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環(huán)狀RNA中誰才是肝細(xì)胞癌的明星標(biāo)記物?


作者:蚍蜉玉

轉(zhuǎn)載請注明:解螺旋·臨床醫(yī)生科研成長平臺


最近小編在閱讀文獻(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)越來越多的研究者開始關(guān)注環(huán)狀RNA作為腫瘤的明星標(biāo)記物,為此小編也追著余熱探索一下誰才是真正肝細(xì)胞癌的標(biāo)記物。在PUBMEND 中輸入檢索式(circRNA) and hepatocellular[Title],有7條相關(guān)結(jié)果檢索出來,如下:

接下來小編則按順序依次介紹一下這篇文章大致做了些什么?

1

Circular RNA MTO1 acts as the sponge of miR-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression

該文是描述肝細(xì)胞癌的腫瘤標(biāo)記物的精彩文章,文章從結(jié)構(gòu)上分析是完全按照ceRNA的機(jī)制分三個(gè)階段驗(yàn)證。

首先是利用芯片分析篩選出環(huán)狀RNA-circMTO1,進(jìn)而在肝細(xì)胞癌的組織中進(jìn)一步驗(yàn)證,并且值得一提的是還在預(yù)后的病人組織中進(jìn)行驗(yàn)證。

第二階段利用MiRanda Program預(yù)測可能與其結(jié)合的miRNA,并且采用circMTO1探針技術(shù)進(jìn)行RIP實(shí)驗(yàn)富集到了預(yù)測的miR-9,該小RNA在預(yù)測的候選miRNA中。第三階段,探索miR-9的靶向mRNA-P21,并且采用體內(nèi)和體外的豐富的實(shí)驗(yàn)技術(shù)共同驗(yàn)證。

最后作者總結(jié)為circMTO1 可能會(huì)成為最值得考慮的具有潛在的預(yù)后診斷價(jià)值以及治療肝細(xì)胞癌的有效藥物靶點(diǎn)。

2

Screening differential circular RNA expression profiles reveals hsa_circ_0004018 is associated with hepatocellular carcinoma

通過文章的題目可知作者通過篩選不同的環(huán)狀RNA的表達(dá)水平揭示出hsa_circ_0004018 是與肝細(xì)胞癌相關(guān)的環(huán)狀RNA,那就來看看文章是通過什么實(shí)驗(yàn)技術(shù)篩選和驗(yàn)證的吧?

首先通過circRNA microarray分析到hsa_circ_0004018,并且用qRT-PCR技術(shù)驗(yàn)證出hsa_circ_0004018在肝細(xì)胞癌的表達(dá)水平中顯著性降低,接著又進(jìn)一步證實(shí)hsa_circ_0004018與肝細(xì)胞癌的臨床病理特征的相關(guān)性分析,更值得學(xué)習(xí)的是本文作者還比較了在慢性肝炎、肝硬化和肝細(xì)胞癌患者三種肝臟疾病中hsa_circ_0004018的表達(dá)水平,用ROC面積曲線展示。

最后作者總結(jié)出,hsa_circ_0004018 不僅是肝細(xì)胞癌的具有診斷性意義的標(biāo)記物,而且在肝細(xì)胞癌的形成和代謝中發(fā)揮著重要作用。

3

Computational identifying and characterizing circular RNAs and their associated genes in hepatocellular carcinoma

這是一篇利用計(jì)算機(jī)分析并鑒定與肝細(xì)胞癌相關(guān)circRNA以及預(yù)測與該circRNA相關(guān)基因的文章。

文章利用RNA-seq data預(yù)測出肝細(xì)胞癌相關(guān)circRNA,通過篩選與蛋白編碼基因(PCGs)相關(guān)的circRNA,探索其生物學(xué)功能。在腫瘤組織和正常組織中觀察肝細(xì)胞癌相關(guān)的circRNA和PCGs相關(guān)的circRNA的表達(dá)情況,發(fā)現(xiàn)其差異顯著。并且PCGs相關(guān)的circRNA在各種疾病中的表達(dá)具有廣譜性。

最后作者總結(jié)到circRNA會(huì)是肝細(xì)胞癌發(fā)生的關(guān)鍵因子,將會(huì)成為探索肝細(xì)胞癌治愈的有利資源。

4

ZKSCAN1 gene and its related circular RNA (circZKSCAN1) both inhibit hepatocellular carcinoma cell growth, migration and invasion but through different signaling pathways

