2021 年 3 月，《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》（以下簡(jiǎn)稱(chēng)《指引》）在《循證醫(yī)學(xué)》正式發(fā)布，作為中國(guó)首個(gè)針對(duì)二代測(cè)序（Next Generation Sequencing, NGS）報(bào)告解讀規(guī)范性文件，《指引》不僅為檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)提供了如何規(guī)范 NGS 報(bào)告的指南，也為臨床醫(yī)生提供了解讀策略，將進(jìn)一步規(guī)范中國(guó)腫瘤 NGS 報(bào)告的臨床實(shí)踐，為廣大患者的臨床獲益提供保障。
我們邀請(qǐng)了《指引》的執(zhí)筆組長(zhǎng)，廣東省肺癌研究所所長(zhǎng)張緒超教授，為我們講述《指引》誕生背后的故事。
「讓中國(guó)臨床醫(yī)生能夠在二代測(cè)序報(bào)告解讀當(dāng)中成為專(zhuān)家，更準(zhǔn)確地把報(bào)告數(shù)據(jù)應(yīng)于臨床精準(zhǔn)診斷和用藥」
Q：張緒超教授，您好，首先恭喜《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》正式發(fā)布，您作為執(zhí)筆組長(zhǎng)，能為我們介紹一下《指引》的初衷和目標(biāo)嗎？
張緒超教授：NGS 檢測(cè)服務(wù)已經(jīng)成為臨床實(shí)踐的常規(guī)，也是臨床精準(zhǔn)用藥的必備工具。但全球臨床醫(yī)生在 NGS 解讀報(bào)告能力方面都有待進(jìn)一步提升，如果過(guò)度解讀、無(wú)法解讀或者是不正確的解讀具體報(bào)告，都不利于患者臨床用藥。國(guó)際上第三方公司和管理機(jī)構(gòu)都要求規(guī)范的報(bào)告結(jié)果和解讀，這種規(guī)范對(duì)于 NGS 最后一公里應(yīng)用于臨床非常重要。所以我們制定《指引》的目標(biāo)和初衷就是讓中國(guó)臨床醫(yī)生能夠在二代測(cè)序報(bào)告解讀當(dāng)中成為專(zhuān)家，能夠更好地、更準(zhǔn)確地把這些報(bào)告的數(shù)據(jù)應(yīng)用于臨床精準(zhǔn)診斷和用藥。
「簡(jiǎn)潔明確，能夠讓醫(yī)生一看就懂」
Q：《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》有哪些亮點(diǎn)？
張緒超教授：《指引》亮點(diǎn)主要包括：
● 第一是簡(jiǎn)潔精煉
專(zhuān)家組是希望通過(guò)簡(jiǎn)化的方式，讓我們臨床醫(yī)生一看就能夠理解，從而快速、準(zhǔn)確解讀 NGS 報(bào)告。《指引》也是我們現(xiàn)在知道的首個(gè)針對(duì)二代測(cè)序報(bào)告解讀規(guī)范性文件（中文版）。
● 第二是凝聚多學(xué)科專(zhuān)家的智慧
《指引》在吳一龍教授（CSCO 臨床腫瘤標(biāo)志物主任委員、《指引》名譽(yù)主編）帶領(lǐng)下，匯聚 80 多位專(zhuān)家參與討論并成功撰寫(xiě)最終定稿。綜合了臨床分子病理學(xué)、分子生物學(xué)和生物信息學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域的專(zhuān)家的意見(jiàn)和建議，適用于當(dāng)前的腫瘤二代測(cè)序的臨床應(yīng)用和解讀。
其中最大的亮點(diǎn)就是簡(jiǎn)潔明確，能夠讓醫(yī)生一看就懂，能夠把 NGS 關(guān)鍵性信息準(zhǔn)確的抓取出來(lái)，應(yīng)用臨床。
「三大部分組成《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》核心內(nèi)容」
Q：您能否為我們介紹一下《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》內(nèi)容，并舉例說(shuō)明該《指引》對(duì)臨床的具體價(jià)值？
