近日，F(xiàn)rontiers in Genetics（IF=4.151）發(fā)表了中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院?jiǎn)胃锝淌?，陳亮博士和中?guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)附屬第一醫(yī)院（原安徽省立醫(yī)院）許戈良主任為共同通訊作者的文章，報(bào)道了肝細(xì)胞癌臨床標(biāo)本中各種RNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(Sheng, Wang et al. 2019)。單革教授是第五屆circRNA研究論壇的特邀嘉賓，歡迎各位屆時(shí)參加論壇。點(diǎn)擊閱讀原文，即可報(bào)名。
本文主要基于高通量測(cè)序技術(shù)，分析miRNA，circRNA，lncRNA和mRNA的表達(dá)水平，然后進(jìn)行共表達(dá)分析，找出HCC特異性的RNA表達(dá)變化狀態(tài)，基于這些特定RNA分子做通路分析和臨床標(biāo)本驗(yàn)證。
收集新鮮的HCC標(biāo)本和癌旁組織對(duì)照的總RNA，小分子RNA建庫(kù)測(cè)miRNA，去除核糖體RNA后建庫(kù)做測(cè)序分析mRNA，lncRNA和circRNA，然后比較四對(duì)HCC與癌旁組織中相關(guān)分子的變化。
圖1 HCC標(biāo)本分析流程 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
Bowtie分析miRNA，TopHat2和Cufflinks分析mRNA和lncRNA，find_circ分析circRNA，獲得差異表達(dá)的各種RNA分子信息。
圖2 各種RNA分子的差異表達(dá)火山圖 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
分別挑選差異最明顯的mRNA（7種），lncRNA（8種），miRNA（4種），circRNA（4種）設(shè)計(jì)引物，在21對(duì)HCC和癌旁組織中做QPCR驗(yàn)證。4種circRNA還進(jìn)行了一代測(cè)序的序列驗(yàn)證。
圖3 差異分子驗(yàn)證 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
除了本文研究中分析到的分子，作者還匯總了其他文獻(xiàn)中報(bào)道的分子，并在本文所用的21對(duì)HCC與癌旁組織中進(jìn)行了QPCR驗(yàn)證。在所挑選的8種分子（PLOD3, SF3B4, ADH4, COLEC10, HULC, SNHG7, miR-421, miR-761）中，僅有兩種分子有比較一致的變化狀態(tài)（ADH4 和COLEC10）。
圖4 文獻(xiàn)已報(bào)道分子驗(yàn)證 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
作者基于這些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了lncRNA-mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。
圖5 lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
circRNA通常通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miRNA發(fā)揮作用，作者也進(jìn)行了ceRNA的網(wǎng)絡(luò)分析，構(gòu)建了HCC中circRNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)，并針對(duì)下游基因做了通路分析。
圖6 ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
最后，作者通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)分析工具UALCAN分析了9種mRNA在HCC病人中的生存曲線狀態(tài)，其中7種基因的生存曲線表現(xiàn)出典型的相關(guān)性。
圖7 相關(guān)基因生存曲線分析 （(Sheng, Wang et al. 2019)）
參考文獻(xiàn)列表
Sheng, Z., X. Wang, G. Xu, G. Shan and L. Chen (2019). 'Analyses of a Panel of Transcripts Identified From a Small Sample Size and Construction of RNA Networks in Hepatocellular Carcinoma.' Front Genet 10: 431.
聯(lián)系客服
