国产精品二区三区免费播放心,在线综合亚洲欧美自拍,福利视频99

新輔助化療前后測序、單細(xì)胞測序成就10 CCR

2020.11.28

Changes in peripheral and local tumor immunity after neoadjuvant chemotherapy reshape clinical outcomes in patients with breast cancer

新輔助化療前后乳腺癌患者腫瘤免疫浸潤程度的改變以及與患者預(yù)后之間的關(guān)聯(lián)分析

1.數(shù)據(jù)

本文所需的三組患者均接受新輔助治療（NAC）并有治療前后組織的測序數(shù)據(jù)。

2.新輔助化療前后的免疫改變

研究者首先對(duì)患者新輔助化療前后的免疫變化進(jìn)行研究，對(duì)于那些不完全響應(yīng)的患者而言，sTILs浸潤較高與總生存時(shí)間和無復(fù)發(fā)生存時(shí)間顯著延長有關(guān)（圖1A）。

為測量NAC誘導(dǎo)的腫瘤免疫微環(huán)境的轉(zhuǎn)錄變化，研究者使用nanoString對(duì)770個(gè)免疫相關(guān)基因治療前后的轉(zhuǎn)錄變化進(jìn)行分析(n=83)。不同亞型治療前后基因表達(dá)變化如圖1B所示，大部分TNBC患者在NAC后免疫基因發(fā)生表達(dá)下調(diào)（圖1C），表明NAC對(duì)TNBC中的免疫基因起到表達(dá)抑制作用。

圖1. 新輔助化療前后的免疫改變

3.NAC誘導(dǎo)的免疫基因表達(dá)變化與TNBC預(yù)后

基于TNBC患者治療前后免疫相關(guān)基因的改變（轉(zhuǎn)錄后-轉(zhuǎn)錄前的表達(dá)改變值）分別進(jìn)行總體生存時(shí)間(OS)和無復(fù)發(fā)生存(RFS)時(shí)間的單因素cox回歸分析，11個(gè)基因的上調(diào)與RFS的改善相關(guān)，1個(gè)基因的上調(diào)與更差的RFS顯著相關(guān)，大量基因的上調(diào)與OS延長，少數(shù)與OS縮短有關(guān)（圖2A）。CDH1上調(diào)與生存時(shí)間延長有關(guān)，CD70下調(diào)與生存時(shí)間延長有關(guān)（圖2B）。

圖2. NAC誘導(dǎo)的免疫基因表達(dá)變化與TNBC預(yù)后

在單個(gè)基因表達(dá)變化的基礎(chǔ)上，為提高對(duì)高維數(shù)據(jù)的解釋，研究者通過將多個(gè)基因壓縮成通路或定義其功能來降低維度。首先將單基因表達(dá)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為生物信息學(xué)分類的免疫特征得分(該類別中所有基因的log2表達(dá)值的總和)，并對(duì)該通路免疫特征得分的變化與生存時(shí)間的關(guān)聯(lián)進(jìn)行分析（圖3A）。其中，T細(xì)胞激活和NK細(xì)胞通路得分上調(diào)和預(yù)后較好（OS，RFS）相關(guān)（圖3B）。在其他類型乳腺癌患者中沒有觀察到這種現(xiàn)象。

圖3. NAC誘導(dǎo)的免疫特征得分變化與TNBC預(yù)后

4.NAC對(duì)腫瘤和外周血T細(xì)胞克隆和功能的影響

T細(xì)胞響應(yīng)的特征是抗原特異性T細(xì)胞的寡克隆擴(kuò)張，因此研究者對(duì)NAC前后患者T細(xì)胞克隆的數(shù)量(多樣性)和擴(kuò)增T細(xì)胞克隆的存在情況進(jìn)行研究。為進(jìn)一步研究治療對(duì)T細(xì)胞克隆和功能的影響，研究者收集4名乳腺癌患者(包括2名TNBC)在NAC前后的外周血單細(xì)胞(圖4A)，并對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分選。在TNBC患者中，經(jīng)TCR刺激后能夠表達(dá)多種細(xì)胞因子的多功能性的PD-1-HI CD8+ T細(xì)胞比例在NAC后升高(圖4B)，ER+乳腺癌患者的PD-1-HI CD8+細(xì)胞群在NAC后出現(xiàn)功能下降或停滯(圖4B)。在NAC后，ER+HER2+患者的T細(xì)胞功能幾乎完全喪失。TNBC患者PD-1-HI CD8+細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子主要是效應(yīng)因子和化療吸引因子(圖4C)。通過TCR測序分析NAC前后血液中的PD-1-HI CD8+和PD-1NEG CD8+ T細(xì)胞。雖然各樣本檢測到的T細(xì)胞數(shù)量一致，但在PD-1-HI CD8+ T細(xì)胞檢測到的克隆型(unique TCRs)顯著降低(圖4D)。這說明PD-1-HI人群中檢測到更多重復(fù)序列，提示克隆擴(kuò)增。與此觀察相一致的是，PD- 1-HI中擴(kuò)張的克隆亞型在整個(gè)TCR庫中所占的比例明顯高于PD- 1-NEG CD8+ T細(xì)胞 (圖4E)。

