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推薦一個做微生物生態(tài)的小伙子和他的網(wǎng)站

https://jkzorz.github.io/

關(guān)于杰克

關(guān)于我我叫杰克（Jackie），在攻讀碩士學(xué)位期間，我開始研究R和微生物生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)，當時我正在研究數(shù)百種海洋16S rRNA擴增子測序樣品。我已經(jīng)將多年來使用的一些代碼編譯到這些教程中。希望您對他們有所幫助！

介紹

分析微生物生態(tài)數(shù)據(jù)我將這些教程用作跟蹤用于生成R可視化和統(tǒng)計分析的代碼的地方，特別是為了可視化和分析大型微生物生態(tài)數(shù)據(jù)集。我還談到了關(guān)于微生物擴增子/標記基因數(shù)據(jù)的分析/可視化，但是這些分析可以擴展到幾乎任何情況下使用樣本x物種豐度/頻率或樣本x數(shù)值變量類型輸出。

免責(zé)聲明：我絕對不是R專家，這也許在我的代碼中很明顯。但是，過去，我教程中的所有代碼都對我有用，并為我提供了想要的結(jié)果。在R中獲得相同的最終產(chǎn)品可能有數(shù)百種不同和/或更優(yōu)雅的方法，因此可以根據(jù)需要隨時進行調(diào)整。

無論如何，我也不是統(tǒng)計專家，而且我在很大程度上依賴一些非常有用的資源。我要去的是GUSTAME，它是微生物生態(tài)學(xué)統(tǒng)計分析的指南。還有他們的論文。

• Multivariate analyses in microbial ecology

• A guide to statistical analysis in microbial ecology: a community-focused, living review of multivariate data analyses

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