“ 二代測(cè)序在神經(jīng)系統(tǒng)感染中的作用？”
一、經(jīng)典方法
經(jīng)典的病原學(xué)檢測(cè)方法主要包括細(xì)菌、真菌培養(yǎng)、
鏡檢和抗體檢查，
基于PCR的病原特異核酸檢測(cè)
缺點(diǎn)：診斷靈敏度仍較低，時(shí)效性差，病原體鑒定信息和耐藥信息不全面，且對(duì)于未知或少見、罕見的病原微生物，無法進(jìn)行識(shí)別。
但感染性疾病的病原種類繁多，傳統(tǒng)的免疫學(xué)檢測(cè)及病原微生物培養(yǎng)等手段，在鑒定感染性疾病的病原方面耗時(shí)、費(fèi)力，難以及時(shí)地為臨床提供可靠的診斷依據(jù)，使不少感染性疾病患者未能得到及時(shí)、有效的治療，導(dǎo)致其預(yù)后不良。
二、關(guān)于二代測(cè)序
二代測(cè)序技術(shù)（next generation sequencing，NGS）又稱為下一代測(cè)序技術(shù)和高通量測(cè)序，其可一次性對(duì)幾百萬(wàn)到十億條DNA分子進(jìn)行并行測(cè)序，是一組較一代測(cè)序通量更高、成本更低、用時(shí)更短且自動(dòng)化程度更高的測(cè)序技術(shù)。因其可對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行深入、細(xì)致、全貌的分析，所以又被稱為深度測(cè)序。
三、二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)
目前估計(jì)有30%-60%的腦炎病例即使經(jīng)過全面深入的檢查，仍然無法明確其病因。
使用NGS檢測(cè)可診斷病毒性（DNA病毒和RNA病毒）腦炎。
使用DNAse可以通過降低人源化核酸的背景，從而顯著提高病原微生物的檢出率（30-50倍）。
使用NGS檢測(cè)時(shí)，可以在完全沒有先驗(yàn)信息或者臨床傾向性的時(shí)候檢測(cè)到病原，因此可對(duì)于少見、罕見感染或者新發(fā)的感染性病原體進(jìn)行檢測(cè)。
基于宏基因組的NGS檢測(cè)，還可識(shí)別一些此前未知的可以引起人類疾病的病原體
NGS檢測(cè)可以診斷出一些罕見的、新發(fā)的或者不典型的病原微生物，如鉤端螺旋體、星狀病毒、古細(xì)菌、博爾納病毒等，從而深化人們對(duì)神經(jīng)感染性疾病的認(rèn)識(shí)
四、面臨的問題
1.靈敏度有限：
首先存在的問題是靈敏度，盡管NGS檢測(cè)在診斷少見、罕見病原體方面展現(xiàn)了優(yōu)于傳統(tǒng)方法的巨大實(shí)力，但對(duì)于常見的結(jié)核分枝桿菌、隱球菌等病原體，其靈敏度并不強(qiáng)于傳統(tǒng)方法
對(duì)部分抗酸染色或GeneXpert檢測(cè)結(jié)果陽(yáng)性確診的結(jié)核性腦膜炎患者，NGS仍然只能在其腦脊液內(nèi)檢測(cè)到少量或根本沒有檢測(cè)到結(jié)核分枝桿菌的片段。目前對(duì)臨床標(biāo)本直接進(jìn)行NGS檢測(cè)來診斷結(jié)核分枝桿菌感染難度很大，而作為替代，往往是將臨床標(biāo)本進(jìn)行結(jié)核培養(yǎng)后再進(jìn)行NGS檢測(cè)，以此提高臨床標(biāo)本檢測(cè)的陽(yáng)性率。
對(duì)于一些存在機(jī)體免疫反應(yīng)進(jìn)而引起損害的感染性（后）腦炎，如乙型腦炎，主要依靠血清學(xué)檢查檢測(cè)患者體內(nèi)的乙型腦炎病毒抗體來診斷，即使最靈敏的RT-PCR檢測(cè)也只能在10%患者腦脊液內(nèi)檢出其核酸片段，故對(duì)于這些患者，NGS檢測(cè)的診斷意義有限，抗體檢測(cè)可能是其更為有效的臨床診斷方法
對(duì)于部分顱內(nèi)膿腫或肉芽腫患者，由于其病灶局限于腦實(shí)質(zhì)，釋放到腦脊液中的病原體含量有限，因此對(duì)于這些疾病，只有對(duì)組織標(biāo)本進(jìn)行NGS檢測(cè)才可能測(cè)得病原體。
2.特異度較低：
特異度較差是制約NGS臨床應(yīng)用的另一個(gè)主要問題，在NGS報(bào)告中經(jīng)?？梢钥吹讲恢虏〔≡w、不相關(guān)病原體、不明確病原體。
在非神經(jīng)感染性疾病如阿爾茨海默病或肌萎縮側(cè)索硬化患者的腦脊液和腦實(shí)質(zhì)內(nèi)，可檢測(cè)到真菌、細(xì)菌或病毒的核酸片段和特異蛋白成分，提示病原微生物是神經(jīng)變性病潛在的觸發(fā)因素可能，但其臨床意義目前尚未完全明確，而其是否能成為最終的治療靶點(diǎn)還有待探索
五、處理策略
1. 建立責(zé)任病原列表：對(duì)已報(bào)道的可致人類中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的細(xì)菌、真菌、病毒等微生物建立列表，一旦在NGS檢測(cè)中出現(xiàn)該致病病原體的片段，即認(rèn)定為是致病病原體
2. 建立腦脊液常見微生物數(shù)據(jù)庫(kù)
3. 腦脊液微生物菌群的意義，探索神經(jīng)變性病和神經(jīng)感染的關(guān)系提供線索和依據(jù)。
診斷學(xué)理論與實(shí)踐 2018年7月第17卷第4期
作者：馮國(guó)棟 賀旻 汪昕（復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科）
首發(fā) | 第67病區(qū)
作者 | Ryan Lau/劉銳
編輯 | Ryan Lau/劉銳
插圖來源 | 網(wǎng)絡(luò)
題圖來源 | 網(wǎng)絡(luò)
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