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核酸檢測是怎么發(fā)現(xiàn)新冠病毒的?一文搞懂!
這段時間,我們常能聽到一個詞:核酸檢測。
現(xiàn)在已經(jīng)眾所周知,核酸檢測在新冠病毒感染的診斷中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。在醫(yī)院,核酸檢測是診斷新冠病毒感染的金標(biāo)準(zhǔn)。
而在醫(yī)院之外,核酸檢測還可以用來做大范圍的篩查,盡可能找出還在潛伏期的無癥狀感染者。尤其當(dāng)下復(fù)工在即,篩查可以大大降低辦公室傳染的風(fēng)險。
可你們知道核酸檢測是怎么發(fā)現(xiàn)病毒的嗎?這種黑科技是怎么讓看不見的病毒“顯形”的?
現(xiàn)在小編就來給大家說說核酸檢測的原理。全文簡單易懂,一起漲知識!
首先認(rèn)識一下,什么是核酸?
核酸是地球上所有已知的生命體必不可少的一種組成物質(zhì)。它主要分為兩種:脫氧核糖核酸、核糖核酸。
脫氧核糖核酸,其實就是我們常說的DNA,地球上幾乎所有生物的遺傳物質(zhì)。而許多冠狀病毒的遺傳物質(zhì),則是RNA,也就是核糖核酸。
所以病毒核酸檢測,其實就是對病毒的遺傳物質(zhì)RNA進(jìn)行檢測。
而針對病毒RNA進(jìn)行檢測的技術(shù),還可以分兩種:一種是實時熒光RT-PCR,一種是病原宏基因組測序(mNGS)
*圖為冠狀病毒。它的外層是包膜和蛋白質(zhì),里面是它的遺傳物質(zhì)RNA。
它們都是用于診斷新冠病毒感染的方法。但核酸檢測因為速度快(4~6小時)而應(yīng)用更多,而基因測序比較慢(24~72小時),所以用的比較少。
一般對于高度疑似新冠病毒感染、但核酸檢測是陰性的病人,會利用基因測序技術(shù)進(jìn)一步確認(rèn)。
圖為《新型冠狀病毒肺炎診療方案》試行第六版,新型冠狀病毒肺炎確診的病原學(xué)依據(jù)
實時熒光RT-PCR檢測是如何讓病毒“顯形”的?
首先要采集樣本。由于新冠病毒是通過呼吸道感染人體,所以樣本要從呼吸道采集。目前常規(guī)的樣本類型大致有2類:一類是用咽拭子、鼻拭子在人的上呼吸道(咽部或鼻腔)擦拭采集;另一類是收集下呼吸道痰液、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液等。
采集到的樣本將被嚴(yán)格封存,送到實驗室。那里是檢測員讓病毒“現(xiàn)形”的戰(zhàn)場。
什么是實時熒光RT-PCR?
為了避免晦澀難懂,此處略去幾百個火星文。小編將通過一個大致的檢測流程來介紹這一黑科技。我們還實拍了水母基因?qū)嶒炇依锏脑O(shè)備和工具,并由可愛的實驗室小姐姐友情出鏡,給大家做一個操作演示。
① 提取病毒的RNA
先從樣本中提取出病毒的RNA。具體來說,就是在樣本中加入核酸提取試劑,把病毒破壞,讓核酸釋放出來。
*提取病毒核算必須在高級別的生物安全柜內(nèi)完成。圖為水母實驗室小姐姐使用生物安全柜進(jìn)行的操作演示。
② 把病毒RNA“反轉(zhuǎn)錄”成cDNA
通過反轉(zhuǎn)錄技術(shù)(RT),把病毒的RNA“反轉(zhuǎn)”成一種特異DNA,即cDNA(因為病毒RNA結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定,所以把病毒RNA轉(zhuǎn)換成穩(wěn)定的cDNA會更方便檢測)
這里會用到核酸檢測試劑盒中一種叫“反轉(zhuǎn)錄酶”的物質(zhì)。而完成轉(zhuǎn)錄后,所有工作都將圍繞cDNA展開。
③ 進(jìn)行cDNA的擴增與檢測
簡單說就是擴增cDNA的數(shù)量。這里應(yīng)用的就是PCR,全稱聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。具體來說,就是借助試劑盒中一些特殊物質(zhì),讓cDNA不斷復(fù)制,使其數(shù)量呈指數(shù)式增長。
所謂RT-PCR,就是將RNA的反轉(zhuǎn)錄(RT)和cDNA的擴增(PCR)相結(jié)合的技術(shù)。
當(dāng)cDNA擴增的同時,試劑盒中還有一種叫熒光探針的東西同時工作。它會釋放熒光信號,cDNA每完成一次擴增,熒光信號就會增加一點,而PCR檢測儀就能記錄到一個熒光信號增加的Ct值。
*圖中左邊白色的儀器叫QPCR儀。上面說到的轉(zhuǎn)錄、擴增、檢測都是在這臺QPCR儀上完成。電腦上顯示的紅線,我們也可以理解為Ct值的曲線。
④ 出結(jié)果
這一步就是根據(jù)檢測儀記錄的Ct值,進(jìn)行檢測結(jié)果分析。
理想狀態(tài)下,如果樣本中有新冠病毒,那么在cDNA完成預(yù)訂次數(shù)的擴增后,檢測儀記錄的Ct值就會形成一個逐漸上升的S形曲線,檢測結(jié)果為陽性;如果沒有類似的S型曲線,檢測結(jié)果就為陰性。
做完以上所有工作,通常需要4~6小時。
現(xiàn)在明白什么是實時熒光RT-PCR了嗎?檢測人員就是這樣診斷新冠病毒感染的。
基因測序技術(shù)是怎樣測出病毒的?
