在上一篇理茶德給大伙帶來的非腫瘤生信分析開車指導(dǎo) (非腫瘤生信分析：來不及解釋了快上車！) 后，這次由蝦餃皇來給大家?guī)硪黄?span style="max-width: 100%;letter-spacing: 0.544px;orphans: 4;text-align: start;white-space: pre-wrap;caret-color: rgb(51, 51, 51);color: rgb(171, 25, 66);overflow-wrap: break-word !important;">非腫瘤生信數(shù)據(jù)挖掘文章分析啦！此外，我們近期會(huì)推出20期左右的非腫瘤生信數(shù)據(jù)分析給大家作為參考。
今天給大家?guī)淼氖?020年3月發(fā)表在J. Cell. Mol. Med.（4.658）雜志上的文章“STAT1 and its related molecules as potential biomarkers in Mycobacterium tuberculosis infection ”。這篇文章中作者通過分析肺結(jié)核隊(duì)列GSE83456的表達(dá)數(shù)據(jù)，篩選出192個(gè)表達(dá)差異基因，進(jìn)而通過進(jìn)行富集分析表明這些干擾素信號(hào)傳導(dǎo)途徑，并且與防御反應(yīng)有關(guān)。隨后，作者進(jìn)行miRNA預(yù)測，繪制miRNA網(wǎng)絡(luò)，并使用qRT-PCR驗(yàn)證了兩個(gè)靶基因?yàn)镾TAT1的miRNA，最后作者預(yù)測了這兩個(gè)miRNA的circRNA。
結(jié)核?。═B）是一種慢性傳染病，其臨床表現(xiàn)為長期低燒，咳痰和咯血，其致病菌為結(jié)核分枝桿菌（MTB），其中最常見的感染類型為肺結(jié)核（PTB），同時(shí)MTB還可以感染腸管、淋巴腺、關(guān)節(jié)、脊柱、泌尿生殖系統(tǒng)和其他器官或組織，導(dǎo)致人替功能障礙和器官組織損傷。結(jié)核病的發(fā)生、發(fā)展和結(jié)局不僅與細(xì)菌的毒性和數(shù)量，還與人體的免疫功能密切相關(guān)。人體抗結(jié)核免疫主要是細(xì)胞免疫，其中細(xì)胞因子與各類免疫細(xì)胞亞型在免疫防御起關(guān)鍵作用。此外，MTB可以阻礙氧化應(yīng)激，細(xì)胞凋亡和自噬，并抑制組織相容性復(fù)合物分子的合成，從而影響抗原呈遞。
圖1：對GSE83456數(shù)據(jù)庫（排除免疫抑制性疾病的45例PTB樣品和61例健康樣品）的表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，篩選出192個(gè)表達(dá)差異基因，其中156個(gè)上調(diào)基因和36個(gè)下調(diào)基因。
圖2：GSEA分析顯示PTB樣本在干擾素-α/γ反應(yīng)和免疫相關(guān)的功能中顯著富集。
圖3A：對192個(gè)表達(dá)差異基因進(jìn)行GO富集分析,表明PTB樣品中表達(dá)差異基因主要與干擾素信號(hào)通路和免疫應(yīng)答有關(guān)，其中顯著富集是I型干擾素信號(hào)通路
圖3B：ClueGO分析生物過程的相互作用網(wǎng)絡(luò)，并使用Cytoscape ClueGo插件可視化。
圖4：使用Funrich軟件進(jìn)行富集分析，其中有163個(gè)基因用于進(jìn)一步分析，表達(dá)差異基因主要富集于干擾素信號(hào)傳導(dǎo)通路和免疫相關(guān)通路。
圖5：使用IPA對192個(gè)表達(dá)差異基因進(jìn)行核心分析，有干擾素信號(hào)通路、模式識(shí)別受體在細(xì)菌和病毒識(shí)別中作用、被胞質(zhì)模式識(shí)別受體激活的IRF、抑瘤素M信號(hào)、TREM1信號(hào)、死亡受體信號(hào)、神經(jīng)炎癥信號(hào)通路和和T細(xì)胞衰竭信號(hào)通路被激活。其中干擾素通路激活分?jǐn)?shù)最高，其中STAT1、MX1、OAS1、SOCS1、STAT2、TAP1、IFI6、 IFI35、IFIT1、IFIT3、IFITM1、IFITM3、ISG15和JAK2與該通路相關(guān)。
