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LncRNA在許多不同的生物學(xué)過(guò)程中起著重要的功能作用，但并非所有l(wèi)ncRNA都具有功能。因此有必要收集所有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的功能性lncRNA（EVlncRNA）及其序列、結(jié)構(gòu)和在中央數(shù)據(jù)庫(kù)中標(biāo)注的功能。來(lái)自德州學(xué)院生物物理研究院（山東省生物物理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）王吉華、周耀旗課題組的研究人員在Nucleic Acids Research雜志上發(fā)表文章，更新了EVLncRNA2.0數(shù)據(jù)庫(kù)中的已驗(yàn)證的lncRNA信息，該數(shù)據(jù)庫(kù)可從https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/免費(fèi)獲得。

RNA編碼的轉(zhuǎn)錄物（包括非編碼RNA）比蛋白質(zhì)多一個(gè)數(shù)量級(jí)，這為我們對(duì)基因組調(diào)控的理解提供了范式轉(zhuǎn)變。特別是長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA），已成為每個(gè)生物過(guò)程的關(guān)鍵參與者，并與許多人類疾病相關(guān)，包括癌癥、心血管疾病和神經(jīng)退行性疾病。LncRNA可以調(diào)節(jié)順式基因表達(dá)并反式發(fā)揮功能。越來(lái)越多的研究表明，lncRNA通過(guò)調(diào)節(jié)靶基因的表達(dá)發(fā)揮功能，而遺傳變異（例如單核苷酸多態(tài)性SNP）可能會(huì)影響lncRNA的表達(dá)。這些lncRNA分子也許是在分子水平上完成對(duì)生物體理解的最后一個(gè)難題。隨著高通量技術(shù)的普及和發(fā)展，根據(jù)高通量數(shù)據(jù)（HTLncRNA）預(yù)測(cè)的lncRNA數(shù)量呈指數(shù)增長(zhǎng)，可參考NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)中的歷史數(shù)據(jù)。相比之下，通過(guò)低通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)驗(yàn)證的功能性lncRNA（EVLncRNA）數(shù)量直到2016年之后才出現(xiàn)增加。HTlncRNA數(shù)量與EVlncRNA數(shù)量之間的巨大差異需要一個(gè)獨(dú)立而又全面的數(shù)據(jù)庫(kù)，用于收集EVlncRNA的序列、結(jié)構(gòu)和功能以及相關(guān)的表型，這與UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)蛋白質(zhì)所做數(shù)據(jù)庫(kù)的相似。EVlncRNAs數(shù)據(jù)庫(kù)是第一個(gè)接受這種挑戰(zhàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)。 

自發(fā)布以來(lái)，EVlncRNAs數(shù)據(jù)庫(kù)仍然是經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的功能性lncRNA的唯一綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。隨著人們對(duì)lncRNA的興趣日益增長(zhǎng)，相關(guān)研究和出版物的數(shù)量呈指數(shù)增長(zhǎng)，尤其是在這些年（從1990年到2020年8月），不斷發(fā)現(xiàn)了新穎的功能和機(jī)制。例如，LINC-PINT是編碼肽的環(huán)狀lncRNA，可抑制膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中的致癌轉(zhuǎn)錄延伸。尿液中外泌體lncRNA MALAT1、PCAT-1和SPRY4-IT1的表達(dá)特征可以作為診斷和預(yù)測(cè)膀胱癌復(fù)發(fā)的非侵入性生物標(biāo)志物。

在這篇文章里，研究人員報(bào)告了EVLncRNA 2.0版的重大更新，方法是從過(guò)去四年（2016年5月1日至2020年5月15日）的19245篇文章中手動(dòng)提取信息。新版本現(xiàn)在包含40種EVlncRNA，共有124種，比以前的版本增加了一倍以上。具體來(lái)說(shuō)，帶注釋的EVlncRNA的數(shù)量、相關(guān)疾病、lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)和相互作用記錄分別比之前增加了260％、320％、484％和537％。此外，數(shù)據(jù)庫(kù)增加了幾個(gè)新類別：8個(gè)lncRNA結(jié)構(gòu)，33個(gè)外泌體lncRNA，188個(gè)環(huán)狀RNA和1079個(gè)耐藥、耐化療和抗應(yīng)激lncRNA。此版本還帶有高度交互的視覺(jué)交互網(wǎng)絡(luò)，可幫助用戶跟蹤lncRNA、miRNA、蛋白質(zhì)、基因和其他功能元件之間的潛在關(guān)系。此外，它提供了四個(gè)新的生物信息學(xué)工具的鏈接，這些工具具有改進(jìn)的數(shù)據(jù)瀏覽和搜索功能。EVLncRNAs 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)可從https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/免費(fèi)獲得。