張緒超教授：我們通過(guò)簡(jiǎn)潔明確的方式讓醫(yī)生掌握解讀 NGS 報(bào)告的三大核心內(nèi)容：驅(qū)動(dòng)基因變異解讀、臨床決策的關(guān)鍵點(diǎn)，以及報(bào)告質(zhì)控。
第一部分驅(qū)動(dòng)基因，主要內(nèi)容是怎么樣去抓取最關(guān)鍵的驅(qū)動(dòng)基因，特別是可靶向的基因的變異，它既是變異的信息，也是用藥的靶點(diǎn)，是能夠影響臨床決策的內(nèi)容。為此，我們提供了一個(gè)決策樹(shù)，幫助臨床專(zhuān)家理解單個(gè)的驅(qū)動(dòng)基因以及多個(gè)驅(qū)動(dòng)基因變異的差異，以及在臨床不同的場(chǎng)景下的解決方案，準(zhǔn)確的把這些關(guān)鍵性信息應(yīng)用于臨床。
第二部分是臨床決策的關(guān)鍵點(diǎn)有哪些？特別是全陰報(bào)告的解讀、單個(gè)的變異位點(diǎn)和多個(gè)變異位點(diǎn)的解讀邏輯，胚系的突變?nèi)绾稳シ旨?jí)注釋?zhuān)约叭绾伟堰@些信息綜合起來(lái)應(yīng)用臨床。舉個(gè)例子，一份全陰報(bào)告也會(huì)影響臨床決策。首先我們要關(guān)注全陰報(bào)告是不是真陰性，這時(shí)我們要進(jìn)一步看第三部分：報(bào)告的質(zhì)量。
第三部分報(bào)告的質(zhì)控（Quality Control，以下簡(jiǎn)稱(chēng)「QC」）是任何一個(gè)臨床檢測(cè)都要關(guān)注的內(nèi)容。 NGS 作為一個(gè)復(fù)雜的系統(tǒng)工具，更要關(guān)注 QC，所以我們專(zhuān)門(mén)描述了如何讓臨床醫(yī)生看懂 QC，判斷該檢測(cè)報(bào)告是否提供了確鑿的信息幫助醫(yī)生決策。即使是陰性的報(bào)告，也能幫助醫(yī)生判斷臨床管理的患者當(dāng)前基因狀態(tài)，具有一定的參考價(jià)值。
我們也希望廣大臨床醫(yī)生在應(yīng)用《指引》的時(shí)候，能夠?qū)@三個(gè)部分進(jìn)行一些歸納總結(jié)，以自己的方式去準(zhǔn)確把握 NGS 報(bào)告的解讀。
「全方位關(guān)注 NGS 報(bào)告質(zhì)控」
Q：您剛剛提到對(duì)于一份 NGS 報(bào)告，質(zhì)控是非常重要的，您能否詳細(xì)說(shuō)明一下標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)控都包含哪些？另外為什么這么重要？
張緒超教授：NGS 作為一個(gè)復(fù)雜的系統(tǒng)、多步驟的臨床基因檢測(cè)工具，一份準(zhǔn)確的報(bào)告是來(lái)自于各個(gè)環(huán)節(jié)高質(zhì)量的完成。所以它的質(zhì)控是分成多方面的，可以簡(jiǎn)單的分為樣本分析前、分析過(guò)程、分析后。
分析前包括了臨床樣本的采集，如果是腫瘤組織標(biāo)本，我們要知道腫瘤細(xì)胞的含量是多少；如果是采集血液樣本、血漿樣本，我們應(yīng)該知道血漿樣本的 DNA 的質(zhì)量、數(shù)量。
分析中的實(shí)驗(yàn)過(guò)程，建庫(kù)數(shù)據(jù)質(zhì)控是關(guān)鍵性的參數(shù)。
在可報(bào)告的范圍，在數(shù)據(jù)分析的過(guò)程中，實(shí)驗(yàn)過(guò)后數(shù)據(jù)獲得和分析也很重要，采用什么樣的流程來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)的最終分析？以及檢測(cè)的這些靶向測(cè)序的范圍是否覆蓋度達(dá)到了我們的預(yù)期要求，每一個(gè)堿基的 Q30 值（表示一個(gè)堿基的質(zhì)量值，也表示該堿基錯(cuò)誤率百分比。Q30 指堿基質(zhì)量值為 30，錯(cuò)誤率為 0.1%，正確率為 99.99%。），是否達(dá)到我們的質(zhì)控要求等關(guān)鍵性參數(shù)。質(zhì)控報(bào)告里面還要包括一些生物材料的信息，檢測(cè)方法以及這些檢測(cè)方法帶來(lái)的局限性是什么。
