首先明確，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)雖然稱為“企業(yè)”，但是自從2001年1月1日起，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)不再繳納企業(yè)所得稅，至對(duì)投資者個(gè)人取得的生產(chǎn)經(jīng)營所得征收個(gè)人所得稅。
個(gè)人獨(dú)資企業(yè)繳納個(gè)人所得稅分為兩類，一類是為個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的員工繳納個(gè)人所得稅，另一類是企業(yè)的經(jīng)營所得繳納個(gè)人所得稅。
（一）繳納個(gè)人所得稅的種類
1.個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的員工繳納個(gè)人所得稅，按照《個(gè)人所得稅法》第十一條規(guī)定，工資薪金所得并入員工個(gè)人年度綜合所得計(jì)征個(gè)人所得稅，由企業(yè)以代扣代繳方式，按月或者按次進(jìn)行“預(yù)扣預(yù)繳”稅款；需要辦理匯算清繳的，應(yīng)當(dāng)在取得所得的次年三月一日至六月三十日內(nèi)辦理匯算清繳。
2．個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的經(jīng)營所得?！秱€(gè)人所得稅法》第十二條，納稅人取得經(jīng)營所得，按年計(jì)算個(gè)人所得稅，由納稅人在月度或者季度終了后十五日內(nèi)向稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送納稅申報(bào)表，并預(yù)繳稅款；在取得所得的次年三月三十一日前辦理匯算清繳。
（二）個(gè)人獨(dú)資企業(yè)的納稅人
依照《中華人民共和國個(gè)人獨(dú)資企業(yè)法》規(guī)定，個(gè)人獨(dú)資企業(yè)以投資者為納稅義務(wù)人。
（三）個(gè)人獨(dú)資企業(yè)適用稅率
1.個(gè)人獨(dú)資企業(yè)實(shí)行查賬征收辦法的，其稅率比照“個(gè)體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得”應(yīng)稅項(xiàng)目，適用5%-35%的武技超額累進(jìn)稅率；
2.實(shí)行核定征收，按照應(yīng)稅所得率計(jì)算其應(yīng)納稅所得額，再按照其應(yīng)納所得稅額的大小，適用5%~35%的五級(jí)超額累進(jìn)稅率。
（四）個(gè)人獨(dú)資企業(yè)應(yīng)納稅所得額計(jì)算
個(gè)人獨(dú)資企業(yè)應(yīng)納稅所得額=收入總額-成本-費(fèi)用-各項(xiàng)損失
其中收入總額=商品銷售收入+營運(yùn)收入+勞務(wù)服務(wù)收入+工程價(jià)款收入+財(cái)產(chǎn)出租或者轉(zhuǎn)讓收入+利息收入+其他收入+營業(yè)外收入。凡是企業(yè)從事與生產(chǎn)經(jīng)營以及生產(chǎn)經(jīng)營有關(guān)的活動(dòng)所取得的各項(xiàng)收入都包括。
（五）不得扣除項(xiàng)目
個(gè)人獨(dú)資企業(yè)個(gè)人所得稅繳納比照個(gè)體工商戶，其中4項(xiàng)在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)不得扣除
1. 投資者的工資，按照每人3500/月費(fèi)用標(biāo)準(zhǔn)扣除；
2. 投資者及其家庭發(fā)生的生活費(fèi)不得扣。
3. 企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營和投資者及其家庭生活共用的固定資產(chǎn)，難以劃分的，按照比例扣除
4. 計(jì)提的各種準(zhǔn)備金不得扣除
（六）核定征收方式計(jì)稅
第一步：計(jì)算應(yīng)納所得稅額
應(yīng)納所得稅額=應(yīng)納稅所得額*適用稅率
第二步：計(jì)算應(yīng)納稅所得額=收入總額*應(yīng)稅所得率=成本費(fèi)用支出額/(1-應(yīng)稅所得率) *應(yīng)稅所得率
其中應(yīng)稅所得率一般根據(jù)行業(yè)特點(diǎn)和主管稅務(wù)機(jī)關(guān)核定確定。
（七）企業(yè)年度虧損
個(gè)人獨(dú)資企業(yè)年度虧損， 允許用本企業(yè)下一年度的生產(chǎn)經(jīng)營所得彌補(bǔ)，下一年度多的不足彌補(bǔ)的可以遞延彌補(bǔ)，最長不得超過五年。
（八）報(bào)送表格
投資者在預(yù)繳個(gè)人所得稅時(shí)，報(bào)送《生產(chǎn)、經(jīng)營所得個(gè)人所得稅申報(bào)表（A表）》
年度終了后30日內(nèi)，報(bào)送經(jīng)營所得時(shí)，報(bào)送《生產(chǎn)、經(jīng)營所得個(gè)人所得稅申報(bào)表（B表）》
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