病原宏基因組測序(mNGS),是針對病原微生物(細(xì)菌、真菌、病毒和寄生蟲等)使用的基因測序技術(shù)。它的原理就比較簡單了。
首先,我們要掌握病毒的基因序列。(中國科學(xué)家在發(fā)現(xiàn)新冠病毒后5天就鑒定分析出了它的基因組序列,此處應(yīng)有掌聲?。?div style="height:15px;">
然后是檢測。在實驗室里,技術(shù)人員利用基因測序儀器,針對樣本中提取的病毒RNA或總核酸進(jìn)行檢測。當(dāng)樣本中檢測出的病毒基因序列,與已知的新冠病毒基因序列高度同源,就可以確診感染。
基因測序是一個更加復(fù)雜且耗時的過程,可以簡單歸納為以下7個步驟:
① 采集樣本:與前面介紹一致② 從樣本中提取出病毒RNA:與前面介紹一致③ 把病毒RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA:為了便于檢測,測序也需要進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄。④ 文庫構(gòu)建:翻譯過來,就是把完整的DNA鏈條打碎成片段,接著給DNA片段末端修復(fù),然后給DNA片段加上獨有的樣本編碼(用于識別這個樣本是誰的),并把DNA片段用一個接頭固定起來,方便測序……⑤ 高通量測序:通過高通量測序儀,把文庫的核酸序列檢測出來。⑥ 生物信息分析:把測出的DNA序列與已有的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對。⑦ 出具檢測報告
這樣一套完整的病毒基因測序流程,加上出結(jié)果,通常需要24~72小時。
基因測序還有個特異功能:如果病人同時感染了多種病毒,基因測序也能夠發(fā)現(xiàn)。
*圖為水母基因?qū)嶒炇业母咄繙y序儀。
敲黑板:以上圖片展示的,僅僅是水母基因?qū)嶒炇倚〗憬愕牟僮餮菔?,不是實際的病毒核酸檢測操作。而真正的病毒核酸檢測過程極為嚴(yán)格,需要全程嚴(yán)格消毒,且工作人員全程三級防護(穿防護服,戴N95口罩、護目鏡、雙層手套、腳套)。
因為這是在與病毒打交道。從采集樣本到檢測,每一個步驟都兇險萬分,一不小心就有被病毒感染的可能。
所以我們感恩戰(zhàn)斗在抗疫滅毒一線醫(yī)生和忽視,但也要記住這樣一群人:他們不接觸患者,卻每天都在實驗室里與病毒零距離打交道;他們看似不在一線,實則處在超一線!
助力全國抗疫滅毒水母基因在行動!
當(dāng)面對病毒侵襲,專業(yè)資源和人才會顯得尤為珍貴。哪怕多一位專業(yè)志愿者、多一臺PCR檢測儀、多一個試劑盒,都能為這場攻堅戰(zhàn)創(chuàng)造無可估量的力量。我們也深知,勿以善小而不為。因此在疫情爆發(fā)后,水母基因迅速開展了相關(guān)工作。 近期,我們與一批擁有測序儀、實驗室、試劑盒等專業(yè)資源的企業(yè)/機構(gòu),共同發(fā)起了【抗疫滅毒聯(lián)合行動聯(lián)盟】,為抗疫滅毒貢獻(xiàn)一份力量。
截至目前,已有53家企業(yè)/機構(gòu)加入,覆蓋北京、湖北、遼寧、廣東、浙江、江西、福建、上海、黑龍江、天津等18個省市區(qū)。
他們愿意暫停正在進(jìn)行的部分科研工作和業(yè)務(wù)運營,為抗疫滅毒提供PCR實驗室、基因擴增檢驗實驗室、P2實驗室、CAP認(rèn)證實驗室場地,自動化核酸儀、全自動毛細(xì)管電泳儀、測序儀、PCR儀器,檢測試劑盒、專業(yè)人員,以及捐資上千萬元。
聯(lián)盟成員將根據(jù)當(dāng)?shù)丶部夭块T的具體需求和指引,通過人員培訓(xùn)、儀器借用、試劑捐贈、資源共享等方式,協(xié)助湖北以及全國其它有迫切需求的區(qū)域,盡快建立或者升級新型冠狀病毒檢測實驗室。
當(dāng)下復(fù)工在即,響應(yīng)國家號召,我們也將協(xié)調(diào)各方資源,面相全國各地的企業(yè)提供員工體檢篩查的服務(wù),幫助企業(yè)降低復(fù)工感染的風(fēng)險,盡快安全地恢復(fù)生產(chǎn)運營。
如果你所在的企業(yè),目前正面臨復(fù)工難題,希望盡快排除隱患,在確保員工安全的情況下盡快復(fù)工,都可以通過水母基因獲得幫助。
水母基因作為抗疫滅毒行動聯(lián)盟成員之一,可以幫你推薦或聯(lián)系你所在地區(qū)的專業(yè)檢測機構(gòu)。聯(lián)盟中的53家企業(yè)/機構(gòu)非常愿意提供幫助。
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