（1）單位層面
行政事業(yè)單位實(shí)行內(nèi)部控制，首先要明確單位組織架構(gòu)，確立內(nèi)部控制部門或牽頭部門；建立決策、執(zhí)行、監(jiān)督相分離的職能管理機(jī)制，保證相關(guān)崗位職責(zé)不相容職責(zé)相分離；健全財(cái)務(wù)管理制度，保證資金、賬務(wù)處理活動(dòng)的有序進(jìn)行；加強(qiáng)企業(yè)內(nèi)部的信息傳遞與溝通；定期評估單位的單位層面及業(yè)務(wù)層面風(fēng)險(xiǎn)；配合接受相關(guān)單位的內(nèi)部控制監(jiān)督檢查。
（2）預(yù)算控制
行政事業(yè)單位實(shí)施預(yù)算管理的目的主要是控制財(cái)政資金的流入與流出，實(shí)現(xiàn)財(cái)政資金的有效利用。預(yù)算管理的重點(diǎn)在于預(yù)算編制過程中內(nèi)部單位的協(xié)調(diào)配合，預(yù)算編制與資產(chǎn)配置的結(jié)合，預(yù)算執(zhí)行過程中預(yù)算審批的合理、合規(guī)，預(yù)算執(zhí)行進(jìn)度及執(zhí)行額度的控制，以及最后決算編報(bào)的真實(shí)、完整、準(zhǔn)確、及時(shí)。
（3）收支業(yè)務(wù)
行政事業(yè)單位建立收支業(yè)務(wù)體制，實(shí)現(xiàn)收支業(yè)務(wù)的歸口管理；健全內(nèi)部會(huì)計(jì)核算制度，防范會(huì)計(jì)風(fēng)險(xiǎn)；明確非稅收收入的管理范圍與收繳程序，維護(hù)公眾利益，保證國家資產(chǎn)不受損失；做好票據(jù)與印章的使用記錄與保管工作，避免舞弊風(fēng)險(xiǎn)和財(cái)產(chǎn)損失；加強(qiáng)債務(wù)管理，合理安排資金。
行政事業(yè)單位的資金來源于財(cái)政撥款，事業(yè)單位使用財(cái)政資金進(jìn)行的各項(xiàng)采購，，都應(yīng)按照《政府采購法》規(guī)定的程序和方法進(jìn)行。行政事業(yè)單位在進(jìn)行政府采購管理時(shí)，應(yīng)當(dāng)建立政府采購相關(guān)管理制度并及時(shí)更新，作為政府采購管理的制度基礎(chǔ)。政府采購業(yè)務(wù)活動(dòng)時(shí)包括采購申請、實(shí)施招標(biāo)到采購合同簽訂、驗(yàn)收過程嚴(yán)格按照制度規(guī)定開展，并輔以相關(guān)機(jī)構(gòu)的監(jiān)督管理，發(fā)揮財(cái)政資金的最大效益，實(shí)現(xiàn)政府采購業(yè)務(wù)活動(dòng)的合法合規(guī)。
（5）資產(chǎn)控制
單位應(yīng)當(dāng)對資產(chǎn)實(shí)行分類管理，建立健全資產(chǎn)內(nèi)部管理制度，合理設(shè)置崗位，明確相關(guān)崗位的職責(zé)權(quán)限，確保資產(chǎn)安全和有效使用。單位資產(chǎn)分為三類管理，對于貨幣資金，單位應(yīng)當(dāng)建立健全貨幣資金管理崗位責(zé)任制，加強(qiáng)對銀行賬戶的管理，加強(qiáng)貨幣資金的核查控制。對實(shí)物資產(chǎn)和無形資產(chǎn)的管理，明確相關(guān)部門和崗位的職責(zé)權(quán)限，強(qiáng)化對配置、使用和處置等關(guān)鍵環(huán)節(jié)的管控。對于對外投資的管理，合理設(shè)置崗位，明確相關(guān)崗位的職責(zé)權(quán)限；嚴(yán)格執(zhí)行集體決策程序，避免拍腦袋決策的杜主觀武斷；加強(qiáng)對投資項(xiàng)目的追蹤管理，做好事中的控制工作；建立責(zé)任追究制度，對投資中出現(xiàn)重大決策失誤、未履行集體決策程序和不按規(guī)定執(zhí)行對外投資業(yè)務(wù)的部門及人員，追究相應(yīng)的責(zé)任。
