推薦：江舜堯
編譯：美少女
編輯：馬莉
美國密西根大學(xué)Euisik Yoon等學(xué)者于2019年5月15日在期刊 《Nature Communications》 上發(fā)表了《Hydro-Seq enables contamination-free high-throughput single-cell RNA-sequencing for circulating tumor cells》的文章，此文章揭示了一種新的能夠?qū)崿F(xiàn)無污染的高通量單細(xì)胞RNA測序方法——Hydro-Seq，根據(jù)該研究可以從血液樣本中徹底分離出循環(huán)腫瘤細(xì)胞，以期能夠有效地對(duì)腫瘤進(jìn)行監(jiān)測。
文章摘要
循環(huán)腫瘤細(xì)胞（circulating tumor cells，CTCs）的單細(xì)胞分辨率水平的分子分析在基于簡單液體活檢的癌癥診斷和治療的相關(guān)應(yīng)用方面被寄予了很大的希望。雖然目前高通量平行單細(xì)胞RNA測序技術(shù)（single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）的發(fā)展為解決在基因表達(dá)和通路調(diào)節(jié)上的細(xì)胞異質(zhì)性問題提供了解決方案，然而由于微量的CTC腫瘤細(xì)胞會(huì)被巨量的血細(xì)胞污染限制了目前可用技術(shù)的應(yīng)用。在此，研究者提出一種新型的應(yīng)用于高通量CTC腫瘤細(xì)胞分析的可擴(kuò)展流體動(dòng)力學(xué)scRNA-seq測序打碼技術(shù)——Hydro-Seq。有著高細(xì)胞捕獲工作效率和移除掉污染能力的Hydro-Seq測序方法使得研究人員以高通量從21個(gè)乳腺癌患者的組織樣本中獲得了666個(gè)CTC腫瘤細(xì)胞。基于此，文章中鑒定了乳腺癌的激素藥物靶點(diǎn)并制定了相應(yīng)的靶向治療方案，跟蹤了每一個(gè)表達(dá)腫瘤干細(xì)胞（cancer stem cells，CSCs）表達(dá)標(biāo)記的細(xì)胞并且觀測了上皮/間葉細(xì)胞的細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)移。對(duì)這些細(xì)胞進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄組分析為檢測目標(biāo)療法和在此過程當(dāng)中的腫瘤代謝過程提供了重要的觀點(diǎn)和視角。
文中重要圖片說明
圖1 | Hydro-Seq，一種針對(duì)被污染的罕見樣本的高細(xì)胞捕獲工作效率的scRNA-seq測序平臺(tái)
圖2 | 樣本混合實(shí)驗(yàn)以及Hydro-Seq平臺(tái)上CTC腫瘤細(xì)胞的上樣
圖3 | CTC細(xì)胞的免疫染色以及單細(xì)胞RNA測序
圖4 | 乳腺CTC腫瘤細(xì)胞的基因表達(dá)和聚類分析
圖5 | EMT樣和MET樣狀態(tài)下的CTC腫瘤細(xì)胞病人樣本中的異質(zhì)性
表1 | 用于區(qū)分HER2+ MET樣和HER2- EMT樣的CTC腫瘤細(xì)胞的通路，p值由費(fèi)舍爾檢驗(yàn)（Fisher’s Exact Test）計(jì)算得到
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