可供選擇的問題很多，但是要挑出最合適的問題并不容易，假設真理機器的回答是詳細的，而不是僅限于回答“是”和“否”的話，我們可以這么問：
問題一：宇宙大統(tǒng)一公式或者模型是什么？
從人類文明的發(fā)展史來看，科學文明的每一次巨大進步，都是科學技術帶來的，比如第一工業(yè)革命號稱蒸汽時代，第二次工業(yè)革命號稱電氣時代，第三次工業(yè)號稱科技時代（包括生物技術、航天技術、微電子技術等等）。
從本質上說，第一、第二次革命是建立在牛頓力學之上的科學技術，第三次革命是建立在量子力學、相對論之上的科學技術，基礎科學理論的突破往往伴隨著技術上的巨大進步，物理學的終極夢想就是統(tǒng)一場論，所以提問統(tǒng)一場論的終極公式或者模型是沒有問題的，至于把理論轉化為技術就是人類要做的事了。
問題二：能解釋宇宙大統(tǒng)一公式的數學理論是什么？
我們光有統(tǒng)一場論的終極公式還不行，還需要一個重要的工具“數學”，科學歷史上，物理學革命往往都是要等相應數學理論建立之后才有的，比如牛頓力學需要微積分，廣義相對論需要黎曼幾何，量子力學需要復分析、概率性、代數幾何等等。
問題三：如何才能破解生物遺傳密碼？
在所有基礎理論當中，生物學與人類的關系最為密切，而生物學最終極的目標，就是破解生物基因密碼，如果我們能從生物基因排列，推導出生物最終的表達形式，那么對于癌癥、病毒、生老病死等等都不再是問題，我們甚至能夠定向編輯基因，在短時間內完成人類在自然狀態(tài)下，要花費數百萬年才能完成的進化。
三個問題，分別涉及生物學、物理學和數學，或許能對人類社會提供最大的幫助；當然你也可以取巧，舍棄一個問題來反問機器：
問題：如果有一臺只有兩次提問機會的真理機器，如何提問才能最大化對人類社會的貢獻？
在朱迪·福斯特主演的經典科幻片《超時空接觸》當中，也有一個好問題，就是主演乘坐超時空機器去見已經存在數億年的外星人前，對方說假設只允許你問他們（外星人）一個問題，你將問什么？
朱迪·福斯特回答道：你們怎么做到的？怎么度過技術文明的青春期，而沒有自我毀滅？
這也是一個非常好的問題，人類目前面臨最大的問題，其實就來源于自身，科學技術高速發(fā)展，核武器、生物武器等等都有可能讓人類自我毀滅。
另外，我們還考慮一種情況，就是真理機器只能回答“是”或者“否”，并不對答案做任何解釋，那么可以考慮這么幾個問題：
照著人類目前的情況發(fā)展下去，人類文明會被自身毀滅嗎？
科學技術能讓人類在走出銀河系嗎？
宇宙中（或者銀河系中）存在人類之外的其他高級文明嗎？
造物主存在嗎？
物理學終極理論存在嗎？
……
至于選哪三個我也拿不準，但是提問的關鍵在于，無論真理機器回答“是”或者“否”，都要對人類文明的發(fā)展和科學研究起著指導作用。
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