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10位專家點(diǎn)評:FDA批準(zhǔn)首個全外顯子組臨床基因檢測產(chǎn)品
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基因慧

關(guān)鍵詞/FDA 外顯子組 TMB

基因慧獲悉,北京時(shí)間2019年11月12日,F(xiàn)DA宣布NantHealth的Omics Core檢測方法獲得510(k)許可。這是首個獲批的基于全外顯子組測序的臨床基因檢測產(chǎn)品,主要是針對腫瘤突變負(fù)荷(TMB)。基因慧邀請國內(nèi)知名臨床腫瘤和產(chǎn)業(yè)專家點(diǎn)評如下,歡迎留言討論。

10位點(diǎn)評的臨床腫瘤及產(chǎn)業(yè)專家

1)王杰軍

CSCO常委、原海軍軍醫(yī)大學(xué)附屬長征醫(yī)院腫瘤科主任

2)張緒超

CSCO常務(wù)理事研究員、廣東省肺癌研究所所長

3)孫立英

北京三泰云技術(shù)公司創(chuàng)始人、前FDA評審組長 

4)姜艷芳

國家衛(wèi)健委臨檢中心專家、吉林大學(xué)第一醫(yī)院基因診斷中心主任

5)蔡緒雨

四川大學(xué)華西醫(yī)院精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究中心研究員

6)李晶

海軍軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心副研究員

7)周珺

和瑞基因CEO

8)田埂

元碼基因創(chuàng)始人兼董事長


9)杜蓉

優(yōu)迅醫(yī)學(xué)VP

10)王凱

至本醫(yī)療創(chuàng)始人兼CEO

(注:排序不分先后)

NantHealth的Omics Core是基于紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥中心(MSK)的MSK-IMPACT的NGS方法來進(jìn)行FDA申報(bào)的。但此Omics Core產(chǎn)品與MSK-IMPACT 468基因組的不同之處在于,它是對整個人類外顯子組進(jìn)行測序,并提供有關(guān)腫瘤突變負(fù)荷的信息。這是FDA首次批準(zhǔn)基于全外顯子測序(WES)的腫瘤突變負(fù)荷檢測方法。

NantHealth的CMO Sandeep Reddy在一份聲明中表示:“現(xiàn)在臨床醫(yī)生可以通過腫瘤和正常組織對照測序,直接且準(zhǔn)確地測量患者腫瘤標(biāo)本中的突變,并得到經(jīng)過充分驗(yàn)證的結(jié)果,輔助更好的治療決策。而且外顯子組測序的廣泛度意味著可以鑒定出更多的突變和新的靶點(diǎn),從而來研發(fā)疫苗、新藥以及原來缺乏藥物的靶標(biāo)的治療方法?!?/section>



FDA批準(zhǔn)的Omics Core 產(chǎn)品

· 報(bào)告MSK-IMPACT(詳情)中468個與癌癥相關(guān)的基因;

· 但比MSK檢測相同的等位基因頻率降低了2%,提高了腫瘤治療決策的準(zhǔn)確性;

· 臨床醫(yī)生可通過腫瘤體細(xì)胞測序,直接準(zhǔn)確地檢測患者腫瘤標(biāo)本中的突變,并提供經(jīng)過充分驗(yàn)證的報(bào)告,輔助臨床診療決策;

· 整個外顯子組的廣度意味著可以鑒定出更多的基因靶標(biāo)和突變位點(diǎn),以支持疫苗開發(fā)、新藥開發(fā)以及針對以前缺乏藥物治療的靶標(biāo)進(jìn)行治療;

· 腫瘤突變負(fù)荷(TMB)的檢測,是基于整個外顯子組中體細(xì)胞非同義外顯子突變的總數(shù)以及突變率(mutation rate)。突變率的估算,是將基因編碼區(qū)域檢測到的所有體細(xì)胞突變、同義和非同義突變進(jìn)行加和,除以整個外顯子組的預(yù)估大小。

行業(yè)專家和企業(yè)代表解讀

FDA近年來的對NGS臨床應(yīng)用產(chǎn)品審批明顯加快,從大Panel、跨癌種到WES。如何解讀這一具有里程碑意義的臨床測序產(chǎn)品的獲批?