圖6：IPA的生物學(xué)功能分析展示了差異基因與炎癥、抗病毒應(yīng)答、免疫應(yīng)答、活化、抗微生物應(yīng)答、吞噬作用、趨化性、細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、先天免疫應(yīng)答和應(yīng)答功能模塊有關(guān)。其中具體的模塊為細(xì)胞吞噬作用的免疫應(yīng)答、巨噬細(xì)胞的免疫應(yīng)答、抗病毒應(yīng)答和先天免疫應(yīng)答，被抑制的模塊為大腦的免疫反應(yīng)和腦炎。同時(shí)，進(jìn)行上游分析，其中排名前五的調(diào)節(jié)物為轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子：STAT1、IRF7和細(xì)胞因子：IFNL1、IFNG、IFNA2
小結(jié)：作者使用GSEA分析、GO富集分析、Funrich富集分析、IPA核心分析與生物學(xué)功能分析證明了PTB樣品中的表達(dá)差異基因主要富集于干擾素（INF）信號(hào)通路和免疫應(yīng)答。
圖7：構(gòu)建192個(gè)表達(dá)差異基因的PPI網(wǎng)絡(luò)，有170個(gè)基因和1121種相互作用關(guān)系，不同顏色代表使用被MCODE識(shí)別的不同基因簇，黃色得分最高。
表3：對得分最高的基因簇（圖7黃色）進(jìn)行BP富集分析，發(fā)現(xiàn)該基因簇主要為防御反應(yīng)和免疫系統(tǒng)相關(guān)功能的基因。
圖8A：使用STRING對得分最高的基因簇進(jìn)行分析，所有基因主要與對病毒的防御反應(yīng)、干擾素信號(hào)傳導(dǎo)、干擾素α/β信號(hào)、細(xì)胞因子信號(hào)以及免疫系統(tǒng)相關(guān)通路有關(guān)。其中紅色表示與干擾素信號(hào)相關(guān)；藍(lán)色表示與干擾素α/β信號(hào)相關(guān)；綠色表示與免疫系統(tǒng)中細(xì)胞因子信號(hào)相關(guān)；黃色表示與干擾素-γ信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)。
圖8B：使用Network Analyst驗(yàn)證，并且得到的基因于STRING上的基因取交集得到23個(gè)基因用于進(jìn)一步分析。
圖9：作者篩選出28個(gè)與細(xì)胞因子信號(hào)相關(guān)基因進(jìn)行了gene-miRNA分析，作者使用了TargetScan、miRanda、miRDB、miRWalk和RNA22數(shù)據(jù)庫預(yù)測miRNA，并且得到的結(jié)果取交集作為預(yù)測結(jié)果，并且使用Cytoscape繪制miRNA的基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，并且篩選出有兩個(gè)靶基因的9個(gè)miRNA進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證。
圖10：qRT-PCR驗(yàn)證，展示了兩個(gè)靶基因?yàn)镾TAT1為的miRNA（miR-223-3p和miR-448）在結(jié)核病患者血漿中明顯低于健康人的血漿。
使用StarBase預(yù)測hsa-miR-223-3p和hsa-miR-448的相應(yīng)circRNA，得到兩個(gè)circRNA：SAMD8_ hsa_circRNA994和TWF1_hsa-circRNA9897。
最后小結(jié)一下，作者對肺結(jié)核隊(duì)列的表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，并篩選出總共192個(gè)表達(dá)差異基因使用GO分析、GSEA分析、Funrich富集分析、IPA核心分析與生物學(xué)功能分析等方法確定這些基因大多數(shù)都富集于干擾素信號(hào)傳導(dǎo)途徑，并且與防御反應(yīng)有關(guān)。隨后，作者使用TargetScan、miRanda、miRDB、miRWalk和RNA22數(shù)據(jù)庫預(yù)測miRNA，進(jìn)而進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證，篩選出靶基因?yàn)镾TAT1的miRNA（hsa-miR-448和hsa-miR-223-3p）它們在肺結(jié)核患者血漿中下調(diào)，最后作者使用StarBase預(yù)測了相應(yīng)circRNA。
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