九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区

       microRNA(miRNA)是一類(lèi)長(zhǎng)度約為19-25nt的內(nèi)源性非編碼RNA，廣泛參與基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控活動(dòng)，其中多數(shù)miRNA具有高度序列保守性、表達(dá)時(shí)序性和組織特異性。最近的研究表明miRNA參與各種各樣的調(diào)節(jié)途徑，包括發(fā)育、病毒防御、造血過(guò)程、器官形成、細(xì)胞增殖和凋亡、脂肪代謝等，具有重要的基因表達(dá)調(diào)控作用。

pri-miRNA, pre-miRNA 和 mature miRNA有什么區(qū)別

成熟的miRNAs是由較長(zhǎng)的初級(jí)轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過(guò)一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生的，初級(jí)轉(zhuǎn)錄物稱(chēng)為pri-miRNA。pri-miRNA長(zhǎng)度從幾百到幾千個(gè)堿基不等，帶有5'帽子和3’polyA尾巴，以及1到數(shù)個(gè)發(fā)夾徑環(huán)結(jié)構(gòu)。Pri-miRNA經(jīng)剪切產(chǎn)生約70個(gè)堿基的miRNA前體，即pre-miRNA。pre-miRNA為單一發(fā)夾結(jié)構(gòu)，5'帶有磷酸基團(tuán)，3’有兩個(gè)突出堿基，并帶有3'羥基。pre-miRNA經(jīng)進(jìn)一步剪切，形成長(zhǎng)度約為22個(gè)堿基的單鏈成熟miRNA。

MiRNA的命名原則可以大致歸納如下：

一個(gè)系統(tǒng)命名包含三部分內(nèi)容，即物種，microRNA類(lèi)別，序號(hào)。三者間用短線連接。物種一般用三個(gè)小寫(xiě)字母表示，如hsa,mmu和rno分別代表人，小鼠和大鼠。MicroRNA類(lèi)別是指所命名的microRNA是pre-miRNA還是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。序號(hào)為一阿拉伯?dāng)?shù)字，代表microRNA發(fā)現(xiàn)的先后。一般而言，數(shù)字越小，發(fā)現(xiàn)越早。

位于基因組不同部位但產(chǎn)生同樣的mature miRNA的pre-miRNA在序號(hào)后添加短線和阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)別，如hsa-mir-7-1, hsa-mir-7-2, hsa-mir-7-3。

有些pre-miRNA可以產(chǎn)生兩個(gè)mature miRNA。對(duì)應(yīng)pre-miRNA莖環(huán)結(jié)構(gòu)5'和3'序列的mature miRNA分別加后綴-5p和-3p以示區(qū)分，如rno-miR-325-5p和rno-miR-325-3p。

如果從同一個(gè)pre-miRNA成熟的兩個(gè)mature miRNA的相對(duì)表達(dá)量已知，表達(dá)量高者加后綴＊，如hsa-miR-17*比hsa-miR-17表達(dá)量高。

對(duì)于僅相差1－2個(gè)堿基的mature miRNA，加一個(gè)小寫(xiě)字母后綴以示區(qū)別，如hsa-miR-19a, hsa-miR-19b。 
如何分析miRNA的功能？
一般利用一些常見(jiàn)的miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析，MedSci編輯只能告訴你這么多了，因?yàn)樗銐蚨嗔耍饕ǎ?a target="_blank" style="text-align: center;">miRBase、microrna、TargetScan、PicTar、miRanda、HOCTAR，MiRTarBase，miRDB，mirna database，miRNAMap，miRCancer(腫瘤miRNA)，miR2Disease，microRNA target prediction，Micro RNA Informatics，PMTED（植物miRNA），miRWalk2.0,ViTa(病毒領(lǐng)域miRNA),PITA,starBase v2.0,以及COMETA

miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，以及靶點(diǎn)預(yù)測(cè)介紹： 
（1）miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。目前miRBase只提供了microRNA的靶標(biāo)的預(yù)測(cè)軟件的鏈接（如：PicTar）。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年9月。網(wǎng)址：http://mirbase.org/index.shtml

（2）ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數(shù)據(jù)探討microRNA的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄因子->microRNA->靶標(biāo)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2012年11月。網(wǎng)址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

（3）starBase：一個(gè)高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱(chēng)為HITS-CLIP）和mRNA降解組測(cè)序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù),整合和構(gòu)建多個(gè)流行的靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。
最新版本發(fā)布時(shí)間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（4）Tarbase：一個(gè)收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2009年1月（v5）。網(wǎng)址：http://microrna.gr/tarbase/ 

