在認(rèn)識(shí)論上，章太炎繼承荀況的" 征知" 說，強(qiáng)調(diào)感覺是認(rèn)識(shí)的源泉，而感覺不是主觀自生的，它來源于外界事物對(duì)感覺器官的刺激，是對(duì)外界事物的反映；正常人都具有相同的感覺器官，因而其感覺也相同：" 黃赤碧涅修廣以目異，征角清商叫嘯喁于以耳異，酢甘辛咸苦澀雋永百旨以口異，芳苾腐獒腥螻膻朽以鼻異，溫寒熙濕平棘堅(jiān)疏枯澤以肌骨異，是以人類為公者也。"(《訄書.公言》）章太炎進(jìn)一步指出，當(dāng)感官?zèng)]有與外物相接，沒有產(chǎn)生某種感覺時(shí)，決不能說外界事物不存在，例如，" 不見其火，而不得謂之無色" (同上）。如果感官出了毛病，不能正常反映外界事物，也不能因此認(rèn)為外界事物沒有恒常性。例如，視力正常的人看火焰是紅的，但有眼病的人看見火光為青色，決不能因此而認(rèn)為火的顏色因人而異：" 見者異其光，而不得謂之天恒之色。"(同上）章太炎還指出，人們由于對(duì)所處環(huán)境的適應(yīng)程度不同，感覺也會(huì)有所不同(例如，喜食酸味的人對(duì)一般人覺得酸的東西會(huì)不覺得酸），但不能因此而否認(rèn)被感覺的事物及其性質(zhì)的客觀性和確定性。
在肯定感覺為知識(shí)之源泉的同時(shí)，章太炎也指出了它的局限性，因此認(rèn)為需要進(jìn)一步提到理性階段：" 夫物各緣天官所合以為言，則又譬稱之以期至于不合，然后為大共名也。雖然，其已可譬稱者，其必非無成極，而可恣膺腹以為擬議者也。" (訄書.公言》）他認(rèn)為，感覺器官(" 天官")與外物相接(" 所合")是進(jìn)行推理、形成概念(" 言")的基礎(chǔ)，用推理方法(" 譬稱")得到的是抽象性更大的普遍概念(" 大共名")，它盡管與具體感覺不同，但卻不是沒有客觀依據(jù)和標(biāo)準(zhǔn)(" 成極")。亦即，理性認(rèn)識(shí)的內(nèi)容同樣不是主觀自生的，而是客觀的。
章太炎認(rèn)為，概念的形成必須經(jīng)過五個(gè)階段，即觸(五官同外境相接觸）、作意(意識(shí)的警起）、受(領(lǐng)納外境所給予的現(xiàn)象，形成感覺）、想(取境為象，形成知覺）、思(運(yùn)用思維，考察事物的共同本質(zhì)，形成概念）。
后來，他又把認(rèn)識(shí)過程概括為三個(gè)階段：" 名之成，始于受，中于想，終于思。" (《原名》）由此出發(fā)，他在認(rèn)識(shí)論上既反對(duì)先驗(yàn)論，也反對(duì)狹隘經(jīng)驗(yàn)論。例如，他對(duì)清初學(xué)者顏元注重實(shí)際經(jīng)驗(yàn)、批評(píng)理學(xué)家脫離實(shí)際地以書求道的觀點(diǎn)十分贊許：" 自荀卿而后，顏氏則可謂大儒矣" (《訄書.顏學(xué)》）。
但同時(shí)，他又批評(píng)顏元鄙視理論思維的傾向：" 獨(dú)恨其學(xué)在物，物物習(xí)之，而概念抽象之用少。" (同上）他指出，如果輕視書本知識(shí)，不研究抽象的理論，而只是" 物物習(xí)之" ，結(jié)果就會(huì)像中國(guó)先秦和歐洲古希臘時(shí)代的哲學(xué)家那樣，把水或火等具體物當(dāng)作世界的本源，把特殊的東西當(dāng)成普遍的原理；長(zhǎng)此以往，學(xué)術(shù)就不會(huì)有進(jìn)步。顯然，他對(duì)狹隘經(jīng)驗(yàn)論的這些批評(píng)是正確的，更可貴的是，章太炎還提出" 人心之智慧，自競(jìng)爭(zhēng)而后發(fā)生" 的思想，認(rèn)為" 人心進(jìn)化，猛晉不已。以名號(hào)言，以方略言，經(jīng)一競(jìng)爭(zhēng)，必有勝于前者。" (《駁康有為論革命書》）這在中國(guó)哲學(xué)思想的發(fā)展歷程中具有重要的意義。