一般情況下，檢測(cè)報(bào)告要求要把上述這些關(guān)鍵點(diǎn)呈現(xiàn)出來(lái)，讓臨床醫(yī)生想要去獲得相關(guān)信息時(shí)，一看就知道樣本處理是不是合格的，實(shí)驗(yàn)過(guò)程是不是合格的，以及數(shù)據(jù)的分析和報(bào)告是不是規(guī)范的。如果這些質(zhì)控點(diǎn)都是合格的，我們相信這一份報(bào)告的質(zhì)量是非常好的。
「液體活檢是臨床當(dāng)前和未來(lái)非常重要的一種方式」
Q：今年肺癌高峰論壇吳一龍教授《肺癌 MRD 的檢測(cè)和臨床應(yīng)用共識(shí)》的制定將液體活檢的應(yīng)用推到了一個(gè)新的領(lǐng)域和高度，您如何看液體活檢的應(yīng)用前景和挑戰(zhàn)？
張緒超教授：液體活檢是非常重要的一種方式，它已經(jīng)應(yīng)用于臨床，而且應(yīng)用范圍會(huì)越來(lái)越廣泛：不僅是所應(yīng)用的生物材料更加廣泛，它的技術(shù)也更加廣泛。液體活檢在臨床的管理過(guò)程當(dāng)中，適用于包括疾病的全程管理在內(nèi)的各個(gè)場(chǎng)景，已經(jīng)成為臨床當(dāng)前和未來(lái)非常重要的一種方式。
以微小殘留病灶（Minimal Residual Disease，MRD）為例，作為微小疾病，MRD 是指已經(jīng)明確診斷的病人，在治療過(guò)程當(dāng)中，比如手術(shù)干預(yù)切除或在獲得很好的治療之后，通過(guò)血液液體活檢的方式來(lái)探測(cè)病人體內(nèi)是否還存在這種分子疾病。這無(wú)疑對(duì)當(dāng)前的檢測(cè)技術(shù)是一個(gè)很大的挑戰(zhàn)，技術(shù)上的挑戰(zhàn)要求我們把技術(shù)的能力更加提高，才能夠探測(cè)到這些微小的信息。
它所面臨的挑戰(zhàn)包括兩方面，首先技術(shù)上要非常精準(zhǔn)和敏感；其次我們對(duì)于 MRD 的方法要進(jìn)一步的優(yōu)化，通過(guò)更加嚴(yán)格地質(zhì)控來(lái)強(qiáng)化檢測(cè)質(zhì)量以及它的敏感性。
2020 年，全球范圍內(nèi)多個(gè)機(jī)構(gòu)在研究 MRD 時(shí)取得了出色的成果，這些成果告訴我們探測(cè) MRD 時(shí)，在保證生物材料的質(zhì)量的條件下，要把檢測(cè)技術(shù)進(jìn)一步推高，包括：
考慮檢測(cè)的基因數(shù)和位點(diǎn)數(shù)。從二代測(cè)序的角度是檢測(cè)多大范圍的區(qū)域，比如我們可以測(cè) 100 個(gè)基因、測(cè) 500 個(gè)基因，還是測(cè) 1，000 個(gè)基因，甚至測(cè)全外顯子組或者是全基因組，這都是可選的；另外還要考慮要探測(cè)病人的位點(diǎn)數(shù)，就是腫瘤細(xì)胞所攜帶的這些基因變異的位點(diǎn)數(shù)。所以要結(jié)合這兩個(gè)方面來(lái)選擇（適合患者的）測(cè)序的基因范圍有多少，測(cè)序的位點(diǎn)數(shù)有多少，然后相應(yīng)的數(shù)據(jù)深度達(dá)到多少，也就是數(shù)據(jù)量達(dá)到多少。
MRD 具有很好的應(yīng)用前景。在病人全程管理過(guò)程中，我們要探測(cè)什么時(shí)候會(huì)出現(xiàn)疾病的復(fù)發(fā)，在什么樣的時(shí)機(jī)進(jìn)行更好的干預(yù)能夠最大化病人的生存獲益， MRD 的檢測(cè)技術(shù)在未來(lái)將助力于上述過(guò)程，當(dāng)然在未來(lái)還要對(duì)MRD的檢測(cè)技術(shù)方法進(jìn)行更加詳細(xì)的驗(yàn)證和優(yōu)化。
「好的液體活檢能力，經(jīng)得起全球考驗(yàn)」
Q：您剛剛提到，血檢的質(zhì)控更加重要，您會(huì)關(guān)注哪些血檢的重要的指標(biāo)或維度？對(duì)于血液檢測(cè)能力，有沒(méi)有專(zhuān)門(mén)的評(píng)判標(biāo)準(zhǔn)呢？