（5）miRecords：一個(gè)整合的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。整合多個(gè)靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的調(diào)控關(guān)系。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirecords.biolead.org/

（6）targetScan: 基于靶mRNA序列的進(jìn)化保守等特征搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因。是預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)假陽(yáng)性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。最新版本發(fā)布時(shí)間：2009年4月（v5.1）. 網(wǎng)址：http://www.targetscan.org/

（7）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標(biāo)聯(lián)合作用等特征開(kāi)發(fā)的搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因。假陽(yáng)性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。最新版本發(fā)布時(shí)間：2007年3月。網(wǎng)址：http://pictar.mdc-berlin.de/

（8）PITA：基于靶位點(diǎn)的可接性（target-site accessibility）和自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。最新版本發(fā)布時(shí)間：2008年8月。網(wǎng)址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

（9）RNA22：基于序列特征預(yù)測(cè)microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。是幾個(gè)流行的microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的其中一個(gè)。IBM公司的研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的。最新版本發(fā)布時(shí)間：2007年。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

（10）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開(kāi)發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www.microrna.org/microrna/home.do

（11）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

（12）miRTarBase：整合實(shí)驗(yàn)證實(shí)的microRNA靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年10月。網(wǎng)址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

（13）miRGator v2.0：整合microRNA表達(dá)、靶標(biāo)和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/

（14）MiRNAMap:動(dòng)物的microRNA基因及其靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2008年1月。網(wǎng)址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

（15）miRDB: 動(dòng)物microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)和功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年8月。網(wǎng)址：http://mirdb.org/miRDB/

（16）RNAhybrid：一個(gè)基于miRNA-target配對(duì)自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。最新版本發(fā)布時(shí)間：v2.1。網(wǎng)址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

（17）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2007年1月。網(wǎng)址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

(18)doRiNA: microRNA的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2012年1月。網(wǎng)址：http://dorina.mdc-berlin.de/rbp_browser/dorina.html  
（19）COMETA：通過(guò)miRNA靶基因共表達(dá)相關(guān)性分析數(shù)據(jù)庫(kù)（CoMeTa），優(yōu)化和篩減miRNA靶基因集合  

預(yù)測(cè)植物microRNA靶標(biāo)的工具和數(shù)據(jù)庫(kù)如下：

(1) Targetfinder: 使用基于植物的靶標(biāo)罰分策略預(yù)測(cè)小RNA的靶標(biāo)。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年8月。網(wǎng)址：http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334

(2) starBase: 提供高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)mRNA降解組測(cè)序數(shù)據(jù)支持的植物microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)和基于mRNA降解組數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)的網(wǎng)頁(yè)版工具。最新版本發(fā)布時(shí)間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/

(3) miRU, psRNATarget: 一個(gè)網(wǎng)頁(yè)版的植物microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具。最新版本發(fā)布時(shí)間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://www.plantgrn.org/psRNATarget/

(4)CleaveLand:一個(gè)基于mRNA降解組數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)的工具。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年3月。網(wǎng)址：https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html

(5) Target-align：一個(gè)就鑒定植物microRNA靶標(biāo)的工具。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年。網(wǎng)址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php

miRNA-lncRNA互作的數(shù)據(jù)庫(kù)：
starBase: 提供miRNA調(diào)控長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和環(huán)狀RNA(circRNA)的互作信息。并且根據(jù)這些互作關(guān)系還 構(gòu)建了ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。這些調(diào)控互作網(wǎng)絡(luò)信息是基于108高通量的CLIP-Seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。網(wǎng) 站：http://starbase.sysu.edu.cn 更新： 2013年

DIANA-LncBase: 提供基于2個(gè)研究的CLIP-Seq數(shù)據(jù)miRNA調(diào)控長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)的信息。網(wǎng)站：www.microrna.gr/LncBase 更新： 2012年 

各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)特點(diǎn)：
其中數(shù)據(jù)庫(kù)中全面和更新快的有：
miRBase： http://mirbase.org/index.shtml
starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/
miRecords: http://mirecords.biolead.org/
miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

預(yù)測(cè)軟件假陽(yáng)性率低的有：
targetScan：http://www.targetscan.org/ 
PicTar: http://pictar.mdc-berlin.de/ 
當(dāng)然，大家若不是做miRNA，要做LncRNA，怎么辦？可以看這里：長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)及預(yù)測(cè)軟件匯總