向。所以進(jìn)化不一定是有特定方向的，也不一定是一個(gè)物種定向的進(jìn)化成某一新物種，而可能是一些突發(fā)事件，以及兩種以上物種的共生和融合產(chǎn)生了新的物種。
圖片展示了各種不同的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒（ERV）是如何通過感染可能導(dǎo)致了靈長(zhǎng)類的進(jìn)化。
(https://www.helmholtz-muenchen.de/viro/research/retroviral-persistence-in-humans/human-endogenous-retroviruses/research-topics/index.html)
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