本帖最后由 ydchen 于 2016-10-5 12:36 編輯 2015-PNAS-WGS-and-WES-NGS
文章題目是：Whole-genome sequencing is more powerful than whole-exome sequencing for detecting exome variants
優(yōu)勢有以下幾點：
一，WGS覆蓋更多的基因，目前全外顯子測序覆蓋的基因為21000個左右（如安捷倫），而WGS則覆蓋目前已知的人類所有基因約25000個左右；
二，WGS對具體每個基因的覆蓋度更好，由于基因序列的特殊結構（如高GC含量或串聯重復區(qū)）外顯子測序在該區(qū)域探針設計存在困難，而WGS不存在這樣的問題；
三，WGS可以檢測內含子區(qū)，雖說人類疾病有90%在外顯子區(qū)，那也有10%是在內含子區(qū)，主要的致病基因可能是影響了轉錄本的剪切；
四，WGS包括線粒體基因組，測序深度有2000-8000X,而外顯子測序捕獲區(qū)域不包括線粒體基因組，即使在IGV查看外顯子bam文件，也會發(fā)現在線粒體中也會有一些少量的reads，但這些都不是特異的，不可信，需要聯合一代測序檢測線粒體基因組；
五，WGS可以檢測大片段的插入缺少（CNV）而且結果非常準確，而外顯子測序基本不可以檢測CNV，即使通過軟件（如CODEX,XHMM）計算CNV也存在假陽性及假陰性太高的問題；而目前科研及臨床都是用基因芯片來檢測CNV，但是WGS檢測CNV的分辨率在堿基水平，而密度最高芯片分辨率也在10K以上，即使一些特殊設計在外顯子上的芯片，由于芯片本身探針效應等問題也很難達到宣稱的外顯子分辨率；
六，WGS還可以檢測平衡移位，如倒位與易位；
正因為以上幾點優(yōu)勢，WGS在臨床致病基因檢出率更高，如嚴重智力障礙WGS檢出率為60%左右，而全外顯子為30%左右，自閉癥WGS檢出率為43%左右，全外顯子為15-20%左右；
簡單來說WGS檢測變異的能力大于全外+芯片+線粒體測序，比較可惜的是目前市場還沒有一款這樣基于WGS的遺傳病基因檢測產品，那些號稱全外顯子為終極基因檢測的宣稱語大行其道。
隨著高通量測序在疾病研究領域中的深入應用，僅僅關注蛋白編碼區(qū)（外顯子組測序）已無法滿足科研需求。越來越多的研究證實，CNV及SV位點與多種疾病相關，通過全基因組重測序（Whole Genome Sequencing，WGS）解析癌癥遺傳機制已成為必然趨勢。
WES：外顯子組測序；
WGS：全基因組重測序；
Targeted-seq：目標區(qū)域測序；
Microarray：基因芯片；
有以下應用領域:
1） 癌癥的分子分型
2） Driver mutation預測
3） 易感基因篩查
4） 轉移／復發(fā)遺傳機制解析
5） 耐藥機制研究
6） 腫瘤的進化研究
本站僅提供存儲服務，所有內容均由用戶發(fā)布，如發(fā)現有害或侵權內容，請
點擊舉報。
