2020年6月16日,浙江大學(xué)陳利萍教授課題組和美國康奈爾大學(xué)甘蘇生教授合作在Molecular Plant 在線發(fā)表了題為“Regulation of Leaf Longevity by DML3-Mediated DNA Demethylation”的文章。該研究首次揭示了DNA去甲基化酶DML3參與調(diào)控?cái)M南芥葉片衰老的分子機(jī)制。
https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(20)30184-2
葉片是植物進(jìn)行光合作用的重要器官,葉片的衰老會直接影響到農(nóng)作物的品質(zhì)與產(chǎn)量,對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)造成嚴(yán)重?fù)p失。葉片衰老受到內(nèi)部因素(葉齡、激素水平等)與外部環(huán)境因素(極端溫度、干旱、水澇、營養(yǎng)缺乏等)的影響,其中葉齡是控制葉片衰老的關(guān)鍵因素之一。葉片衰老過程中大量基因的表達(dá)發(fā)生了改變,在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)節(jié)上與其他信號調(diào)控途徑形成了復(fù)雜的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。基因啟動(dòng)子區(qū)和編碼區(qū)的DNA甲基化和去甲基化過程能夠調(diào)控植物體內(nèi)基因的表達(dá),并在植物的生長發(fā)育過程以及環(huán)境信號的影響下處于不斷的動(dòng)態(tài)變化中。因此,探究葉片衰老過程中DNA甲基化水平的變化及衰老相關(guān)基因的表達(dá)改變是解析葉片衰老的新關(guān)鍵點(diǎn)之一。然而,DNA甲基化水平在植物葉片衰老階段是如何發(fā)生改變的,以及變化的規(guī)律是什么;與衰老進(jìn)程相關(guān)的DNA去甲基化酶是否以及如何參與調(diào)控衰老相關(guān)基因(SAGs)的表達(dá)等重要科學(xué)問題仍然未知。
研究人員通過對擬南芥野生型(WT)葉片三個(gè)衰老時(shí)期全基因組甲基化測序(WGBS)分析發(fā)現(xiàn),DNA甲基化水平隨葉片衰老過程降低,說明擬南芥葉片衰老伴隨著DNA去甲基化,尤其是CG類型的DNA甲基化。并且,DNA去甲基化酶DEMETER-LIKE 3(DML3)在擬南芥葉片衰老過程中是上調(diào)表達(dá)的。
研究者進(jìn)一步對三個(gè)衰老時(shí)期擬南芥WT和dml3葉片的甲基化組比較分析顯示,與WT相比,dml3葉片衰老過程中甲基化程度高,CG、CHG、CHH三種甲基化類型共發(fā)現(xiàn)20,556個(gè)差異甲基化區(qū)域(DMR)。有趣的是,通過比較WT與dml3兩個(gè)甲基化組葉片衰老過程中的CG類型的DNA甲基化發(fā)現(xiàn),在WT中,NAC016,SEN1等335個(gè)衰老相關(guān)基因(SAGs)為差異甲基化基因(DMG),它們的DNA甲基化水平(尤其是在啟動(dòng)子區(qū)域)與轉(zhuǎn)錄水平呈負(fù)相關(guān);而在dml3中,這些基因在葉片衰老過程中表現(xiàn)為高甲基化,基因的轉(zhuǎn)錄水平顯著降低,說明DML3通過介導(dǎo)衰老相關(guān)基因的啟動(dòng)子和/或基因本體區(qū)的去甲基化調(diào)控葉片衰老。
綜上所述,本研究揭示了DML3通過介導(dǎo)一組衰老相關(guān)基因(SAGs)的去甲基化參與調(diào)控葉片衰老進(jìn)程。研究結(jié)果為延緩葉菜類等蔬菜的葉片衰老提供表觀遺傳新途徑,補(bǔ)充和完善了植物葉片衰老的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò),對提高農(nóng)作物生產(chǎn)力和食品安全性具有重要的生物學(xué)意義與生產(chǎn)應(yīng)用價(jià)值。
浙江大學(xué)博士研究生袁璐為第一作者,浙江大學(xué)陳利萍教授和康奈爾大學(xué)甘蘇生教授為共同通訊作者。中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所郭永峰研究員參與了該項(xiàng)研究工作。該研究受到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目(2019YFD1000300)和康奈爾大學(xué)項(xiàng)目(1843351)的資助。
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