1906年以后，章太炎在認(rèn)識(shí)論上開始拋棄早年的立場(chǎng)。他依據(jù)康德先驗(yàn)統(tǒng)覺學(xué)說認(rèn)為，感覺印象" 必有原型觀念在其事前，必有綜合作用在其事后。" (《四惑論》）而" 原型觀念" 則是先天存在于阿賴耶識(shí)中的種子，" 藏識(shí)中種子，即原型觀念也。" (《齊物論釋》）如前所述，由于他后期否認(rèn)世界萬物為客觀存在，認(rèn)為整個(gè)世界都是從阿賴耶識(shí)產(chǎn)生來的，因此相應(yīng)地，在認(rèn)識(shí)論上他就主張人的認(rèn)識(shí)過程只不過是" 自心還取自心" 的過程，感覺印象等等則全屬" 幻有" (同上）。他還提出" 有分別智" 與" 無分別智" ，認(rèn)為" 有分別智所證，唯是名相，名相妄法，所證非誠(chéng)證矣。無分別智所證，始是真如，是為真證耳。"(菿漢微言》）這樣，他不僅走向了先驗(yàn)論，而且表現(xiàn)出強(qiáng)烈的非理性主義傾向。
章太炎的宗教觀與其革命觀密切相關(guān)。作為鞭撻君主專制、謳歌自由平等的思想斗士，章太炎堅(jiān)決反對(duì)有神論：" 惟神之說，崇奉一尊，則與平等絕遠(yuǎn)也。欲使眾生平等，不得不先破神教。" (《無神論》）因此，他繼承荀況、王充、范縝等人的無神論思想，批判了靈魂不死，上帝創(chuàng)世等有神論。
章太炎明確斷言，人必須先有" 官骸" ，然后才能有" 神明" ，" 及精氣相離而死，則神亦無存。" (《儒術(shù)真論》）他依據(jù)西方近代自然科學(xué)，從根本上否定了天帝、天命以及有意志的主宰之天的存在，宣稱" 若夫天與帝，則未嘗有矣。" (《訄書.天論》）
在《無神論》一文中，章太炎從邏輯上對(duì)基督教神學(xué)作了精彩的批駁?；浇躺駥W(xué)曾宣稱，上帝耶和華無始無終，全知全能，絕對(duì)無二，" 故為眾生之父"。章太炎逐條批駁道：" 無始無終" 表示超絕時(shí)間；但基督教又講上帝七天創(chuàng)造世界以及世界有末日，既如此，就是有始有終；上帝既創(chuàng)造了世界又要?dú)缡澜?，可見其心起滅無常，" 其心既起滅無常，則此耶和瓦者亦必起滅無常，" 因此上帝并非無始無終。關(guān)于" 全知全能" ，他駁斥道：上帝若全知全能，則" 必能造一純善無缺之人，而惡性亦無自起，惡性既起，故不得不歸咎于天魔；" 但這天魔是上帝所造抑或非上帝所造呢？若非上帝所造，則上帝就不是全知全能的；若是上帝所造，上帝既全知全能，" 何不造一不能違背命令之人，而必適此能違背命令之人。"
基督教又宣稱上帝" 絕對(duì)無二" ，獨(dú)立于萬有之上，萬有都是上帝所創(chuàng)造的。章太炎反駁道，創(chuàng)造必用" 質(zhì)料" ，但此質(zhì)料若存在于上帝自身之中，萬有是從上帝身中自然流出，則談不上創(chuàng)造；若此質(zhì)料存在于上帝之外，與上帝并立，則上帝就非絕對(duì)無二。關(guān)于上帝為" 眾生之父，" 章太炎說：" 父者，有人格之名" ，既有人格，就要有配偶才能生殖子女，若如此，上帝就不是絕對(duì)無二；若說上帝無需配偶便能生殖，則他就成了獨(dú)父而生，但" 可以獨(dú)父而生，此則單性生殖，為動(dòng)物最下階"。最后，章太炎指出：" 若萬物必有作者，則作者亦更有作者，推而極之至于無窮。然則神造萬物，亦必被造于他，他又被造于他，此因明所謂犯無窮過者。" 這樣，有神論者就在邏輯上犯了" 循環(huán)論證" 的錯(cuò)誤。" 以此斷之，則無神可知已。" (以上均見《無神論》）