基因慧特邀國內(nèi)知名的臨床腫瘤及產(chǎn)業(yè)專家點(diǎn)評如下(感謝各位專家參與,以下僅代表嘉賓個人觀點(diǎn),排序不分先后)。

王杰軍

CSCO常委

原海軍軍醫(yī)大學(xué)附屬長征醫(yī)院腫瘤科主任
這是一件非常有意義的事。這說明經(jīng)過了臨床上數(shù)據(jù)驗(yàn)證后,TMB對腫瘤患者有益,同時(shí)提供了臨床WES檢測方法的示范,開了非常好的頭。我也非常希望在中國有更多這樣的產(chǎn)品,在臨床得到應(yīng)用,能夠讓中國病人得到更好治療。真正實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療,即正確的病人、正確的藥物和正確的時(shí)間,來幫助病人獲得更好的診療結(jié)果。

張緒超

CSCO常務(wù)理事

廣東省肺癌研究所所長、中心實(shí)驗(yàn)室主任


1)看到FDA批準(zhǔn)首個基于WES的臨床檢測產(chǎn)品,這是我們一直想做的,也非常愿意產(chǎn)業(yè)和我們這樣的大中心合作、推動臨床落地。

2)未來的臨床一定會用到WES檢測,它相比Panel可以檢測更廣泛的突變,包括腫瘤腫瘤抗原突變、耐藥性突變以及覆蓋更多的臨床靶點(diǎn)。

3)推動WES檢測等產(chǎn)品在中國臨床的落地,核心是建立中國人數(shù)據(jù)庫。雖然中西方人大部分基因差別不大,但是在低頻突變等方面仍需建立1000例以上、高質(zhì)量的中國人數(shù)據(jù)庫。在相關(guān)產(chǎn)品研發(fā)上,樣本數(shù)目要求至少100-200例。

4)在國內(nèi)政策上,作為NMPA審評專家,我非常建議產(chǎn)業(yè)能夠和監(jiān)管方充分溝通,明確要求而不是做完后再申報(bào),要保證高質(zhì)量的產(chǎn)品技術(shù)性能,同時(shí)確保對臨床患者有益。

孫立英

北京三泰云技術(shù)公司創(chuàng)始人

前FDA評審組長

前美國國家癌癥研究所(NCI)項(xiàng)目主任


1)Omics Core?與MSK-IMPAT基本相同,同時(shí)有獨(dú)特的特點(diǎn):

· 在同樣的468個腫瘤相關(guān)基因編碼外顯子測序,檢測單點(diǎn)突變、小插入和缺失,但MSK只在6357個外顯子測序,而Omics Core?擴(kuò)展到整個外顯子組測序(19,396個基因);

· 比MSK檢測相同的等位基因頻率降低了2%,提高了腫瘤治療決策的準(zhǔn)確性;

· 通過檢測體細(xì)胞同義和非同義突變數(shù)目,計(jì)算其在整個外顯子組的突變比例,報(bào)告為腫瘤突變負(fù)擔(dān)(TMB)。

2)該產(chǎn)品的臨床意義在于: 

· 腫瘤突變負(fù)擔(dān)(TMB)是腫瘤的關(guān)鍵生物標(biāo)志物,與低TMB相比,高TMB的免疫療法的預(yù)后更好;

· Omics Core?的TMB是計(jì)算19,396個蛋白編碼基因(整個外顯子組)中發(fā)生的絕對突變數(shù)占其所對應(yīng)的人類基因組中約3,900萬個堿基對(腫瘤和正常對照組織)中的比例。這種全面的診斷方法比從有限的基因組序列結(jié)果外推TMB有更高的準(zhǔn)確性;

