癌癥體細(xì)胞突變檢測(cè)對(duì)于癌癥診斷、精確定位靶向治療、預(yù)測(cè)生存期和識(shí)別耐藥突變等至關(guān)重要。目前很多相關(guān)檢測(cè)產(chǎn)品，不過許多研究報(bào)道變異檢測(cè)性能存在一些問題，這阻礙臨床精準(zhǔn)應(yīng)用及其進(jìn)一步發(fā)展。所以，對(duì)ground-truth變異已知的參考樣本的需求越來(lái)越強(qiáng)烈。
2019年5月bioRxiv上發(fā)布了一篇文章“Establishing reference samples for detection of somatic mutations and germline variants with NGS technologies”，DOI: 10.1101/625624，建立了在整個(gè)基因組范圍內(nèi)具有明確基因改變特征的癌癥參考樣本。針對(duì)來(lái)自ATCC的一例人三陰乳腺癌細(xì)胞系（HCC1395）及其配對(duì)的正常細(xì)胞系（HCC1395BL），利用多個(gè)全基因組測(cè)序平臺(tái)、多個(gè)測(cè)序重復(fù)和正交變異檢測(cè)生物信息學(xué)管線，最大限度地減少測(cè)序技術(shù)、檢測(cè)方法和信息學(xué)分析的偏差，最終得到SNV和InDel變異“真值集”。真值集包括193 個(gè)COSMIC 突變、9016個(gè)ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)的胚系變異、BRCA1無(wú)義胚系突變、BRCA2無(wú)義體細(xì)胞突變以及 TP53和 FGFR1熱點(diǎn)錯(cuò)義突變。且三個(gè)正交實(shí)驗(yàn)的獨(dú)立驗(yàn)證證明了真值集的準(zhǔn)確可靠性。HCC1395BL 中的真集胚系變異可用于基準(zhǔn)胚系變異檢測(cè)，HCC1395中的真集體細(xì)胞突變可用于VAF≥5% 的基準(zhǔn)癌突變檢測(cè)。
總之，這對(duì)參考樣本及其變異真值集對(duì)檢測(cè)產(chǎn)品的開發(fā)、資質(zhì)評(píng)定、性能驗(yàn)證和檢測(cè)等起到一定的利好作用。
體細(xì)胞SNV和InDel變異檢測(cè)及其分類
對(duì)變異的驗(yàn)證和確認(rèn)
Independent AmpliSeq confirmation of Call Set
Orthogonal Confirmation of Call Set with WES on Ion Torrent
Independent Confirmation of Call Set with WES on HiSeq
Validation with tumor content titration series
配對(duì)正常樣本中胚系SNVs/Indels 的確定
變異功能
HCC1395中檢測(cè)到BRCA1（chr17：43057078，c.5251C> a，p.Arg1751*，ClinVar#55480，OMIMEntry#604370）和TP53 COSMIC99023，chr17：7675088 c > T，c.128G> a ，p.Arg43His，VAF > 99%）等變異，關(guān)鍵腫瘤抑制基因的變異可能導(dǎo)致了腫瘤的發(fā)生。
定義基因組可進(jìn)行變異檢測(cè)的區(qū)域
人類基因組中有一部分區(qū)域不能被當(dāng)前的測(cè)序技術(shù)所覆蓋。相對(duì)于之前的相關(guān)研究工作，這里研究的基因組范圍更廣泛，最終確定非callable區(qū)域占大約 8% 的基因組，consensus callable區(qū)域總計(jì) 27.3 億個(gè)堿基。這里定義的callable區(qū)域與 GiaBNA12878 基因組更嚴(yán)格定義的高可信度HC區(qū)域交集約88%，占98% 的 GiaB 的 HC 區(qū)域。見圖4。
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