張緒超教授：對(duì)于血液檢測(cè)，生物材料不像腫瘤組織，我們只能從血漿 DNA 或者 RNA 層面來(lái)進(jìn)行判斷。首先生物材料的要求很高；其次我們對(duì)于一種檢測(cè)技術(shù)方法的判定有一套參數(shù)，比如說(shuō)敏感度、特異度、陽(yáng)性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值、準(zhǔn)確度以及可重復(fù)性等等，這一系列的驗(yàn)證參數(shù)是幫助我們來(lái)判斷血檢的技術(shù)方法是不是達(dá)到了臨床要求的依據(jù)。
國(guó)內(nèi)外各類(lèi)型高通量室間質(zhì)評(píng)以及高通量檢測(cè)資質(zhì)的認(rèn)證，是評(píng)價(jià)一個(gè)優(yōu)秀檢測(cè)機(jī)構(gòu)的參考。國(guó)家（或地方）衛(wèi)健委臨床檢測(cè)中心的資格評(píng)估或者病理學(xué)會(huì)的資格評(píng)估，以及國(guó)際上的一些資格認(rèn)證，都是非常好的檢測(cè)機(jī)構(gòu)資質(zhì)。
值得一提的是，美國(guó)的食品藥品監(jiān)督管理局（Food and Drug Administration，F(xiàn)DA）目前推進(jìn)到第四期的 MAQC（Microarray Quality Control）系列項(xiàng)目（MAQC4），就是旨在針對(duì)二代測(cè)序在臨床應(yīng)用當(dāng)中的質(zhì)量評(píng)估，為腫瘤的精準(zhǔn)診療的臨床應(yīng)用制定行業(yè)指南和標(biāo)準(zhǔn)。
MAQC4 項(xiàng)目邀請(qǐng)了多家國(guó)際檢測(cè)的頭部公司在二代測(cè)序的平臺(tái)上進(jìn)行性能分析驗(yàn)證研究，為所有參與機(jī)構(gòu)設(shè)置了極為嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)流程，包含對(duì)組織檢測(cè)和液體活檢雙重評(píng)估。最終液體活檢相關(guān)結(jié)果將發(fā)布在國(guó)際權(quán)威雜志 Nature Biotechnology 上。中國(guó)的企業(yè)燃石醫(yī)學(xué)受邀參與了該項(xiàng)目，取得了組織和液體活檢測(cè)試研究中的優(yōu)秀結(jié)果。
「技術(shù)的更新迭代將推動(dòng)行業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)制定」
Q：我們知道您在 2016 年作為主要參與人制定了《二代測(cè)序共識(shí)》，現(xiàn)在又制定了《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》，后續(xù)您還會(huì)有推動(dòng)行業(yè)的其他計(jì)劃嗎？
張緒超教授：我們的技術(shù)在日新月異。我們的技術(shù)不僅僅止步于當(dāng)年的一代測(cè)序，qPCR 以及現(xiàn)在的二代測(cè)序，實(shí)際上已經(jīng)看到很多其他技術(shù)在逐漸接近臨床應(yīng)用，比如說(shuō)未來(lái)的組合測(cè)序技術(shù)，包括 RNA、DNA 的組合測(cè)序，包括表觀遺傳學(xué)測(cè)序，甚至包括單細(xì)胞測(cè)序等等。在適當(dāng)?shù)臈l件下，如數(shù)據(jù)能夠取得很好的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)給臨床帶來(lái)益處，同時(shí)性價(jià)比也能夠被臨床去接受，則未來(lái)有望進(jìn)入臨床。
這種技術(shù)的更新迭代會(huì)推動(dòng)行業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)制定。像本次《指引》或者以前的《二代測(cè)序共識(shí)》，也正是基于這些技術(shù)在臨床應(yīng)用的可及性來(lái)制定的相應(yīng)的一些參考，我們相信在未來(lái)也會(huì)做相關(guān)計(jì)劃。