· 大Panel測序擴(kuò)展到整個外顯子組,將可以鑒定出更多的新表位和新靶點(diǎn),有利于疫苗開發(fā),新藥開發(fā)以及研究針對有靶點(diǎn)但無相應(yīng)靶藥的腫瘤療法。

姜艷芳


國家衛(wèi)健委臨檢中心專家

吉林大學(xué)第一醫(yī)院基因診斷中心主任

 1)隨著腫瘤免疫治療的研究和應(yīng)用日漸深入,免疫指標(biāo)的檢測方法也備受關(guān)注,這在一定程度上承認(rèn)了免疫治療和TMB的研究和應(yīng)用的成果,也必將提升TMB等指標(biāo)以及全外顯子測序在免疫診療中的應(yīng)用價(jià)值。

2)WES為腫瘤的個體化診療提供了新的途徑,是對現(xiàn)有的小Panel和大Panel測序項(xiàng)目的有效補(bǔ)充。目前的大Panel檢測可以檢測幾百個基因和TMB的結(jié)果,可以通過和獲批檢測進(jìn)行比對,在檢測TMB的具體基因和數(shù)值的計(jì)算方式上進(jìn)行比較,以評估現(xiàn)有產(chǎn)品與獲批產(chǎn)品的一致性或差異性,為臨床選擇提供依據(jù)。

3)目前NMPA批準(zhǔn)的幾個二代測序產(chǎn)品都是以幾個基因的小Panel試劑,且競爭熱點(diǎn)仍以肺癌、結(jié)直腸癌、遺傳性腫瘤等試劑為主,多品牌的產(chǎn)品競爭壓力大。大Panel和全外顯子測序試劑尚未獲得NMPA批準(zhǔn)。此次FDA批準(zhǔn)全外顯子測序技術(shù),也將加速或影響對我國相關(guān)測序試劑的臨床審批等流程及進(jìn)度。相信在不久的將會有更多更好的全外顯子測序產(chǎn)品出現(xiàn),在臨床上為腫瘤的精準(zhǔn)診療提供支持。

蔡緒雨

四川大學(xué)華西醫(yī)院精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究中心研究員


1)隨著測序成本的持續(xù)下降和國產(chǎn)化設(shè)備的進(jìn)一步推廣,運(yùn)用全外顯子測序 (WES) 進(jìn)行腫瘤檢測將逐漸成為未來的大趨勢。當(dāng)前各種腫瘤Panel的不斷迭代,增加研發(fā)成本,也存在不兼容性和不可比性,給臨床醫(yī)師及病人造成困擾。而全外顯子測序相對標(biāo)準(zhǔn)化,可以在一定程度上解決上述問題,并且在TMB和CNV的計(jì)算上,比腫瘤大Panel更加穩(wěn)定。 

2)腫瘤WES檢測的普及將極大的助力免疫治療的科學(xué)研究及臨床轉(zhuǎn)化,為創(chuàng)新型的免疫治療方案提供多維度的基因組信息,包括但不限于全面的新抗原預(yù)測信息,HLA-typing,以及其他跟免疫治療相關(guān)的胚系多態(tài)性等等。 

3)目前國內(nèi)各大測序公司幾乎都提供腫瘤全外顯子檢測產(chǎn)品,但受限于成本和監(jiān)管的問題,普及度不高。FDA首次批準(zhǔn)以WES方案作為腫瘤基因檢測,希望對該方案在國內(nèi)的進(jìn)一步普及能起到積極的示范和推動作用。 

4)受限于測序成本和有限的測序深度,目前WES檢測只適用于腫瘤占比較高的組織標(biāo)本,在穿刺樣本和血液樣本上的應(yīng)用相對還不成熟,因此WES不能直接取代腫瘤大Panel的臨床應(yīng)用,而是在大Panel的基礎(chǔ)上進(jìn)一步拓展腫瘤基因檢測的臨床應(yīng)用。

