歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目，本期從pubmed中檢索收集最新發(fā)布的circRNA文獻(xiàn)21篇，下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進(jìn)展。
1、ILC2s產(chǎn)生的IL-13通過circPan3促進(jìn)腸道干細(xì)胞自我更新
文獻(xiàn)標(biāo)題：IL-13 secreted by ILC2s promotes the self-renewal of intestinal stem cells through circular RNA circPan3
期刊：Nature Immunology
影響因子：21.8
通訊作者單位：中科院生物物理所
腸干細(xì)胞（ISCs）通過干細(xì)胞信號傳導(dǎo)維持，以在體內(nèi)平衡下精確調(diào)節(jié)自我更新和分化。然而，腸道免疫細(xì)胞調(diào)節(jié)ISCs自我更新的方式還不清楚。該研究發(fā)現(xiàn)小鼠和人Lgr5陽性腸干細(xì)胞存在的免疫細(xì)胞相關(guān)的環(huán)狀RNA circPan3（源自Pan3基因轉(zhuǎn)錄物）高表達(dá)。Lgr5陽性腸干細(xì)胞中circPan3敲低可削弱干細(xì)胞的自我更新能力和以依賴于免疫細(xì)胞的方式再生腸上皮細(xì)胞形成類器官能力也下降。進(jìn)一步機制研究表明，circPan3在腸干細(xì)胞中結(jié)合IL-13Rα1（編碼細(xì)胞因子IL-13受體的α1亞基）的mRNA以增加其穩(wěn)定性，維持IL-13Rα1在腸干細(xì)胞中的表達(dá)。2型固有淋巴樣細(xì)胞（ILC2）分泌IL-13維持腸干細(xì)胞自我更新中非常重要，IL-13與IL-13Rα1結(jié)合可促進(jìn)IL-13-IL-13R通路活化，cicrPan3升高激活的IL-13-IL-13R信號傳導(dǎo)，其反過來通過STAT6磷酸化激活，啟動下游轉(zhuǎn)錄因子Foxp1的表達(dá)，F(xiàn)oxp1可使β-catenin核轉(zhuǎn)位，激活Wnt/β-catenin通路，維持腸干細(xì)胞自我更新。
圖注：circPan3促進(jìn)腸道干細(xì)胞自我更新的分子機制示意圖
2、ncx1基因的環(huán)狀轉(zhuǎn)錄物通過靶向miR-133a-3p介導(dǎo)缺血性心肌損傷。
文獻(xiàn)標(biāo)題：A circular transcript of ncx1 gene mediates ischemic myocardial injury by targeting miR-133a-3p.
期刊：Theranostics
影響因子：8.537
通訊作者單位：青島大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究所
環(huán)狀RNA（circRNA）是一類新發(fā)現(xiàn)的RNA，構(gòu)成哺乳動物轉(zhuǎn)錄組的重要部分，并在心血管系統(tǒng)中大量表達(dá)。然而，這些circRNA在缺血性心臟病中的調(diào)節(jié)功能仍然很大程度上未知。在這里，我們研究了由鈉/鈣交換蛋白1（ncx1）基因轉(zhuǎn)錄的circRNA在缺血性心肌損傷過程中在氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的心肌細(xì)胞凋亡中的作用，命名為circNCX1。circNCX1表達(dá)水平響應(yīng)活性氧（ROS）刺激而增加，并通過充當(dāng)內(nèi)源性miR-133a-3p海綿促進(jìn)心肌細(xì)胞凋亡。由于circNCX1與miR-133a-3p的競爭性結(jié)合，miR-133a-3p對促凋亡基因細(xì)胞死亡誘導(dǎo)蛋白（CDIP1）的抑制活性降低。敲除小鼠心肌細(xì)胞和心臟組織中的circNCX1降低了CDIP1的水平并減弱了細(xì)胞凋亡和I/R（心肌缺血再灌注）損傷。我們的研究結(jié)果揭示了circRNA在調(diào)節(jié)心肌細(xì)胞凋亡中的新作用以及circNCX1/miR-133a-3p/CDIP1軸作為治療心血管疾病的治療靶標(biāo)的效力。
圖注：驗證circNCX1與miR-133a-3p互作。A,E圖:AGO2免疫共沉淀實驗（AGO2-IP ）表明circNCX1和miR-133a-3p與AGO2結(jié)合；B:生信預(yù)測發(fā)現(xiàn)circNCX1含有8個miR-133a-3p結(jié)合位點；C，D圖:生物素標(biāo)記的miR-133a-3p探針或circNCX1探針可通過鏈霉素親和捕獲下對方，表明兩者互作；F:FISH實驗表明circNCX1與miR-133a-3p共定位；G,H圖：過表達(dá)或shRNA敲低circNCX1后qPCR檢測miR-133a-3p的表達(dá)水平未發(fā)生顯著變化；I圖：100μΜ H2O2處理H9c2細(xì)胞后，qPCR檢測miR-133a-3p的表達(dá)情況；J圖：小鼠缺血性心臟組織中miR-133a-3p表達(dá)情況檢測。這些結(jié)果顯示circNCX1充當(dāng)miR-133a-3p的海綿而不調(diào)節(jié)miR-133a-3p的表達(dá)水平。