（6）建設(shè)項(xiàng)目
行政事業(yè)單位的建設(shè)項(xiàng)目管控要明確內(nèi)部崗位設(shè)置遵從不相容崗位職責(zé)分離原則，建立符合建設(shè)項(xiàng)目的議事決策機(jī)制、審核機(jī)制，依照國家規(guī)定組織項(xiàng)目的招投標(biāo)工作，并接受有關(guān)部門額監(jiān)督，加強(qiáng)對建設(shè)項(xiàng)目檔案的管理，及時(shí)做好竣工決算相關(guān)工作。
（7）合同控制
單位應(yīng)當(dāng)建立健全合同內(nèi)部管理制度。明確合同的授權(quán)審批和簽署權(quán)限，妥善保管和使用合同專用章，規(guī)范合同的訂立程序，加強(qiáng)單位對合同履行情況的監(jiān)控，做好合同資料的傳遞和存檔工作，保證合同管理過程實(shí)現(xiàn)完整性控制。對于出現(xiàn)合同糾紛的情況，嚴(yán)格按照合同約定或正規(guī)法律途徑解決。
財(cái)務(wù)管理貫穿企事業(yè)單位經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的全過程，而內(nèi)部控制是單位全員參與的全過程管理，在企事業(yè)單位管理中具有廣泛性和全局性，二者具有天然的共性。財(cái)務(wù)管理既是內(nèi)部控制重要的一部分，也是單位加強(qiáng)內(nèi)部控制有力的管理手段之一。
內(nèi)部控制系統(tǒng)是企業(yè)運(yùn)營活動(dòng)的重要組成部分。財(cái)務(wù)舞弊、會(huì)計(jì)丑聞或其它因素導(dǎo)致的公司經(jīng)營失敗，雖表面原因各不相同，但就其深層次的原因，除去經(jīng)濟(jì)低迷、市場動(dòng)蕩等宏觀不可控的因素，大部分是企業(yè)內(nèi)控系統(tǒng)失靈造成的，致使本應(yīng)由風(fēng)險(xiǎn)管理規(guī)避掉的風(fēng)險(xiǎn)發(fā)生了。這就需要在企業(yè)的每一個(gè)環(huán)節(jié)都充分發(fā)揮其內(nèi)部控制的作用，規(guī)避本環(huán)節(jié)的風(fēng)險(xiǎn)，避免風(fēng)險(xiǎn)遷移到下一個(gè)經(jīng)濟(jì)環(huán)節(jié)。完善的內(nèi)部控制體系可以合理保證企業(yè)的正常經(jīng)營、財(cái)產(chǎn)安全、會(huì)計(jì)信息真實(shí)可靠和企業(yè)經(jīng)營效率的提高，而這也正是企業(yè)財(cái)務(wù)風(fēng)險(xiǎn)管理所該達(dá)到的基本狀態(tài)。從這個(gè)角度出發(fā)，內(nèi)部控制是財(cái)務(wù)風(fēng)險(xiǎn)管理的必要環(huán)節(jié)。內(nèi)部控制的動(dòng)力來自企業(yè)對財(cái)務(wù)風(fēng)險(xiǎn)的認(rèn)識(shí)和管理。相反，如果沒有良好的內(nèi)部控制，則往往會(huì)導(dǎo)致各種錯(cuò)誤和舞弊的產(chǎn)生，甚至造成企業(yè)的破產(chǎn)倒閉。因此，內(nèi)部控制是防范企業(yè)財(cái)務(wù)風(fēng)險(xiǎn)事件發(fā)生的一種長效機(jī)制。
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