在批判有神論過程中，章太炎還批評(píng)了康德關(guān)于上帝有無問題超出人的認(rèn)識(shí)范圍之外、因而既不能肯定也不能否定的觀點(diǎn)。他指出，一個(gè)東西的存在，不外通過感覺(" 見量")、內(nèi)心省察(" 自證")和推理(" 比量")來證明，但是上帝既" 非由見量，亦非自證" 可知，而" 比量又不可合于論理" ，(《無神論》）因此它只能是個(gè)虛撰的概念，故與其說上帝超越認(rèn)識(shí)范圍之外，毋寧斷言它是不存在的"。章太炎不僅尖銳批判了有神論，而且還探討了宗教產(chǎn)生的根源，得出了與費(fèi)爾巴哈關(guān)于" 不是上帝創(chuàng)造人，而是人創(chuàng)造了上帝"的觀點(diǎn)相類似的結(jié)論，即認(rèn)為宗教是人的" 血?dú)庑闹?/span>" 的產(chǎn)物。(《訄書.原教下》）
作為身處社會(huì)巨變前夜的革命家和既熟悉中國(guó)傳統(tǒng)文化又接觸到西方新思潮的思想家，章太炎一方面極其注重人的能動(dòng)性，希望能激勵(lì)人們充分發(fā)揮這種能動(dòng)作用以推翻封建專制制度，砸碎束縛思想的形形色色有神論的枷鎖，實(shí)現(xiàn)自由、平等、民主的理想；另一方面對(duì)西方社會(huì)的現(xiàn)實(shí)異常失望，因而孜孜探求能純凈人們心靈、增進(jìn)國(guó)民道德的理論武器。
章太炎把道德的頹廢提到" 亡國(guó)滅種之根極" 和" 革命不成之原" (《革命之道德》）的高度來看待，因此十分重視振興道德的方法或途徑。他繼承顧炎武的思想，認(rèn)為要振興道德，就必須做到" 知恥" (有廉恥）、" 重厚" (厚道而不輕?。?、" 耿介" (正直而不同于流俗）和" 必信" (信用）。這四條" 若能則而行之，率履不越，則所謂確固堅(jiān)厲，重然諾、輕生死者，于是在乎。" (同上）與康德一樣，章太炎強(qiáng)調(diào)道德出于意志自由：" 所以維持道德者，純?cè)谝雷?，不在依他?/span>" (《答鐵錚》）主張人的德性" 自本吾隱愛之念以成，非有他律為之規(guī)定。" (同上）在他看來，美德的形成與信念(" 隱愛之念")密切相關(guān)，而信念則要靠宗教來培養(yǎng)。
由此，他提出了建立" 無神教" 的口號(hào)，認(rèn)為" 若沒有宗教，這道德必不能增進(jìn)" (《演說錄》）并認(rèn)為佛教就是能滿足上述要求的最可用的宗教。因?yàn)榉鸾?/span>" 最重平等" (《建立宗教論》），講舍己救人，故與革命的理想相符。同時(shí)，佛教主張" 萬法唯心" ，" 一切有形的色相，無形的法塵，總是幻見幻想，并非實(shí)有" (《演說錄》），提倡" 依自不依他" ，富有自我犧牲精神，因此佛教是" 無神教" ，是激勵(lì)人們蔑視一切權(quán)威、掙脫一切束縛的最有力的理論武器。這種理論武器在實(shí)踐上能令人" 排除生死，旁若無人，布衣麻鞋，經(jīng)行獨(dú)往，上無政黨猥賤之操，下作惴夫奮矜之氣，以此揭橥，庶于中國(guó)前途有益。" (《答鐵錚》）再有，佛教提倡" 普渡眾生，頭目腦髓，都可施舍與人" (《演說錄》），最有利于去除畏死心，拜金心、奴隸心、屈退心、懦怯心、浮華心、猥賤心、詐偽心，所以對(duì)增進(jìn)革命道德最為有益。鑒于此，他斷言" 繼起之宗教，必釋教無疑" (《建立宗教論》），認(rèn)為只要用佛教" 華嚴(yán)、法相二宗改良舊法" (同上），使其成為革命者的共同信仰，就能振奮革命精神，增進(jìn)革命道德，實(shí)現(xiàn)革命的理想了。
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