圖4. TNBC化療后CD8+ PD-1-HI外周血T細(xì)胞免疫功能增強(qiáng)

5.PD-1-HI CD8+ T細(xì)胞的單細(xì)胞RNAseq分析識(shí)別特異性細(xì)胞溶解標(biāo)志物

接著，研究者使用兩名TNBC患者（一名有殘留病灶，Pt. 4；一名發(fā)生轉(zhuǎn)移，Pt. 1）NAC后外周血中PD-1-HI CD8+ T細(xì)胞群進(jìn)行單細(xì)胞分析?；赨MAP對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分類（圖5A-B），在不同類別中表達(dá)差異最大的10個(gè)基因圖5C所示，cluster 0在Pt. 4中被特異性的富集到。在cluster0特異性高表達(dá)的基因主要有高細(xì)胞毒性的記憶T細(xì)胞基因，MHC-I/II，溶細(xì)胞和免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因（圖5C-D）。

為更深入了解在cluster0中特異性表達(dá)的基因，研究者對(duì)兩名TNBC患者NAC后外周血單細(xì)胞進(jìn)行RNA測序，利用UMAP進(jìn)行降維，SingleR對(duì)細(xì)胞類型進(jìn)行注釋（圖5E）。在之前研究中識(shí)別到的8個(gè)基因在CD8+ T細(xì)胞和自然殺傷細(xì)胞中表達(dá)最高(圖5E-F)。

圖5. 2例TNBC患者NAC后CD8+ PD-1-HI外周血T細(xì)胞的單細(xì)胞RNA測序顯示細(xì)胞溶解標(biāo)志物的高表達(dá)

6.細(xì)胞溶解特征基因表達(dá)與復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)增加

基于Kruskal-Wallis檢驗(yàn)對(duì)不同復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)狀態(tài)下8個(gè)特征基因表達(dá)進(jìn)行比較，研究者發(fā)現(xiàn)大部分基因和聯(lián)合基因得分在早期復(fù)發(fā)樣本中高表達(dá)，說明細(xì)胞溶解特征基因表達(dá)與復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)（圖6A-C）。

圖6. 細(xì)胞溶解特征基因表達(dá)與復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)增加

本篇文章主要是對(duì)新輔助化療前后乳腺癌患者腫瘤免疫浸潤程度的改變以及與患者預(yù)后之間的關(guān)系進(jìn)行研究，包括免疫相關(guān)基因表達(dá)，不同免疫細(xì)胞浸潤狀態(tài)等，并通過單細(xì)胞分析進(jìn)一步識(shí)別出特異性細(xì)胞溶解標(biāo)志物，細(xì)胞溶解標(biāo)志物的高表達(dá)和復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)。這篇文章具有比較高的臨床轉(zhuǎn)化意義，基礎(chǔ)研究很重要，把研究成果轉(zhuǎn)化成具有臨床價(jià)值的標(biāo)志物也同等重要，小伙伴們?cè)谧鲅芯繒r(shí)也要思考如何把實(shí)驗(yàn)成果進(jìn)行轉(zhuǎn)化哦。今天的內(nèi)容就是這些，我們下次再見啦~

本站僅提供存儲(chǔ)服務(wù)，所有內(nèi)容均由用戶發(fā)布，如發(fā)現(xiàn)有害或侵權(quán)內(nèi)容，請(qǐng)點(diǎn)擊舉報(bào)。

打開APP，閱讀全文并永久保存查看更多類似文章

Cell文獻(xiàn)解讀丨同是研究三陰乳腺癌，為何偏偏它有28分？ – GCBI學(xué)院

單細(xì)胞測序高分文章揭示腫瘤免疫微環(huán)境

【Cell】解密乳腺癌：從生物學(xué)基礎(chǔ)到臨床

單細(xì)胞多組學(xué)揭示PD-L1免疫治療聯(lián)合紫杉醇化療在三陰性乳腺癌中的作用機(jī)制

單細(xì)胞破解耐藥型三陰性乳腺癌

新發(fā)現(xiàn)！復(fù)旦大學(xué)高強(qiáng)團(tuán)隊(duì)揭示結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的免疫動(dòng)態(tài)變化|腫瘤|微環(huán)境|細(xì)胞

更多類似文章 >>

九色国产,午夜在线视频,新黄色网址,九九色综合,天天做夜夜做久久做狠狠,天天躁夜夜躁狠狠躁2021a,久久不卡一区二区三区