李晶
海軍軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心副研究員

1)數(shù)據(jù)永遠(yuǎn)不嫌多 

FDA批準(zhǔn)了首款全外顯子基因檢測項(xiàng)目。從某種程度上是一個里程碑式的工作,醫(yī)生和患者終于都不必在糾結(jié)到底選擇多少基因的Panel,因?yàn)檫@個檢測項(xiàng)目包括了19,396個蛋白編碼基因,覆蓋39Mb的核苷酸序列。所以,你想要的全都有了。同時(shí)也可以認(rèn)為不是里程碑,因?yàn)閿?shù)據(jù)多不一定都有效: 我們知道,現(xiàn)在業(yè)內(nèi)公認(rèn)的藥靶基因應(yīng)該是按照MSK的468個基因來。那其余的基因如何解讀不知道。NantHealth 公司雖然檢測全外顯子,但提供的最終數(shù)據(jù)只有一個基于全外顯子的TMB(腫瘤突變負(fù)荷)+468個腫瘤體細(xì)胞突變。那其余的數(shù)據(jù)在誰那里?這里值得挖掘。 

2)數(shù)據(jù)屬于誰?誰來付錢? 

美國的檢測市場在醫(yī)療保險(xiǎn)的護(hù)航下走向正規(guī)及和諧。保險(xiǎn)公司是可以覆蓋基因檢測費(fèi)用的。那國內(nèi)難道沒有做全外顯子的實(shí)力嗎?有。只是這筆費(fèi)用誰來付?數(shù)據(jù)屬于誰?這個'剪不斷,理還亂'的問題,需要更深的思考和舉措。 

3)全外顯子檢測的瓶頸在于ctDNA 

相對全外顯子檢測方法的技術(shù)層面本身,我更看好的是ctDNA全外顯子檢測,期待有科學(xué)家和廠家真正實(shí)現(xiàn)它。 

4)臨檢和科研要分開 

好多公司會來問我,到底選擇多少個基因做Panel?這需要看不同目的。從科研需求,我想全面,探索未知是我的興趣。但是對于單純的臨檢需求的單位,準(zhǔn)確的解讀才是目標(biāo)。掌握規(guī)范的解讀是未來精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)醫(yī)生的第一步。

周珺

和瑞基因CEO


我個人覺得這次審批體現(xiàn)了FDA對于新技術(shù)、新方法的鼓勵和有效監(jiān)管。其中產(chǎn)品的一個適用方向是針對TMB,這也是傳統(tǒng)小Panel無法獲得的信息,F(xiàn)DA對于呼應(yīng)臨床的新需求反應(yīng)非常迅速。

國內(nèi)的監(jiān)管這些年也取得非常大的進(jìn)展。之前中檢院已經(jīng)發(fā)布了相關(guān)大Panel的檢測標(biāo)準(zhǔn)盤。我們相信中國版的基于大Panel的腫瘤基因檢測IVD產(chǎn)品也將很快有好消息。

田埂

元碼基因創(chuàng)始人兼董事長

1)本次 NantHealth 獲得FDA批復(fù)的全外顯子測序檢測(TMB),是第一個真正“組學(xué)” (19,396 個蛋白編碼基因,39M大?。用娅@得批準(zhǔn)的產(chǎn)品。所謂“組學(xué)”是相較之前特定基因和特定突變的單基因和多基因檢測盤(Panel)而言。

2)Panel檢測相對容易優(yōu)化技術(shù)、制作標(biāo)準(zhǔn)品、設(shè)計(jì)臨床實(shí)驗(yàn)和安排臨床入組從而相對容易獲批。而“組學(xué)”層面的產(chǎn)品,因?yàn)闊o法預(yù)計(jì)特定位置的突變,難以在現(xiàn)行的審批流程下審批,之前FDA從未批準(zhǔn)。此次FDA批復(fù)的主要用途也跟之前的Panel產(chǎn)品不同,主要是用來計(jì)算TMB。