這是一篇ZKSCAN1線性和環(huán)狀的RNA研究,本文的作者采用的是收集102個(gè)肝細(xì)胞腫瘤病人的樣本進(jìn)行隊(duì)列研究,實(shí)施RT-PCR技術(shù)發(fā)現(xiàn)了ZKSCAN1 mRNA 和circZKSCAN1與正常人群組織相比表達(dá)水平均下降。

功能上的驗(yàn)證,通過抑制ZKSCAN1 mRNA 和circZKSCAN1的表達(dá)發(fā)現(xiàn)能夠促進(jìn)細(xì)胞的增殖、遷移和浸潤,同時(shí),在體內(nèi)和體外過表達(dá)ZKSCAN1 mRNA 和circZKSCAN1后抑制了肝細(xì)胞癌的進(jìn)一步惡化(驗(yàn)證過程是豐富多彩的),為此作者最后總結(jié) 出該cirZKSCAN1 可能成為肝細(xì)胞癌的有效標(biāo)記物。

5

The circular RNA ciRS-7 (Cdr1as) acts as a risk factor of hepatic microvascular invasion in hepatocellular carcinoma

眾所周知,在斑馬魚和胰島細(xì)胞中ciRS-7 與其可結(jié)合的miRNA-miR-7發(fā)揮著重要的抑制作用,而且miR-7已被報(bào)道是肝細(xì)胞癌的重要抑制因子,所以該作者想嘗試在肝微血管癌浸潤中兩者是不是也發(fā)揮著重要的作用。

該文收集102個(gè)肝細(xì)胞癌病人的樣本進(jìn)行配對研究,用qRT-PCR檢測ciRS-7和miR-7以及miR-7-targeted mRNAs的核酸水平;觀察ciRS-7的表達(dá)水平以及ciRS與臨床病理特征的相關(guān)性;用單變量和多元邏輯回歸分析到ciRS-7是肝臟微血管浸潤的潛在危險(xiǎn)因子 。

最后作者總結(jié)到 ciRS-7 有望成為肝臟微血管浸潤的標(biāo)記物,并且有望成為治療肝臟微血管浸潤的新目標(biāo)。

6

Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals that hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development

本文先在肝細(xì)胞癌組織中選擇3組配對的樣本芯片篩選出3種環(huán)狀RNA,并且候選的circRNA在60個(gè)肝細(xì)胞癌組織中進(jìn)行驗(yàn)證。通過比較篩選出差異環(huán)狀RNA hsa_circ_0005075,利用AUC曲線分析其潛在的診斷肝細(xì)胞癌價(jià)值。

另外還建立了強(qiáng)大的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu), 利用mirSVR預(yù)測該環(huán)狀RNA可能結(jié)合的小RNA;利用 TargetScan和miRanda預(yù)測小RNA的靶向mRNA。最終作者總結(jié)為hsa_circ_0005075 可能是肝細(xì)胞癌的新型標(biāo)記物并且具有很高程度的準(zhǔn)確性,特異性和敏感性。

7

Hsa_circ_0001649 A circular RNA and potential novel biomarker for hepatocellular carcinoma

此文收集了89個(gè)配對的肝細(xì)胞癌的組織樣本,然后利用了qpcr技術(shù)檢測,篩選出Hsa_circ_0001649,其在肝細(xì)胞癌中的表達(dá)水平是下降的。

通過用ROC曲線描述Hsa_circ_0001649與臨床病理特征之間的敏感性和特異性,表明Hsa_circ_0001649與腫瘤的大小和血栓的發(fā)生具有相關(guān)性,最終作者認(rèn)為Hsa_circ_0001649可以作為肝細(xì)胞腫瘤的潛在標(biāo)記物,并且會(huì)影響肝細(xì)胞腫瘤的生成和代謝。

親愛的讀者,看完這七篇文章,有沒有想探究一下環(huán)狀RNA會(huì)不會(huì)是其他癌組織的明星標(biāo)記物,這里提供計(jì)算機(jī)預(yù)測環(huán)狀RNA,并且有供你選擇的豐富的實(shí)驗(yàn)技術(shù),快快行動(dòng)吧。

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