2021 年，我們計(jì)劃與燃石醫(yī)學(xué)一起合作成立的 NGS 學(xué)院，目標(biāo)也是一樣的，是致力于為臨床專(zhuān)家傳遞最新的 NGS 知識(shí)，我們今年也會(huì)進(jìn)行多次的巡講來(lái)推廣這些行業(yè)的共識(shí)和指引，能夠使更多的醫(yī)生或甚至是患者理解二代測(cè)序報(bào)告——由復(fù)雜變簡(jiǎn)單變明晰，明確應(yīng)用于臨床。當(dāng)然在未來(lái)還要跟很多臨床合作，在液體活檢領(lǐng)域里面也要制定相應(yīng)的指引或者共識(shí)，最終達(dá)到檢測(cè)行業(yè)的整體規(guī)范化。
比如說(shuō)現(xiàn)在的 NGS 報(bào)告，未來(lái)如何把所謂的等位基因頻率以及復(fù)合基因頻率綜合應(yīng)用于臨床。腫瘤是非常復(fù)雜的，它不可能是一個(gè)基因的變異，很多條件下，特別是在靶向治療耐藥過(guò)后，在進(jìn)行過(guò)多次治療之后腫瘤演化的越來(lái)越復(fù)雜，NGS 的報(bào)告能否去厘清腫瘤當(dāng)中亞克隆的分布規(guī)律，以及它的可用藥的靶點(diǎn)的分布規(guī)律是非常重要的。
在未來(lái)越來(lái)越多的數(shù)據(jù)能夠提示臨床時(shí)（在循證醫(yī)學(xué)證據(jù)的基礎(chǔ)上），同樣要制定相應(yīng)的這種解讀的指南、指引。其他新興技術(shù)的應(yīng)用，比如三代測(cè)序技術(shù)、組合測(cè)序技術(shù)、單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于臨床，同樣也要進(jìn)行相應(yīng)的臨床應(yīng)用共識(shí)的制定。
需要依賴(lài)于學(xué)會(huì)、廣大的專(zhuān)家、管理機(jī)構(gòu)和第三方公司等所有利益相關(guān)方的參與，才能制定一個(gè)合理又比較接近于臨床應(yīng)用、可用的這種共識(shí)或者指引，這個(gè)方向是非常明確的，未來(lái)我們也期待更多的專(zhuān)家和企業(yè)加入到行業(yè)規(guī)范的共識(shí)和指南的制定中。
關(guān)于燃石醫(yī)學(xué)
燃石醫(yī)學(xué)（納斯達(dá)克代碼：BNR）成立于2014年，公司使命為“用科學(xué)守護(hù)生命之光”，專(zhuān)注于為腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療提供具有臨床價(jià)值的二代基因測(cè)序（NGS）。公司業(yè)務(wù)及研發(fā)方向主要覆蓋：1）基于NGS的腫瘤患病人群檢測(cè)，累計(jì)檢測(cè)樣本超過(guò)27萬(wàn)例，在中國(guó)擁有領(lǐng)先的市場(chǎng)份額；2）基于NGS的癌癥早檢，目前已經(jīng)進(jìn)入產(chǎn)品驗(yàn)證階段。燃石醫(yī)學(xué)于2018年7月獲國(guó)家藥品監(jiān)督管理局（NMPA）頒發(fā)的中國(guó)腫瘤NGS檢測(cè)試劑盒第一證，在體外診斷領(lǐng)域具有里程碑式意義。實(shí)驗(yàn)室獲得廣東省臨檢中心頒發(fā)的“高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)室”技術(shù)審核，以及美國(guó)CLIA和CAP實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量體系資質(zhì)認(rèn)證。公司將繼續(xù)致力于開(kāi)發(fā)創(chuàng)新可靠的NGS檢測(cè)產(chǎn)品，推動(dòng)腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域的發(fā)展。
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