圖注：miR-133a-3p通過靶向CDIP1抑制心肌細(xì)胞凋亡。A：targetscan預(yù)測到cdip1基因3’UTR存在保守性miR-133a-3p結(jié)合位點；B,C圖：100 μM H2O2處理H9c2 細(xì)胞和缺血性心臟組織，CDIP1蛋白水平逐步增加；D圖：100 μM H2O2處理H9c2 細(xì)胞同時過表達(dá)miR-133a-3p，CDIP1的表達(dá)水平相應(yīng)下調(diào)；E圖：熒光素酶報告基因?qū)嶒炞C明miR-133a-3p可直接靶向調(diào)控CDIP1；F圖：siRNA敲低CDIP1可降低100 μM H2O2誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的能力，如果同時抑制miR-133a-3p則可恢復(fù)H2O2誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的能力，表明miR-133a-3p通過靶向CDIP1抑制心肌細(xì)胞凋亡。
3、circAGFG1充當(dāng)miR-195-5p的海綿，通過調(diào)節(jié)CCNE1表達(dá)促進(jìn)三陰性乳腺癌進(jìn)展。
文獻(xiàn)標(biāo)題：The circRNA circAGFG1 acts as a sponge of miR-195-5p to promote triple-negative breast cancer progression through regulating CCNE1 expression.
期刊：Mol Cancer
影響因子：7.776
通訊作者單位：重慶醫(yī)科大學(xué)
該研究由重慶醫(yī)科大學(xué)陳俊霞教授團隊完成，研究者首先通過RNA測序分析4對TNBC（三陰性乳腺癌）組織和相鄰瘤旁組織中circRNA的表達(dá)譜，篩選到circAGFG1分子并使用定量實時PCR和原位雜交來確定兩個TNBC組中circAGFG1的水平和預(yù)后值。結(jié)果表明TNBC中circAGFG1明顯上調(diào)，其水平與TNBC患者的臨床分期，病理分級和預(yù)后不良有關(guān)。circAGFG1可以促進(jìn)TNBC細(xì)胞增殖，遷移和侵襲以及體內(nèi)腫瘤的發(fā)生和轉(zhuǎn)移。機制分析顯示，circAGFG1可作為miR-195-5p的ceRNA（競爭性內(nèi)源RNA），以減輕miR-195-5p對其靶基因細(xì)胞周期蛋白E1（CCNE1）的抑制作用，circAGFG1通過circAGFG1 / miR-195-5p / CCNE1軸促進(jìn)TNBC進(jìn)展，可作為治療TNBC患者的新診斷標(biāo)志物或靶點。
圖注：A圖：火山圖展示RNA-seq測序分析TNBC組織中circRNA差異表達(dá)情況，紅色點代表上調(diào)的circRNA，綠色點（下調(diào)的circRNA），藍(lán)色點（沒有差異）；B,C圖：熱圖展示差異顯著前10的circRNA和mRNA表達(dá)情況；D,E圖：KEGG信號通路和GSEA富集分析結(jié)果表明差異circRNA及mRNA主要與細(xì)胞周期信號通路相關(guān)。
圖注：circAGFG1促進(jìn)TNBC細(xì)胞增殖。a圖：circAGFG1過表達(dá)和干擾載體構(gòu)建（circRNA pLCDH-ciR載體由吉賽生物提供）；b和c圖：qRT-PCR檢測TNBC細(xì)胞轉(zhuǎn)染circAGFG1過表達(dá)和干擾載體后，circAGFG1的表達(dá)水平；d圖：CCK8實驗表明過表達(dá)circAGFG1可促進(jìn)TNBC細(xì)胞增殖，反之shRNA敲低circAGFG1可抑制細(xì)胞增殖；e和f圖：EdU實驗結(jié)論與CCK8相一致。
圖注：a圖：生信預(yù)測circAGFG1和miR-195-5p結(jié)合位點；b和c圖：FISH實驗檢測circAGFG1和miR-195-5p在細(xì)胞和組織中有共定位；d圖：miR-195-5p在TNBC癌組織中低表達(dá)；e和f圖：TCGA數(shù)據(jù)庫分析TNBC中miR-195-5p的表達(dá)水平在癌癥中也是低表達(dá)，低表達(dá)對應(yīng)低生存時間。
圖注：e和h圖：熒光素酶報告基因表明circAGFG1和miR-195-5p有直接結(jié)合關(guān)系；i和j圖：AGO2-RIP實驗；k圖：RNA pulldown，實驗均表明circAGFG1和miR-195-5p直接結(jié)合；l圖：過表達(dá)或敲低circAGFG1后miR-195-5p的表達(dá)改變情況；m圖：20個TNBC組織中circAGFG1和miR-195-5p表達(dá)水平的pearson相關(guān)性計算表明兩者呈負(fù)相關(guān)。
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