美國(guó)耶魯大學(xué)的研究人員Shantao Li和Mark B. Gerstein，澳大利亞莫納什健康的研究人員Kay W. Choy于2019年1月10日在《N Engl J Med》上發(fā)表對(duì)《Next-Generation Sequencing to Diagnose Suspected GeneticDisorders》文章的評(píng)論，原文作者對(duì)相關(guān)質(zhì)疑也做出了回應(yīng)。
Shantao Li和Mark B. Gerstein致編輯信：研究人員 Adams和Eng在2018年10月4日發(fā)表的綜述中1描述了全基因組測(cè)序缺乏生物信息學(xué)工具，并且在數(shù)據(jù)管理和分析方面成本昂貴。對(duì)于此觀點(diǎn)作者們持不同意見(jiàn)，首先，全基因組測(cè)序提供了對(duì)基因組的無(wú)偏倚測(cè)序，這避免了外顯子組捕獲的固有偏差。其次，重復(fù)區(qū)域(如假基因)在全外顯子組測(cè)序中可混淆變異識(shí)別2，這些方面使全基因組測(cè)序比全外顯子組測(cè)序在編碼突變的尋找中更有效3。再次，全外顯子組測(cè)序可遺漏較多結(jié)構(gòu)變異，因?yàn)樗鼈兊慕缇€在非編碼區(qū)和全外顯子組測(cè)序覆蓋不規(guī)律的波動(dòng)經(jīng)常出現(xiàn)。最后，基因組注釋研究表明相當(dāng)一部分非編碼突變具有功能性和臨床相關(guān)性4。
總之，全基因組測(cè)序比全外顯子組測(cè)序提供更大的變異集合，從而獲得更高的診斷率5。隨著非編碼區(qū)研究的深入，全基因組測(cè)序在長(zhǎng)期的重新分析中將比全外顯子組測(cè)序更有用，這使它成為最好的格式檔案排序數(shù)據(jù)集。我們一致認(rèn)為，隨著測(cè)序費(fèi)用的下降，而數(shù)據(jù)分析和管理的成本卻在增加6。全基因組測(cè)序工具目前發(fā)展良好，通常優(yōu)于全外顯子組測(cè)序工具。全基因組測(cè)序中更統(tǒng)一的測(cè)序?qū)嶋H上允許一些更簡(jiǎn)單和更強(qiáng)大的處理途徑。
Shantao Li, Ph.D.
Mark B. Gerstein, Ph.D.
耶魯大學(xué)，美國(guó)康涅狄格州紐黑文市
mark@ gersteinlab.org
參考文獻(xiàn)
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4.ENCODE Project Consortium. An integratedencyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature 2012; 489: 57-74.
5.Lionel AC, Costain G, Monfared N, et al. Improveddiagnostic yield compared with targeted gene sequencing panels suggests a rolefor whole-genome sequencing as a first-tier genetic test. Genet Med 2018; 20:435-43.
6.Muir P, Li S, Lou S, et al. The real cost ofsequencing: scaling computation to keep pace with data generation. Genome Biol 2016;17: 53.
Kay W. Choy致編輯信：研究人員Adams和Eng討論了臨床高通量測(cè)序的實(shí)施，他們提出，病理報(bào)告可能會(huì)包括預(yù)測(cè)的致病突變基因，但目前其尚未與特定疾病相關(guān)。但是，評(píng)估突變?cè)诩膊≈凶饔玫呐R床效果不明確可能會(huì)導(dǎo)致誤診，這會(huì)阻止進(jìn)一步評(píng)估病人或?qū)е聜€(gè)人保健的管理不佳1。
意義不明的克隆性造血在老年人中較常見(jiàn)2，大規(guī)模的基因測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)（如基因組聚合數(shù)據(jù)庫(kù)）被用來(lái)解釋突變的致病性時(shí)需要注意，因?yàn)槿巳簲?shù)據(jù)庫(kù)可能包括意義不明的克隆性造血的個(gè)體。
將突變致病性與遺傳診斷區(qū)分開(kāi)尤為重要3，例如，LDLR（與家族性高膽固醇血癥有關(guān)）“可能的致病”突變?cè)谝粋€(gè)不明確的表型下（中度升高的低密度脂蛋白膽固醇水平）被鑒別，在有更多的臨床數(shù)據(jù)支持或反駁臨床分子診斷之前，保留家族性高膽固醇血癥的診斷是明智之舉。
Kay W. Choy, M.B., B.S.
莫納什健康，克萊頓，維多利亞州，澳大利亞
kay .choy@monashhealth.org
參考文獻(xiàn)
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2. Jaiswal S, Natarajan P, Silver AJ, et al. Clonalhematopoiesis and risk of atherosclerotic cardiovascular disease. N Engl J Med 2017;377: 111-21.
3. Biesecker LG, Nussbaum RL, Rehm HL.Distinguishing variant pathogenicity from genetic diagnosis: how to knowwhether a variant causes a condition. JAMA 2018; 320: 1929-30.
DavidR. Adams回應(yīng)：同意Shantao Li和Mark B. Gerstein的意見(jiàn)，基因組測(cè)序使用非擴(kuò)增庫(kù)構(gòu)建方法可以避免來(lái)源于一個(gè)給定基因位置的兩個(gè)等位基因之一出現(xiàn)偏倚。外顯子組測(cè)序可能在低水平的鑲嵌性時(shí)是否繼續(xù)發(fā)揮作用值得懷疑。該領(lǐng)域正在迅速發(fā)展；基因組測(cè)序可能在領(lǐng)先診斷方法會(huì)最終取代外顯子組測(cè)序。也有可能是其他方法，如臨床轉(zhuǎn)錄組學(xué)，將在下一年獲得使用。
Kay W. Choy提出了關(guān)于解釋基因組測(cè)試結(jié)果和解釋個(gè)體DNA變異所使用的數(shù)據(jù)來(lái)源所需要的臨床謹(jǐn)慎性的重要觀點(diǎn)。在臨床報(bào)告中包含過(guò)多和過(guò)少的信息是有區(qū)別的。隨著研究的進(jìn)展，在臨床相關(guān)性不明確的背景下報(bào)道的基因可能是正確的，也可能是錯(cuò)誤的。我們懷疑此類型相關(guān)的實(shí)踐報(bào)告將演變?yōu)橄嚓P(guān)問(wèn)題的領(lǐng)域爭(zhēng)執(zhí)，如外顯子或基因組的再分析、超時(shí)1。當(dāng)然，關(guān)于人口數(shù)據(jù)庫(kù)的注意事項(xiàng)也很重要，受影響的狀態(tài)、年齡相關(guān)的外顯率和祖先起源是額外需要考慮的特征。最終，只有在基因結(jié)果和有關(guān)被測(cè)者的其他臨床信息仔細(xì)相關(guān)之后，才能做出結(jié)論性診斷。作者認(rèn)為，變異的生物信息學(xué)特征并不總是與疾病有因果關(guān)系。
David R. Adams,M.D., Ph.D.
美國(guó)國(guó)家人類基因組研究所，馬里蘭州貝塞斯達(dá)
david .adams@nih.gov
Christine M.Eng, M.D.
美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院，休斯頓，德克薩斯州
參考文獻(xiàn)
1. O’Daniel JM, McLaughlin HM, Amendola LM, et al. A survey of currentpractices for genomic sequencing test interpretation and reporting processes inUS laboratories. Genet Med 2017; 19: 575-82.
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