3)TMB最早的報(bào)道就是使用全外顯子檢測來評估,但是由于全外顯子測序價(jià)格太高,后續(xù)廠家紛紛推出基于Panel的檢測產(chǎn)品來計(jì)算TMB,第一個獲批多基因大Panel的FoundationOne CDx也是利用324個基因來推算TMB,但是這種推算本身就存在代表性的問題,回歸全外顯子組學(xué)層面評估,或許是“最合理”的方式。未來也希望全外顯子測序在更多應(yīng)用方向的功能得到FDA認(rèn)可。

杜蓉

優(yōu)迅醫(yī)學(xué)VP


1)隨著測序成本的逐步下降,F(xiàn)DA批準(zhǔn)了Nanthealth公司基于全外顯子組測序技術(shù)測量腫瘤組織中TMB的IVD技術(shù),使得更全面的WES檢測逐漸進(jìn)入臨床應(yīng)用。

2)作為免疫治療的一項(xiàng)Biomarker,TMB的檢測應(yīng)該是應(yīng)用WGS最為準(zhǔn)確,但在臨床檢測中如果應(yīng)用高深度WGS則成本過高,目前臨床患者仍無法負(fù)擔(dān)。而太過小的Panel則無法準(zhǔn)確代表腫瘤全景突變情況,使得TMB的準(zhǔn)確性大打折扣。因此,對于檢測TMB而言,WES無疑是平衡成本和準(zhǔn)確性的最優(yōu)選擇。

3)有幾個問題仍需關(guān)注:


· WES檢測與五百個基因以上(包含這些基因全外顯子及部分重要內(nèi)含子區(qū)間)的大Panel相比,其TMB的一致性如何,相差是否很明顯?從之前多個大Panel發(fā)表數(shù)據(jù)(如FDA批準(zhǔn)的FMI的大Panel)來看,以及我們內(nèi)部做的檢測來看大Panel計(jì)算的TMB和WES之間可以取得高度一致。


· TMB只是腫瘤免疫治療其中一個Biomarker,而逐漸積累的臨床實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)也使得臨床開始質(zhì)疑其療效預(yù)測能力。所以腫瘤檢測產(chǎn)品要同時(shí)兼顧多項(xiàng)腫瘤藥物療效評估,預(yù)后評估及其他研究相關(guān)輔助功能。而越是晚期腫瘤,突變形式會變得更為復(fù)雜,會出現(xiàn)非常多的基因重排和融合。僅僅增加外顯子區(qū)的測序覆蓋區(qū)域是無法滿足這樣復(fù)雜的分析要求的。


· 雖然測序成本的下降是十分明顯的,但在現(xiàn)有中國國情下,如果要平衡保證已知有臨床意義位點(diǎn)的測序深度使得檢出更為可信和患者的經(jīng)濟(jì)承受能力,大Panel還是具有一定的臨床應(yīng)用優(yōu)勢。

王凱
至本醫(yī)療創(chuàng)始人兼CEO

1)NGS技術(shù)最大的優(yōu)勢體現(xiàn)在高精度的高通量測序,更適合于未知或潛在的臨床生物標(biāo)記物的檢測識別和探索,這和傳統(tǒng)的PCR等類技術(shù)針對個別位點(diǎn)或個別基因檢測已經(jīng)完全不同。

2)NGS技術(shù)下的產(chǎn)品的審批也和傳統(tǒng)的應(yīng)該不一樣。如果把NGS新技術(shù)產(chǎn)品固定格式化或只把NGS限于非常明確的生物標(biāo)志物檢測,會極大地抹殺了這一新技術(shù)的真正優(yōu)勢,也落后于日新月異的臨床信息發(fā)展和新靶向藥物上市的迫切需求。

3)基于NGS的特點(diǎn),未來的趨勢一定是更全面的檢測來為癌癥患者和醫(yī)生提供更豐富和準(zhǔn)確的信息。

參考資料: 

1) https://www.360dx.com/regulatory-news-fda-approvals/fda-clears-nanthealth-tumor-normal-whole-exome-test#.XctkRYgzZPY

2) https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cdrh/cfdocs/cfpmn/pmn.cfm?ID=K190661

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